Determination of antagonistic potential of epiphytic and endophytic bacterial isolates against apple crown gal disease agent Rhizobium radiobacter

Rhizobium radiobacter (=Agrobacterium tumefaciens) tarafından neden olunan kök uru (Taç gal) hastalığı dünya genelinde yaygın olarak yumuşak ve sert çekirdekli meyve ağaçlarının yanı sıra, bağ, sebze ve süs bitkilerinin en önemli hastalıklarından biridir. Hastalık özellikle elma dahil birçok meyve fidanlıklarında ve genç meyve bahçelerde urlu bitkilerde gelişme geriliği sonucu ürün kaybı şeklinde ortaya çıkan önemli düzeylerde ekonomik kayıplara neden olur. Hastalığın kontrolünde fidanların köklerinin dikim öncesi çeşitli kimyasallara daldırılması, toprak fumigasyonu, toprak solarizasyonu ve biyolojik mücadele yöntemleri kullanılmaktadır. Bu çalışmada elma köklerinden izole edilen epifit ve endofit bakterilerinin kök ur hastalığı etmenine karşı antagonistik etkinliği belirlenmiştir. Çalışmada elma ağaçlarının kök ve kök boğazı bölgelerinden 85 aday epifitik ve endofitik bakteri izolatı elde edilmiştir. Aday antagonist bakteri izolatların hastalık etmeni R. radiobacter’i baskılama yeteneği öncelikle in vitro ikili kültür testi ile belirlenmiştir. İkili kültür testlerinden elde edilen sonuçlara göre Pseudomonas, Pantoea, Serratia and Bacillus cinslerine dahil farklı türlere ait 12 izolat, besi ortamı üzerinde patojene karşı ortalama 5.0-27.3 mm çapında arasında değişen engelleme zonları oluşturmuştur. Patojen gelişiminin engellenmesi üzerine farklı düzeylerde antagonistik etkinlik gösteren Pseudomonas putida’nın 3 izolatı (1-4en, 1-12en, 1-13en) havuç dilimi üzerinde yarı in vivo etkinlik çalışmaları için seçilmiştir. Pseudomonas putida 1-4en izolatı diğer izolatlara kıyasla havuç dilimi üzerinde ur oluşumunu önemli düzeyde baskılamıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar Pseudomonas putida izolatlarının Rhizobium radiobacter’in neden olduğu kök boğazı ur hastalığına karşı biyolojik mücadele ajanı olarak kullanılabilecek bir potansiyele sahip olduğunu göstermektedir.Crown gal disease, caused by Rhizobium radiobacter (formerly known as Agrobacterium tumefaciens), is one of the most important bacterial plant disease of stone fruits, pome fruits, grape vine, vegetable and ornamental plants distributed worldwide. Disease causes considerable damage in nursery and young orchards of variety of plants including apple where grower may suffer serious economic losses as galled plants show growth reduction and yield. Different control measures have been used against crown gall as a dipping of rooted plants into chemicals, soil fumigation, soil solarization and biological control. The aim of this study was to determine biocontrol efficacies of epiphytic and endophytic bacteria, obtained from apple roots and crowns, against crown gall disease agent. Eighty five putative epiphytic and endophytic antagonist bacterial isolates were obtained from the apple rhizosphere, roots and crown. By using dual culture test, putative antagonist bacterial isolates were screened for their ability to suppress disease agent R. radiobacter in vitro conditions. According to the results obtained from the preliminary dual culture test, 12 isolates, belonging to different bacterial species of Pseudomonas, Pantoea, Serratia and Bacillus genus were found to cause clear inhibition zones of 5.0-27.3 mm diameter. Among the tested antagonist isolates, three different bacterial isolates of Pseudomonas putida 1-4en, 1-12en and 1-13en were then chosen for semi in vivo studies which were conducted on carrot slice assay. Among these isolates, the most efficient bacterial isolate 1-14en significantly suppressed gall formation on carrot slices. Results of this study revealed that antagonist bacterial isolates of Pseudomonas putida has potential as biocontrol agent for crown gall disease caused by Rhizobium radiobacter

