Editing of the urease gene by CRISPR-Cas in the diatom Thalassiosira pseudonana

Background: CRISPR-Cas is a recent and powerful addition to the molecular toolbox which allows programmable genome editing. It has been used to modify genes in a wide variety of organisms, but only two alga to date. Here we present a methodology to edit the genome of Thalassiosira pseudonana, a model centric diatom with both ecological significance and high biotechnological potential, using CRISPR-Cas. Results: A single construct was assembled using Golden Gate cloning. Two sgRNAs were used to introduce a precise 37 nt deletion early in the coding region of the urease gene. A high percentage of bi-allelic mutations (≤61.5%) were observed in clones with the CRISPR-Cas construct. Growth of bi-allelic mutants in urea led to a significant reduction in growth rate and cell size compared to growth in nitrate. Conclusions: CRISPR-Cas can precisely and efficiently edit the genome of T. pseudonana. The use of Golden Gate cloning to assemble CRISPR-Cas constructs gives additional flexibility to the CRISPR-Cas method and facilitates modifications to target alternative genes or species

The evaluation of websites of ecological companies

Celem artykułu była ocena stron internetowych przedsiębiorstw ekologicznych. Hipoteza badawcza zakładała, że nie mniej niż połowa przedsiębiorstw ekologicznych posiada strony internetowe, które można ocenić przynajmniej jako dobre. Badania przeprowadzono w kwietniu 2014 roku. Z grupy 91 przedsiębiorstw ze spisu zamieszczonego na stronie Centrum Doradztwa Rolniczego w Radomiu, oddział w Brwinowie wybrano tylko te, do których podany był aktualny i działający adres strony internetowej. Łącznie oceniono przy zastosowaniu wielokryterialnej metody punktowej strony internetowe 40 przedsiębiorstw. W ocenie uwzględniono pięć grup kryteriów rodzajowych, takich jak kryteria techniczne, wizualne, funkcjonalne, dotyczące przydatności strony oraz kryteria dotyczące wyłącznie sklepów internetowych. Badane przedsiębiorstwa opisano ponadto, podając charakter prowadzonej działalności, formę prawną oraz udział produktów ekologicznych w całkowitej ofercie firmy. Stwierdzono, że większość przedsiębiorstw ekologicznych ma strony internetowe przygotowane na poziomie dobrym, co potwierdza przyjętą hipotezę badawczą i świadczy o dostosowaniu większości z nich do wyzwań współczesnego rynku.The aim of the article was to evaluate the websites of online organic companies. The research hypothesis has assumed that not fewer that a half of the organic companies has websites, which might be assessed at least as good ones. The research was carried out in April 2014. From the group of 91 companies from the list placed on the website of Centre of Agricultural Advisory in Radom,, the Department in Brwinów, there were selected only those, whose website address was correct and working. In total, there has been the evaluation of the websites of 40 companies with the use of multicriterial scoring methodology. In the evaluation, there have been included the technical, visual, functionality, the website usability criteria as well as the criteria relating to online shops only. The examined companies were additionally described with their activity, legal form, and the share of organic products in the total company offer. It has been determined that the majority of organic companies have their websites made at a good level, what confirms the assumed research hypothesis and proves that the majority is adjusted to the challenges of modern market

The impact of the architecture of macrophytes on the spatial structure of zooplankton of the Wielkowiejskie Lake

The analysis of the factors, connected with the different features of particular macrophyte species, determining the spatial distribution of zooplankton communities (rotifers and crustaceans) was purpose of this study. Particular zooplankton species reveal habitat preferences, which reflect variability in the spatial structure of particular macrophyte species, which is connected with different shape, length and width of stems.Celem pracy była analiza czynników zwiazanych ze zróżnicowana biometria poszczególnych gatunków makrofitów, wpływajacych na przestrzenne rozmieszczenie zespołów zooplanktonu (wrotków i skorupiaków). Poszczególne gatunki zooplanktonu wykazywały preferencje siedliskowe bedace wynikiem różnorodnosci w strukturze przestrzennej i morfologicznej poszczególnych gatunków roslin. Komplikacja architektoniczna makrofitów jest zwiazana z różnym kształtem, długoscia i szerokoscia pedów

Charakterystyka hydrobiologiczna wod Jeziora Lubaskiego Duzego na tle badan wieloletnich [1991-2002]

The paper concerns the results of a 12-year study of physico-chemical parameters and biological structure, including plankton and macrophytes, of the Lubaskie Du=e Lake, indicating a shift from mesotrophy to eutrophy of the waters

The influence of increasing uncontrolled recreation on the structure of plankton and macrophyte communities in the tunnel-valley lakes located in agricultural catchment area

