Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)1.

In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field

Archol rapport 178

Om de kloof te dichten tussen enerzijds de landschapsarcheologie en anderzijds de archeologische praktijk van versplinterd onderzoek, is de Graetheide als provinciaal aandachtsgebied aangewezen. De aandachtsgebieden zijn representatieve en relatief gave delen van de verschillende Limburgse cultuurlandschappen met een groot potentieel aan archeologische waarden. De archeologische potentie van het Graetheidegebied is zeer groot. Het aandachtsgebied Graetheide herbergt een groot aantal vindplaatsen uit voornamelijk het neolithicum, de ijzertijd en de Romeinse tijd. Archeologisch Onderzoek Leiden BV (Archol) en de Faculteit der Archeologie van de Universiteit Leiden (FdA) hebben gezamenlijk in opdracht van de provincie een bureauonderzoek met oppervlaktekartering en enkele verkennende landschappelijk gerichte boringen uitgevoerd aan de westkant van de Graetheide in de plangebieden Urmond –Louisegroeveweg en met name in het gebied Berg-aan-de-Maas - Hoogenberg. Ter toetsing van de resultaten heeft een proefsleuvenonderzoek plaatsgevonden bij de Hoogenberg. De percelen in beide gebieden zijn momenteel hoofdzakelijk in gebruik als landbouwgrond. Het bureauonderzoek en oppervlaktekartering vinden plaats in het kader van een meerjarig onderzoeksprogramma in het Provinciaal Archeologisch Aandachtsgebied Graetheide met een praktijkgerichte pilot voor de duur van twee jaar binnen het onderwijsprogramma van de Universiteit Leiden:het seminar Prospective Field Archaeology. De onderzoekstudie in de twee onderzoeksgebieden aan de westkant van het Graetheidegebied laat zien dat al sinds de vroege prehistorie mensen deze gebieden hebben bewoond en bewandeld. De resten daarvan zijn wat het gebied Hoogenberg betreft echter grotendeels in het colluvium en bouwvoor opgenomen. Het proefsleuvenonderzoek heeft daarvoor voldoende indicaties opgeleverd. In hoeverre nog prehistorische grondsporen resteren blijft echter onduidelijk. Daartoe zou uitgebreid gravend onderzoek dienen plaats te vinden. Het onderzoek heeft laten inzien dat door middel van oppervlaktekarteringen vindplaatsen kunnen worden opgespoord maar dat deze methode ook een aantal beperkingen heeft. Het dient dan ook altijd als onderdeel van meerdere onderzoeksmethoden zoals een bureauonderzoek en booronderzoek of gravend onderzoek toegepast te worden. Op deze wijze kunnen de opgeraapte vondsten in de juiste context geplaatst worden en van een waarde worden voorzien. In het rapport worden de verschillende onderzoeksmethoden besproken en geëvalueerd

Bureauonderzoek Muntstraat 42, Wijk bij Duurstede

In opdracht van het Weveo Ingenieurs-, Advies- en Projektenburo heeft Archol een bureauonderzoek uitgevoerd in de gemeente Wijk bij Duurstede, op de locatie Muntstraat 42 te Wijk bij Duurstede. Aanleiding van het onderzoek is het voornemen van Weveo om binnen het plangebied nieuwbouw te plegen in de vorm van een berging. Hiertoe dient een omgevingsvergunning aangevraagd te worden. Doel van het onderzoek is vast te stellen of deze werkzaamheden kunnen leiden tot aantasting van eventueel aanwezige archeologische waarden. Het bureauonderzoek wees uit dat het gehele plangebied zich bevindt in een gebied met een hoge archeologische verwachting op resten uit de Volle Middeleeuwen tot Nieuwe tijd. De belangrijkste conclusie van het onderzoek is dat op basis van de resultaten van een nabijgelegen booronderzoek de archeologische verwachting gehandhaafd dient te worden. De landschappelijke ligging alsmede het gegeven dat het plangebied zich binnen de oude stadskern van Wijk bij Duurstede bevindt biedt aanleiding tot het verwachten van archeologische resten. Wij verwachten echter dat de oorspronkelijke opbouw gedeeltelijk verstoord is maar men dient in principe uit te gaan van een intact bodemprofiel. Gezien de onzekerheid van de aanwezigheid van archeologische sporen, het ontbreken van aanwijzingen van gebruik in het verleden van het te bebouwen deel van het plangebied alsmede de beperkte omvang en diepte van de geplande verstoring adviseren wij om geen vervolgonderzoek uit te voeren. Zelfs bij aanwezigheid van een intact bodemprofiel zal naar verwachting, gezien de geringe diepte van de geplande verstoring, weinig kennisrendement worden behaald. Wij wijzen u erop dat de bevoegde overheid op basis van dit rapport een selectiebesluit neemt. De mogelijkheid bestaat dat dit selectiebesluit afwijkt van het door ons opgestelde advies

