Organik Tavukçuluk Projesi (Organik Etlik Piliç Yetiştiriciliği)

Ülkemizde bu konu ile ilgili olarak ilk olan bu projede organik ve konvansiyonel etlik piliç yetiştiriciliği verim, kalite ve maliyet yönleriyle karşılaştırılmıştır. Projede aynı zamanda, organik etlik piliç yetiştiriciliğinde yerli yem katkı maddesi olan eterik yağ katkısının kullanılabilirliği araştırılmıştır. Projede yavaş gelişen ve hızlı gelişen etlik piliç genotipleri kullanılmıştır. Yavaş gelişen etlik piliçler hem organik hem de konvansiyonel, hızlı gelişen etlik piliçler sadece konvansiyonel şartlarda yetiştirilmiştir. Yavaş gelişen etlik piliçler organik sistemde daha iyi yemden yararlanma değeri gösterirken, konvansiyonel sistemde yetiştirilen hızlı gelişen etlik piliçlere göre yaklaşık % 51 daha kötü yemden yararlanma değeri elde edilmiştir. Kalite parametreleri açısından farklılık genelde genotip farklılığından kaynaklanmıştır. Organik sistem kalite, lezzet ve sağlık açısından incelenen parametrelerde herhangi bir iyileşme sağlamamıştır. Omega-3 miktarının organik piliç etinde daha az çıkması organik sistem için beklenenin tam tersi bir durum olup, bu konuda daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. Eterik yağ karışımı katkısı, konvansiyonel hızlı gelişen grupta yemden yararlanma ve mortalite oranında önemli iyileşmeler sağlarken, yavaş gelişen etlik piliç gruplarında incelenen özellikler açısından herhangi bir farklılık oluşturmamıştır. Gerek yemden yararlanma değerindeki kötüleşmenin, gerekse maliyetlerdeki yüksekliğin, organik piliç etinin konvansiyonel piliç etine kıyasla 2 katı fiyatla satılması ile giderilebileceği ve daha karlı bir üretim olacağı görülmüştür. Bu proje ile ülkemizde ilk kez organik etlik piliç yetiştiriciliği başarılı bir şekilde bilimsel olarak incelenmiş ve uygulanmıştır. Yem kompozisyonu, genotip ve gezinme alanı bitki örtüsü ile organik sistemde yetiştirilen etlik piliçlerin besi performansı ve et kalitesi arasındaki ilişkilerin ortaya konduğu daha fazla sayıda araştırmaya ihtiyaç vardır

Organik Tavukçuluk Projesi (Organik Yumurta Tavukçuluğu)

Bu çalışmada, dış kaynaklı beyaz (Lohmann LSL) ve yerli kahverengi (ATAK-S) yumurtacı tavukların organik ve konvansiyonel sistemde yetiştirilmelerinin yumurta verim performansı, yumurta iç ve kabuk kalitesi, yumurtanın kısımları, protein oranı, kolesterol miktarı ile yağ asitleri kompozisyonu üzerine etkileri incelenmiştir. Her iki yetiştirme sistemde de beyaz yumurtacılar yerli kahverengi yumurtacılara kıyasla daha yüksek yumurta verim ve ağırlığına sahip olmuşlardır. Organik sistemde beyaz yumurtacıların yumurta verimi ve toplam yumurta sayısı düşerken, kahverengi yumurtacıların yükselmiştir. Beyaz yumurtacıların yaşama gücü kahverengi yumurtacılara kıyasla organik sistemde % 14 düzeyinde daha düşük olup, ölümler kanibalizmden kaynaklanmıştır. Organik sistemde yumurta ağırlığı beyaz yumurtacılarda rakamsal, kahverengi yumurtacılarda ise istatistiki olarak artmıştır. Organik sistemde yem tüketimi yönünden genotipler arasında fark bulunmazken, kafes sisteminde kahverengi yumurtacılar beyaz yumurtacılardan % 3.77 oranında daha fazla yem tüketmişlerdir. Beyaz yumurtacılar kahverengi yumurtacılara kıyasla her iki yetiştirme sisteminde de daha düşük yemden yararlanma değerine sahip olmuşlardır. Yemden yararlanma değeri organik sistemde kafes sistemine kıyasla beyaz yumurtacılarda % 21.0, kahverengi yumurtacılarda ise % 8.8 düzeyinde kötüleşmiştir. Yumurta kabuk ve iç kalitesi beyaz yumurtacılarda daha iyidir. Yetiştirme sisteminin yumurta ak, sarı ve kabuk oranına, genotipin ak ve kabuk oranı üzerine olan etkileri önemli bulunmuştur (P<0,05). Her iki genotipte de organik yumurtaların kabuk oranının konvansiyonele kıyasla daha yüksek olduğu görülmüştür. Organik ve konvansiyonel beyaz yumurtalarda, kahverengi yumurtalara göre daha yüksek kabuk oranı olduğu tespit edilmiştir. Yumurta protein oranı üzerinde yetiştirme sisteminin etkisi önemsiz (P>0,05), genotip etkisi önemli (P0,05). Organik ve konvansiyonel yumurtaların linolenik ve toplam omega-3 yağ asitleri ile omega-6/omega-3 oranları arasında önemli (P<0,05) farklılıklar bulunmuştur. Organik yumurtaların omega-3 içeriği konvansiyonel yumurtalardan daha düşük, omega-6/omega-3 oranı ise daha yüksektir. Sonuç olarak, yetiştirme sistemi ve genotip incelenen yumurta verim ve kalite parametreleri üzerine önemli etkilerde bulunmuştur