Hatay İli Zeytin Üretim Alanlarında Zeytin Dal Kanseri (Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi) Hastalığının Belirlenmesi

Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv)’nin neden olduğu zeytin dal kanseri hastalığı Hatay ili zeytinüretim alanlarındaki en önemli problemlerden birisidir. Hastalık yoğun enfeksiyonlarda özellikle genç fidanlarıntamamen kurumasına neden olmaktadır. Bu çalışma ile Hatay bölgesi zeytin üretim alanlarında zeytin dal kanserihastalığının yaygınlık ve bulunma oranları belirlenmiştir. Hastalığın en yüksek yaygınlık oranı %90 ile Samandağ,İskenderun ve Arsuz ilçelerinde belirlenmiş olup, Hassa, Kırıkhan, Reyhanlı ve Kumlu ilçelilerinde ise hastalıksaptanmamıştır. Diğer ilçelerde ise hastalığın %15 ile %50 arasında yaygınlık gösterdiği tespit edilmiştir. Hastalığınenfekteli bahçelerdeki bulunma oranları ise %4.5-75 arasında değişiklik göstermiştir. Taze urlardan izole edilenhastalık etmeninin tanısı Gram boyama, LOPAT (Levan oluşumu, Oksidaz, Patates yumuşak çürüklük testi, Arginindehidrolaz, Tütün aşırı duyarlılık) testleri, MALDI-TOF ve moleküler yöntemler ile yapılmıştır. Yapılan testlersonucu toplam 14 izolat Pseudomonas savastanoi pv savastanoi olarak tanılanmıştır. Patojenisite testlerinde tümizolatlar ve Ayvalık1 referans izolatı 1 yıllık Gemlik zeytin fidanlarında hastalığın tipik belirtisi olan urlara nedenolmuştur.Olive knot disease caused by Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv) is one of the most important problems in olive production areas of Hatay province. The disease causes full drying of young seedlings in intensive infections. The aim of this study was to determine the prevalence and incidence of olive knot disease in Hatay province. The highest prevalence rate of the disease was determined in Samandağ, İskenderun and Arsuz districts with 90% and no disease was detected in Hassa, Kırıkhan, Reyhanlı and Kumlu districts. In other districts, the prevalence of the disease was found to be between 15% and 50%. The incidence of the disease in infected gardens varied between 4.5-75%. The pathogenic bacteria isolated from fresh knots was identified by Gram stain, LOPAT (Levan, Oxidase, Potato pectolytic activity, Arginine dehydrolase, Tobacco hypersensitive reaction), MALDI-TOF and molecular techniques. All strains were determined as gram negative, levan negative, oxidase negative, pectolytic activity negative, arginine dehydrolase negative, but tobacco hypersensitivity reaction was positive. According to the test results, a total of 14 isolates were identified as Pseudomonas savastanoi pv savastanoi. Pathogenicity tests were performed with 14 strains and a reference strain (Ayvalık1). All isolates caused knot formation on one-year-old olive seedling (cv. Gemlik)

Determination of olive knot disease (Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi) in olive production areas of Hatay province

Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv)’nin neden olduğu zeytin dal kanseri hastalığı Hatay ili zeytinüretim alanlarındaki en önemli problemlerden birisidir. Hastalık yoğun enfeksiyonlarda özellikle genç fidanlarıntamamen kurumasına neden olmaktadır. Bu çalışma ile Hatay bölgesi zeytin üretim alanlarında zeytin dal kanserihastalığının yaygınlık ve bulunma oranları belirlenmiştir. Hastalığın en yüksek yaygınlık oranı %90 ile Samandağ,İskenderun ve Arsuz ilçelerinde belirlenmiş olup, Hassa, Kırıkhan, Reyhanlı ve Kumlu ilçelilerinde ise hastalıksaptanmamıştır. Diğer ilçelerde ise hastalığın %15 ile %50 arasında yaygınlık gösterdiği tespit edilmiştir. Hastalığınenfekteli bahçelerdeki bulunma oranları ise %4.5-75 arasında değişiklik göstermiştir. Taze urlardan izole edilenhastalık etmeninin tanısı Gram boyama, LOPAT (Levan oluşumu, Oksidaz, Patates yumuşak çürüklük testi, Arginindehidrolaz, Tütün aşırı duyarlılık) testleri, MALDI-TOF ve moleküler yöntemler ile yapılmıştır. Yapılan testlersonucu toplam 14 izolat Pseudomonas savastanoi pv savastanoi olarak tanılanmıştır. Patojenisite testlerinde tümizolatlar ve Ayvalık1 referans izolatı 1 yıllık Gemlik zeytin fidanlarında hastalığın tipik belirtisi olan urlara nedenolmuştur.Olive knot disease caused by Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi (Psv) is one of the most important problems in olive production areas of Hatay province. The disease causes full drying of young seedlings in intensive infections. The aim of this study was to determine the prevalence and incidence of olive knot disease in Hatay province. The highest prevalence rate of the disease was determined in Samandağ, İskenderun and Arsuz districts with 90% and no disease was detected in Hassa, Kırıkhan, Reyhanlı and Kumlu districts. In other districts, the prevalence of the disease was found to be between 15% and 50%. The incidence of the disease in infected gardens varied between 4.5-75%. The pathogenic bacteria isolated from fresh knots was identified by Gram stain, LOPAT (Levan, Oxidase, Potato pectolytic activity, Arginine dehydrolase, Tobacco hypersensitive reaction), MALDI-TOF and molecular techniques. All strains were determined as gram negative, levan negative, oxidase negative, pectolytic activity negative, arginine dehydrolase negative, but tobacco hypersensitivity reaction was positive. According to the test results, a total of 14 isolates were identified as Pseudomonas savastanoi pv savastanoi. Pathogenicity tests were performed with 14 strains and a reference strain (Ayvalık1). All isolates caused knot formation on one-year-old olive seedling (cv. Gemlik)

Chemical composition and antibacterial activity of essential oils isolated from medicinal plants against gall forming plant pathogenic bacterial disease agents

