Improving Whole Slide Segmentation Through Visual Context - A Systematic Study

While challenging, the dense segmentation of histology images is a necessary first step to assess changes in tissue architecture and cellular morphology. Although specific convolutional neural network architectures have been applied with great success to the problem, few effectively incorporate visual context information from multiple scales. With this paper, we present a systematic comparison of different architectures to assess how including multi-scale information affects segmentation performance. A publicly available breast cancer and a locally collected prostate cancer datasets are being utilised for this study. The results support our hypothesis that visual context and scale play a crucial role in histology image classification problems

Carbono orgânico em solos sob floresta na Amazônia Central.

O carbono orgânico terrestre é alterado pelas interferências sobre o ambiente, sendo que a sua estabilidade ainda necessita de quantificações mais precisas para determinar seus teores e estoques. Este estudo quantificou os teores e estoques de carbono orgânico do solo sob floresta primária até 2 m de profundidade, em diferentes posições topográficas, na Reserva Biologica do Cueiras, Manaus/ZF2, km 34, na Amazônia Central. Coletaram-se amostras de solos ao longo de um transecto de 850 m num gradiente topográfico Latossolo (platô), Argissolo (vertente) e Espodossolo (baixio). Utilizaram-se 9 parcelas de 20 x 40 m, durante cinco anos consecutivos. Os estoques de carbono do solo foram obtidos multiplicando a concentração de carbono pela densidade do solo e espessura de camadas do solo. Delimitou-se uma microbacia hidrográfica, extrapolando-se os teores de carbono obtidos no transecto como forma de avaliar o potencial de estocagem de carbono em uma área de 2.678,68 ha. Entre os solos argilosos, os maiores estoques de carbono foram observados sob Latossolo tanto a nível de transecto (90 a 175,5 Mg ha-1de C) quanto a nível de área da microbacia (100,2 a 195,2 Mg ha-1de C). Os estoques de carbono sob solo arenoso (Espodossolo/baixio) foi superior aos solos argilosos ao longo do transecto (160 a 241 Mg ha-1de C) e próximo a eles na área delimitada da Microbacia do Igarapé Asu (96.90 a 146.01 Mg ha-1de C)

Distribuição do carbono nas frações do solo sob área de floresta.

As transformações dos sistemas naturais nas regiões tropicais, geralmente cobertas por florestas com grande biomassa representam uma importante causa do aumento da concentração de CO2 atmosférico. Estimou-se a estocagem e a suscetibilidade potencial do carbono no solo do ecossistema sob floresta, até 2 m de profundidade, a partir da determinação da qualidade e a da quantidade do carbono orgânico nas diversas frações do solo em área de floresta primária na Amazônia Central. Fracionou-se a matéria orgânica do solo (MOS) por densidade e granulometria, obtendo-se: FLF (fração leve livre), FLIA (fração leve intra-agregada), F-areia (fração areia), F-argila (fração argila) e F-silte (fração silte). As amostras de solo para o fracionamento e análises físicas foram coletadas em posições topográficas distintas (platô, vertente e baixio), em parcelas de 20 m x 40 m, nas camadas entre 0-5, 5-10, 10-20, 20-40, 40-60, 60-80, 80-100, 100-160 e 160-200 cm de profundidade. Na superfície, o carbono está estocado na fração leve livre (FLF) e em profundidade na fração pesada (F-argila). A distribuição do carbono nas frações do solo foram de 112,6 Mg ha-1 (FLF), 2,5 Mg ha-1 (FLIA), 40,5 Mg ha-1 (F-silte), 56,2 Mg ha-1 (F-argila) e 28,3 Mg ha-1 (F-areia). O carbono orgânico do solo (COS) estocado no platô (Latossolo), vertente (Argissolo) e baixio (Espodossolo) foi de 86,1 Mg ha-1, 72,6 Mg ha-1 e 81,4 Mg ha-1, respectivamente, potencializando uma capacidade de emissão para a atmosfera de 240,1 Mg ha-1