Evaluation of Helicobacter pylori antigen positivity in stool samples of patients with dyspeptic complaints in a tertiary care hospital

Objective: Helicobacter pylori is a microorganism associatedwith gastritis, peptic ulcer disease and gastriccancer. We aimed to figure out the positivity rate in stoolsamples of outpatients with dyspeptic complaints visitinggastroenterology department and to evaluate its relationwith age, gender and seasonal changes.Methods: Between January 01, 2012 and December 31,2012, stool samples of 330 adult outpatients admitted togastroenterology department are investigated with an immunochromatographictest kit using monoclonal antibodiesfor detection of H. pylori antigen.Results: Among 330 patients’ stool samples tested, 67(20.3%) were positive. 18.6% of men and 22.2% of womenwere detected as positive. According to age groups,17.1% patients were positive for 15-35 age groups,27.1% patients were positive for 36-55 age groups and18.2% patients were positive for above 56. Seasonal differenceof H. pylori antigen positivity in stool samples wasstatistically significant (p=0.001). Highest positivity rate29.7% was detected for winter months (December-January-February). According to logistic regression analysis,winter is found as a risk factor with statistically significant2.295 times greater risk [p=0001, Exp (B) = 2.925, 95.0%C.I. for EXP (B) = 1.668-5.129].Conclusion: H. pylori antigen positivity rate of our study islower than other previously conducted studies in Turkey.But, positivity rates are higher among women comparedto men, concordant with other studies. Even more, detectionof high positivity rates in winter shows primary infectionand/or relapse can be affected by seasonal changes.Key words: Helicobacter pylori, gastroenterology, stool antigen tes

Haptoglobin and Sickle Cell Polymorphisms and Risk of Active Trachoma in Gambian Children

BACKGROUND: Susceptibility and resistance to trachoma, the leading infectious cause of blindness, have been associated with a range of host genetic factors. In vitro studies of the causative organism, Chlamydia trachomatis, demonstrate that iron availability regulates its growth, suggesting that host genes involved in regulating iron status and/or availability may modulate the risk of trachoma. The objective was to investigate whether haptoglobin (Hp) haplotypes constructed from the functional polymorphism (Hp1/Hp2) plus the functional promoter SNPs -61A-C (rs5471) and -101C-G (rs5470), or sickle cell trait (HbAS, rs334) were associated with risk of active trachoma when stratified by age and sex, in rural Gambian children. METHODOLOGY AND PRINCIPAL FINDINGS: In two cross sectional surveys of children aged 6-78 months (n = 836), the prevalence of the clinical signs of active trachoma was 21.4%. Within boys, haplotype E (-101G, -61A, Hp1), containing the variant allele of the -101C-G promoter SNP, was associated with a two-fold increased risk of active trachoma (OR = 2.0 [1.17-3.44]). Within girls, an opposite association was non-significant (OR = 0.58 [0.32-1.04]; P = 0.07) and the interaction by sex was statistically significant (P = 0.001). There was no association between trachoma and HbAS. CONCLUSIONS: These data indicate that genetic variation in Hp may affect susceptibility to active trachoma differentially by sex in The Gambia

Common Genetic Polymorphisms Influence Blood Biomarker Measurements in COPD

Implementing precision medicine for complex diseases such as chronic obstructive lung disease (COPD) will require extensive use of biomarkers and an in-depth understanding of how genetic, epigenetic, and environmental variations contribute to phenotypic diversity and disease progression. A meta-analysis from two large cohorts of current and former smokers with and without COPD [SPIROMICS (N = 750); COPDGene (N = 590)] was used to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with measurement of 88 blood proteins (protein quantitative trait loci; pQTLs). PQTLs consistently replicated between the two cohorts. Features of pQTLs were compared to previously reported expression QTLs (eQTLs). Inference of causal relations of pQTL genotypes, biomarker measurements, and four clinical COPD phenotypes (airflow obstruction, emphysema, exacerbation history, and chronic bronchitis) were explored using conditional independence tests. We identified 527 highly significant (p 10% of measured variation in 13 protein biomarkers, with a single SNP (rs7041; p = 10−392) explaining 71%-75% of the measured variation in vitamin D binding protein (gene = GC). Some of these pQTLs [e.g., pQTLs for VDBP, sRAGE (gene = AGER), surfactant protein D (gene = SFTPD), and TNFRSF10C] have been previously associated with COPD phenotypes. Most pQTLs were local (cis), but distant (trans) pQTL SNPs in the ABO blood group locus were the top pQTL SNPs for five proteins. The inclusion of pQTL SNPs improved the clinical predictive value for the established association of sRAGE and emphysema, and the explanation of variance (R2) for emphysema improved from 0.3 to 0.4 when the pQTL SNP was included in the model along with clinical covariates. Causal modeling provided insight into specific pQTL-disease relationships for airflow obstruction and emphysema. In conclusion, given the frequency of highly significant local pQTLs, the large amount of variance potentially explained by pQTL, and the differences observed between pQTLs and eQTLs SNPs, we recommend that protein biomarker-disease association studies take into account the potential effect of common local SNPs and that pQTLs be integrated along with eQTLs to uncover disease mechanisms. Large-scale blood biomarker studies would also benefit from close attention to the ABO blood group