The aims of this study were to determine chemical composition of essential oils from different plant species and their antibacterial activities against gal-forming plant pathogenic bacterial disease agents Rhizobium radiobacter, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi and P.savastanoi pv. nerii. The chemical compositions of essential oils were identified by GC/MS. The major constituents of the essential oils were carvacrol in Thymbra spicata var. spicata (66.88%) and Origanum syriacum (79.8%), thymol in Thymus serpyllum (41.03%), geranial in Thymus sipyleus (13.72%) and Melissa officinalis (30.4), 4-terpineol in Origanum majorana (31.67%), linalool in Ocimum basilicum (30.23%), carvone in Mentha spicata (55.58%), 1,8 cineole in Lavandula stoechas var. stoechas (35.5%), Laurus nobilis (35.5%) and Rosmarinus officinalis (18.47%), camphor in Salvia officinalis (24.59%) and trans-anethole in Foeniculum vulgare (82.8%) essential oils, respectively. Based on inhibition zone diameter values, essential oils showed very strong antibacterial activities against P.savastanoi pv. savastanoi (7.0-44.67 mm), followed by R.radiobacter (9.6-37.67 mm) and P.savastanoi pv. nerii (6.33-18.33 mm). Essential oils of plants belong to Lamiaceae family were generally found to be more efficient than those belong to Lauraceae and Apiaceae families. The essential oils of O.syriacum, T.serpyllum and T.spicata var. spicata were found to be the most promising essential oils displaying the highest antibacterial activities against all tested bacterial species. The findings of the present study revealed that essential oils have a potential to be used as antibacterial agents against gall forming bacterial disease agents.Bu çalışmanın amacı, farklı bitki türlerinden elde edilen uçucu yağların kimyasal bileşimini ve gal (ur) oluşturan bitki patojenik bakteriyel hastalık etmeni Rhizobium radiobacter, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi ve P.savastanoi pv. nerii’ye karşı antibakteriyel etkinlerini belirlemektir. Thymbra spicata var. spicata, Thymus serpyllum, Thymus sipyleus, Origanum syriacum, Origanum majorana, Ocimum basilicum, Mentha spicata, Melissa officinalis, Lavandula stoechas var. stoechas, Rosmarinus officinalis, Salvia officinalis, Laurus nobilis ve Foeniculum vulgare uçucu yağlarının kimyasal bileşenleri GC/MS ile tanımlanmıştır. Carvacrol Thymbra spicata var. spicata (% 66.88) ve Origanum syriacum (% 79.8), thymol Thymus serpyllum (% 41.03), geranial Thymus sipyleus (% 13.72) ve Melissa officinalis (30.4), 4-terpineol Origanum majorana (31.67 %), linalool Ocimum basilicum (% 30.23), carvone Mentha spicata (% 55.58), 1,8 cineole Lavandula stoechas var. stoechas (% 35.5), Laurus nobilis (% 35.5) ve Rosmarinus officinalis (% 18.47), camphor Salvia officinalis (% 24.59) ve trans-anethole ise Foeniculum vulgare (% 82.8) uçucu yağlarının ana bileşenleri olarak belirlenmiştir. Engelleme zon çapı değerlerine dayanarak, uçucu yağlarıP.savastanoi pv. savastanoi (7.0-44.67 mm), ardından R.radiobacter (9.6-37.67 mm) ve P.savastanoi pv. nerii (6.33-18.33 mm) ye karşı oldukça güçlü antibakteriyel etkinlik göstermiştir. Lamiaceae familyasına ait bitkilerin uçucu yağlarının genellikle Lauraceae ve Apiaceae familyalarına göre daha etkili olduğu bulunmuştur. O.syriacum, T.serpyllum ve T.spicata var. spicata, test edilen tüm bakteri türlerine karşı en yüksek antibakteriyel aktiviteleri gösteren umut verici uçucu yağlar olarak belirlenmiştir. Bu çalışmanın bulguları uçucu yağların gal oluşturan bakteriyel hastalık etmenlerine karşı antibakteriyel ajan olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğunu göstermiştir

First Report of Bacterial Leaf Spot of Parsley Caused by Pseudomonas syringae pv. apii in Turkey

Since March, 2011, typical leaf spot symptoms were observed on parsley in several fields inspected in Hatay and Adana provinces of Turkey. Incidence of the disease was 5-15% in the regions. Symptoms were characterized as angular to irregular, initially water soaked later brown to dark black spots. Spots often limited by veins which were visible from both adaxial and abaxial sides of leaves but were not present on stems. Fluorescent bacterial colonies were consistently isolated from typical leaf spots. Biochemical tests, fatty acid methyl ester (FAME) analysis, molecular, pathogenicity tests and sequence of 16S ribosomal DNA of bacterial isolates were performed to identify possible causal disease agent. The causal disease agent was identified as Pseudomonas syringae pv. apii based on symptoms, biochemical, molecular, pathogenicity tests and sequencing. To our knowledge, this is the first report of bacterial leaf spot on parsley caused by Pseudomonas syringae pv. apii in Turkey

Tıbbi Bitkilerden Elde Edilen Uçucu Yağların Kimyasal Bileşimi ve Gal Oluşturan Bitki Patojeni Bakteriyel Hastalık Etmenlerine Karşı Antibakteriyel Etkinlikleri