In the years 1993-1995 biological research was carried out on three lakes, which are situated in a typical agricultural catchment area, along the Gołaniecka River. The hydrobiological examination carried out in 1993 revealed a stable state of eutrophy on these lakes. At that time neither of the Bukowieckie lakes was used for recreation, while at the Kobyleckie lake there were a number of buildings, including private holiday homes and holiday camps. In 1995, the year finishing the examination, recreation housing began to develop at the Bukowieckie Du?e lake and also an acceleration of tourism was observed on the Kobyleckie lake. In the spring and summer of 2000 hydrobiological research was repeated in order to find out whether the changes in the neighbourhood of the lakes had affected the chemical condition of lake waters. Although the building area by the lakes was still unfinished, particular changes of many parameters of water were already observed. Negative effects of trophic status were noted in the decrease of the visibility of water, increase of the nutrients concentration, in the outstanding blue-green algae character of the spring phytoplankton (Aphanizomenon issatschenkoi (Ussac.) Proschkina-Lavrenko; Planktothrix agardhii (Gom.) Anagn. et Kom.; Limnothrix redekei (Van Goor) Meffert) and zooplankton (Keratella cochlearis f. tecta (Lauterborn), K. quadrata (O.F. Müller), Anuraeopsis fissa (Gosse), Bosmina longirostris (O.F. Müller) and Chydorus sphaericus (O.F. Müller)), the increase of the total densities of zooplankton with the dominance of rotifers, the impoverishment of the phytolittoral, as well as quality and quantity changes in the structure of macrophytes.W latach 1993-1995 przeprowadzono badania biologiczne na jeziorach: Bukowieckim Du- żym, Bukowieckim Małym i Kobyleckim, położonych w obrebie typowej zlewni rolniczej, wzdłuż Strugi Gołanieckiej. Badania hydrobiologiczne przeprowadzone w 1993 roku swiadczyły o stabilnym stanie eutrofii w tych jeziorach. W tym czasie ?adne z jezior Bukowieckich nie było wykorzystywane rekreacyjnie, podczas gdy nad Jeziorem Kobyleckim wystepowała zabudowa obejmujaca domki letniskowe i kempingi. W 1995 roku, po zakonczeniu badan, rozpoczeła sie budowa domków rekreacyjnych nad Jeziorem Bukowieckim Dużym, zaobserwowano także wzrost rekreacji nad Jeziorem Kobyleckim. W okresie wiosennym i letnim 2000 roku powtórzono badania hydrobiologiczne w celu stwierdzenia, czy zmiany w sasiedztwie jezior miały wpływ na parametry chemiczne ich wód. Chocia? zabudowa nad jeziorami nie była jeszcze zakonczona, zaobserwowano zmiany kilku parametrów wody badanych jezior (tab. 2). Głównym celem przeprowadzonych badan był opis istotnych zmian jakosciowych i ilosciowych parametrów fizyczno-chemicznych i biologicznych, ze szczególnym odniesieniem do aspektów dotyczacych wzrostu poziomu trofii badanych zbiorników. Negatywne efekty w stanie trofii były zwiazane ze zmniejszajaca sie przezroczystoscia wody, wzrostem koncentracji biogenów, wybitnie sinicowym charakterem fitoplanktonu wiosennego (Aphanizomenon issatschenkoi (Ussac.) Proschkina-Lavrenko; Planktothrix agardhii (Gom.) Anagn. et Kom.; Limnothrix redekei (Van Goor) Meffert) i zooplanktonem (Keratella cochlearis f. tecta (Lauterborn), K. quadrata (O. F. Müller), Anuraeopsis fissa (Gosse), Bosmina longirostris (O.F. Müller) and Chydorus sphaericus (O.F. Müller)), wzrostem całkowitej liczebnosci zooplanktonu z dominacja wrotków (tab. 3, ryc. 1, 2), zniszczeniami w strefie fitolitoralu i zmianami jakosciowymi i ilosciowymi w strukturze makrofitów (tab. 4)

Struktura ugrupowan peryfitonowych Jeziora Wielkowiejskiego

The work presents the results of the research carried out on epiphytic communities in two macrophyte habitats – Chara tomentosa and Typha angustifolia. The different architecture of both aquatic substrata led to the differentiation of the taxonomical and quantity structure of periphyton

Zależność między wiekiem a stresem oksydacyjnym u wysokowydajnych krów rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej po szczycie laktacji

Relationship between the parity and oxidative stress in high-performance Polish Holstein-Friesian cows after the peak of lactation. There are many factors, which may expose cows attacks of free radicals. The highest level of oxidative stress appears in the parturition period and at the peak of lactation. Therefore, the purpose of this study was to demonstrate the relationship between the parity and oxidative stress in high-performance Polish Holstein-Friesian (PHF) cows after the peak of lactation. Seventy PHF cows were selected for the experimentaccording to: age (35 primiparous and 35 multiparous in the second lactation) and stage of lactation (after the peak of lactation; at 61-90days in milk). Samples of milk and blood were collected in monthly intervals, from 61-90till >271 day of lactation. Study results demonstrated a significant impact of the parity and days in milk of cows on the formation of oxidative stress markers. The primiparous cows were characterized by lower levels of Glu Red and Gpx. The lowest level of oxidative stress was observed in the months after the peak to about 250 days of lactation. Based on study results, it can be concluded that that younger animals were more exposed to free radicals and oxidative stress.Zależność między wiekiem a stresem oksydacyjnym u wysokowydajnych krów rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej po szczycie laktacji. Zdolność antyoksydacyjna to zdolność organizmu do usuwania reaktywnych form tlenu, które powodują stres oksydacyjny w organizmie. Istnieje wiele czynników, które mogą narazić krowy na ataki wolnych rodników. Najwyższy poziom stresu oksydacyjnego pojawia się w okresie porodu i w szczycie laktacji. Celem tego doświadczenia było wykazanie związku między wiekiem a poziomem stresu oksydacyjnym u wysokowydajnych krów rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej (PHF) po szczycie laktacji. Do eksperymentu wybrano 70 krów PHF według: wieku (35 pierwiastek i 35 wieloródek w drugiej laktacji) i fazy laktacji (po szczycie laktacji, między 61-90 dniem laktacji). Próbki mleka i krwi pobierano w miesięcznych odstępach, od 61-90 do > 271. dnia laktacji. Badania wykazały istotny wpływ wieku krów i fazy laktacji na kształtowanie się markerów stresu oksydacyjnego. Pierwiastki charakteryzowały się niższym poziomem Glu Red i Gpx. Najniższy poziom stresu oksydacyjnego wykazano w miesiącach po szczycie i do około 250. dnia laktacji. Na podstawie uzyskanych wyników można stwierdzić, że młodsze zwierzęta były bardziej narażone na działanie wolnych rodników i stres oksydacyjny