Slabroek Palmven AB 2013 Herstel van het Palmven

Tijdens de archeologische begeleiding van het afgraven van ca. 7 ha van de Schaijkse Heide is een restant van het Palmven ontdekt ten oosten van de Palmvenseweg. Onder de recente bouwvoor met sporen van de 20e-eeuwse ontginning is de bodem van het ven aangesneden. De opvulling van dit diepste deel kenmerkt zich door een pikzwarte, sterk humeuze zandgrond die ‘vettig’ aanvoelt. De conservering van de bodem is redelijk tot goed te noemen. In en rond het ven zijn geen sporen of vondsten aangetroffen op een kleine vuurstenen afslag uit de prehistorie na. Het restant van het ven ten oosten van de Palmvenseweg is ca. 42 x 26 m groot. Het vormde waarschijnlijk ooit het diepste deel van het ven, waar de verlanding van het ven is begonnen. Dit betekent dat hier waarschijnlijk het oudste pollen bewaard is gebleven; de resultaten van het pollenonderzoek bevestigen dit. Het pollenbeeld plaats de onderste opvulling namelijk in het midden tot laat neolithicum. Waarschijnlijk heeft ook ten westen van de Palmvenseweg nog een ven gelegen, maar daarvan is alleen de inspoelingslaag (B-horizont) overgebleven na de grootschalige ontginning

Uden Slabroekse Heide Op zoek naar de grens

In opdracht van het Programmabureau Maashorst heeft Archol in samenwerking met de Faculteit der Archeologie van de Universiteit Leiden een proefsleuvenonderzoek uitgevoerd aan de vermoedelijke westelijke grens van het urnenveld van Slabroek. Het onderzoek heeft maar weinig archeologische resten opgeleverd. Er zijn geen (behoudenswaardige) vindplaatsen aangetroffen. Er zijn twee vermoedelijke paalsporen aangetroffen, waarvan niet zeker is of ze met het grafveld in verband gebracht kunnen worden. Daarnaast zijn er greppels gevonden die met de ontginning van het gebied in verband gebracht worden

Grafheuvels Doorn Grafheuvelonderzoek Doorn, Hoogstraat & Kaapse Bossen

Bij een inventarisatie uitgevoerd in opdracht van de gemeente Utrechtse Heuvelrug heeft de Universiteit Leiden vastgesteld dat er meer dan 200 mogelijke grafheuvels binnen de gemeentegrenzen aanwezig zijn. Bij veel van deze heuvels is onduidelijk of deze beschermd worden, waar deze exact liggen en of het überhaupt grafheuvels zijn; reden voor onderzoek dus. Deze vaststelling heeft geleid tot meerdere veldcampagnes waarbij de grafheuvels binnen de gemeentegrenzen gewaardeerd worden. Deze campagne, uitgevoerd in november 2019, vond plaats in de Kaapse Bossen en bij de Hoogstraat nabij Doorn. In opdracht van de gemeente Utrechtse Heuvelrug zijn er bij dit onderzoek 13 grafheuvels onderzocht middels handboringen. Het doel van het onderzoek is het waarderen van bekende en vermoedde grafheuvels waarvan de aard niet geheel duidelijk is. Het doel derhalve is het vaststellen of de mogelijke heuvels ook daadwerkelijk grafheuvels of oude antropogene ophogingen zijn met het oog op behoud en bescherming. De gemeente Utrechtse Heuvelrug heeft veel grafheuvels en door inventarisatie door amateurs en de beschikbaarheid van de AHN data zijn daar recentelijk veel heuvels bijgekomen. In 2007 heeft eerder een inventarisatie plaatsgevonden in opdracht van de Provincie Utrecht waarbij Vestigia een deel van de grafheuvels heeft gewaardeerd. Dit jaar zijn mogelijke grafheuvels in de Kaapse Bossen en langs de Hoogstraat geselecteerd. Voor een deel van deze heuvels is eerst een bureauonderzoek uitgevoerd om de beschikbare informatie op een rij te zetten. De veldonderzoeksmethode bestaat uit edelman- en gutsboringen waarbij doorgaans één boring in de top, één in de flank en één buiten de grafheuvel wordt gezet. De boringen worden uitgelegd en gefotografeerd zodat deze vergeleken kunnen worden. Van de 13 onderzochte heuvels zijn vier heuvels bevestigd als vermoedelijke grafheuvel, bij twee heuvels bestaat nog steeds twijfel en zeven heuvels zijn afgeschreven