The aims of this study were to determine chemical composition of essential oils from different plant species and their antibacterial activities against gal-forming plant pathogenic bacterial disease agents Rhizobium radiobacter, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi and P.savastanoi pv. nerii. The chemical compositions of essential oils were identified by GC/MS. The major constituents of the essential oils were carvacrol in Thymbra spicata var. spicata (66.88%) and Origanum syriacum (79.8%), thymol in Thymus serpyllum (41.03%), geranial in Thymus sipyleus (13.72%) and Melissa officinalis (30.4), 4-terpineol in Origanum majorana (31.67%), linalool in Ocimum basilicum (30.23%), carvone in Mentha spicata (55.58%), 1,8 cineole in Lavandula stoechas var. stoechas (35.5%), Laurus nobilis (35.5%) and Rosmarinus officinalis (18.47%), camphor in Salvia officinalis (24.59%) and trans-anethole in Foeniculum vulgare (82.8%) essential oils, respectively. Based on inhibition zone diameter values, essential oils showed very strong antibacterial activities against P.savastanoi pv. savastanoi (7.0-44.67 mm), followed by R.radiobacter (9.6-37.67 mm) and P.savastanoi pv. nerii (6.33-18.33 mm). Essential oils of plants belong to Lamiaceae family were generally found to be more efficient than those belong to Lauraceae and Apiaceae families. The essential oils of O.syriacum, T.serpyllum and T.spicata var. spicata were found to be the most promising essential oils displaying the highest antibacterial activities against all tested bacterial species. The findings of the present study revealed that essential oils have a potential to be used as antibacterial agents against gall forming bacterial disease agents.Bu çalışmanın amacı, farklı bitki türlerinden elde edilen uçucu yağların kimyasal bileşimini ve gal (ur) oluşturan bitki patojenik bakteriyel hastalık etmeni Rhizobium radiobacter, Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi ve P.savastanoi pv. nerii’ye karşı antibakteriyel etkinlerini belirlemektir. Thymbra spicata var. spicata, Thymus serpyllum, Thymus sipyleus, Origanum syriacum, Origanum majorana, Ocimum basilicum, Mentha spicata, Melissa officinalis, Lavandula stoechas var. stoechas, Rosmarinus officinalis, Salvia officinalis, Laurus nobilis ve Foeniculum vulgare uçucu yağlarının kimyasal bileşenleri GC/MS ile tanımlanmıştır. Carvacrol Thymbra spicata var. spicata (% 66.88) ve Origanum syriacum (% 79.8), thymol Thymus serpyllum (% 41.03), geranial Thymus sipyleus (% 13.72) ve Melissa officinalis (30.4), 4-terpineol Origanum majorana (31.67 %), linalool Ocimum basilicum (% 30.23), carvone Mentha spicata (% 55.58), 1,8 cineole Lavandula stoechas var. stoechas (% 35.5), Laurus nobilis (% 35.5) ve Rosmarinus officinalis (% 18.47), camphor Salvia officinalis (% 24.59) ve trans-anethole ise Foeniculum vulgare (% 82.8) uçucu yağlarının ana bileşenleri olarak belirlenmiştir. Engelleme zon çapı değerlerine dayanarak, uçucu yağlarıP.savastanoi pv. savastanoi (7.0-44.67 mm), ardından R.radiobacter (9.6-37.67 mm) ve P.savastanoi pv. nerii (6.33-18.33 mm) ye karşı oldukça güçlü antibakteriyel etkinlik göstermiştir. Lamiaceae familyasına ait bitkilerin uçucu yağlarının genellikle Lauraceae ve Apiaceae familyalarına göre daha etkili olduğu bulunmuştur. O.syriacum, T.serpyllum ve T.spicata var. spicata, test edilen tüm bakteri türlerine karşı en yüksek antibakteriyel aktiviteleri gösteren umut verici uçucu yağlar olarak belirlenmiştir. Bu çalışmanın bulguları uçucu yağların gal oluşturan bakteriyel hastalık etmenlerine karşı antibakteriyel ajan olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğunu göstermiştir