Gradient descent learning in and out of equilibrium

Relations between the off thermal equilibrium dynamical process of on-line learning and the thermally equilibrated off-line learning are studied for potential gradient descent learning. The approach of Opper to study on-line Bayesian algorithms is extended to potential based or maximum likelihood learning. We look at the on-line learning algorithm that best approximates the off-line algorithm in the sense of least Kullback-Leibler information loss. It works by updating the weights along the gradient of an effective potential different from the parent off-line potential. The interpretation of this off equilibrium dynamics holds some similarities to the cavity approach of Griniasty. We are able to analyze networks with non-smooth transfer functions and transfer the smoothness requirement to the potential.Comment: 08 pages, submitted to the Journal of Physics

Contribuição dos efeitos de genearcas e de famílias sobre a probabilidade de permanência em rebanhos da raça Nelore.

Foram preditas diferenças esperadas na progênie para probabilidade de permanência no rebanho (stayability) de 4180 touros com filhas na base de dados do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore, utilizando-se modelo de limiar unicaráter de touro-avô materno, sob metodologia bayesiana. Os touros foram classificados em ordem decrescente e aqueles com diferenças esperadas na progênie acima de 57,6%, considerados como TOP1%, foram analisados quanto à genealogia visando avaliar a existência de efeito de família, bem como a contribuição dos genearcas e ancestrais da raça Nelore para a característica considerada. Os principais fundadores, que juntos somaram 18,8% dos genes presentes nos touros TOP1%, foram Karvadi IMP (com 8,2% dos genes, essencialmente via seu filho Chummak), Godhavari IMP (com 6% de contribuição, via Kurupathy e Neófito), Rastã IMP e Falo da BV (2,5 e 2,1%, respectivamente, via materna, pois não apresentaram parentesco com touros ancestrais). O touro Rolex, da variedade mocha, esteve presente em 12 linhas (maternas ou paternas), via seu neto Cardeal. Dos sete ancestrais da raça Nelore com maiores contribuições genéticas (que somaram 15,3% dos genes), cinco foram da variedade mocha. Somente 28 animais aportaram 50% da variabilidade genética, evidenciando o baixo número de animais utilizados como reprodutores na raça Nelore

Ensacamento de frutos de abiu visando à proteção contra o ataque da mosca-das-frutas.

O abiu (Pouteria caimito) é fruto bastante conhecido nos trópicos e consumido in natura. Dentre os principais problemas que afetam a qualidade dos frutos, estão os danos causados por ataque da larva de mosca-das-frutas. O objetivo do trabalho foi determinar o diâmetro do fruto de abiu para efetivar a prática do ensacamento, visando à proteção contra o ataque da mosca. Para isto, foram estabelecidas seis classes de diâmetros: a) frutos com diâmetro menor que 1 cm; b) frutos com diâmetro de 1 a 2 cm; c) frutos com diâmetro de 2 a 3 cm; d) frutos com diâmetro de 3 a 4 cm; e) frutos com diâmetro de 4 a 5 cm; f) frutos com diâmetro maior que 5 cm, e o tratamento-testemunha, que constou de frutos sem proteção. Os sacos para a cobertura dos frutos foram confeccionados em TNT, na cor branca. Após a colheita, os frutos foram medidos e pesados, e depois partidos nos sentidos longitudinal e transversal e avaliados por meio da observação visual, quanto à presença ou ausência de larva da mosca-das-frutas. A eficiência dos tratamentos foi avaliada pela porcentagem de frutos caídos ao chão, e de frutos colhidos com ausência e presença da larva. Foram observados 96,7; 88,3 e 40,0% de queda nos frutos ensacados com diâmetro menor que 1 cm; 1-2 cm, e 2-3 cm, respectivamente. O ensacamento de frutos de abiu com diâmetro entre 1 e 2 cm não é viável devido à alta porcentagem de frutos caídos (96,7%). A maior porcentagem de frutos colhidos sem larva da mosca-dasfrutas (83,3%) é verificada quando os frutos foram ensacados com diâmetro entre três e cinco centímetros