Grafheuvelonderzoek Leiden Boren naar grafheuvels op de Utrechtse Heuvelrug

De aanleiding voor dit onderzoek vloeit rechtstreeks voort uit een inventarisatie en evaluatie die de universiteit Leiden heeft uitgevoerd in opdracht van de gemeente Utrechtse Heuvelrug en de provincie Utrecht. Hierbij is een bureaustudie uitgevoerd naar 259 Archis-meldingen van grafheuvels binnen de gemeentegrenzen. Op basis van de gegevens in Archis, de informatie uit eerdere rapporten en het lokale reliëf zoals te zien op de AHN 2 zijn al deze meldingen tegen het licht gehouden. Uit dit onderzoek is gebleken dat er zeker 65 hiervan aan te wijzen zijn als prehistorische grafheuvels, en dat het merendeel hiervan aangemerkt is als AMK-terrein. Maar voor 119 heuvels is niet duidelijk of om antropogene ophogingen gaat, en hoe oud deze heuvels precies zijn. Er is geen onderzoek naar gedaan, en er kan alleen op uiterlijk reliëf afgegaan worden. Het merendeel van deze 119 mogelijke grafheuvels worden momenteel niet afdoende beschermd binnen de beleidsregels van de gemeente. En het is dan ook de wens van de gemeente om deze mogelijke grafheuvels gefundeerd op te nemen in de beleidsregels. Leersum– Zuilensteinsche bos en Amerongen-Amerongse berg In 2017 zijn een tiental heuvels geselecteerd waarvan de aard vastgesteld moet worden. De heuvels liggen in het bosgebied ten westen, noorden en oosten van de bebouwde kom van Amerongen. In dit gebied zijn verschillende grafheuvels vastgesteld en veel waarnemingen gedaan

Inventariserend Veld Onderzoek te Elsloo (locatie Aelserhof), gemeente Stein

In opdracht van Stichting Maaskant Wonen heeft Archeologisch Onderzoek Leiden BV (Archol) een Inventariserend VeldOnderzoek (IVO) in de vorm van proefsleuven uitgevoerd op de locatie Aelserhof te Elsloo. Aanleiding voor het archeologisch onderzoek is de geplande bouw van woningen binnen het plangebied. De bouwwerkzaamheden zullen leiden tot verstoring en vernietiging van de binnen het plangebied aanwezige archeologische resten. Tijdens het proefsleuvenonderzoek te Elsloo-Aelserhof zijn in totaal drie proefsleuven aangelegd met een gezamenlijk oppervlak van 561 m2. Hoewel het plangebied een geringe mate van verstoring kent door de ligging van twee handbalvelden centraal gelegen en de sloop van een (bij)gebouw aan de zuidkant van het terrein, zijn daadwerkelijk sporen aangetroffen. Het betreffen echter voornamelijk vaag begrensde sporen zonder vondstmateriaal. Daarnaast zijn meerdere natuurlijke verstoringen aangetroffen. Van belang echter is het voorkomen van een vroeg-midden ijzertijd crematiegraf in het oosten van het plangebied. Het is niet duidelijk of dit graf als een alleenstaand graf beschouwd moeten worden of dat dit onderdeel uitmaakt van een groter geheel (grafveld). Met beide mogelijkheden moet echter rekening gehouden worden. Waarschijnlijk is het grafveld hetzelfde ingericht als de beide urnenvelden van Stein: een relatief dunbevolkt grafveld met een losse spreiding van graven over een relatief groot areaal. Onderzoek maakt deel uit van een campagne waarbij tevens een terrein te Stein-Gavarellestraat (onderzoeksmelding 24105) wordt onderzocht voor dezelfde opdrachtgever Maaskant Wonen

AB KVL-terrein Oisterwijk Een archeologische begeleiding op het terrein van de Koninklijke Verenigde Leder

In opdracht van Reyrink heeft Archol BV een archeologische begeleiding (AB) conform protocol opgraven uitgevoerd op het terrein van de Koninklijke Verenigde Leder (KVL) te Oisterwijk. Het onderzoek heeft plaatsgevonden op maandag 23 en dinsdag 24 november 2015 en op 23 oktober 2017. Tijdens de eerste fase van het onderzoek zijn 12 proefputten gegraven waarin geen sporen of vondsten zijn aangetroffen. Door de resultaten van de eerste fase van het onderzoek wordt aanbevolen om van verder onderzoek af te zien