The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Identification du locus yfg-eng impliqué dans la virulence de Salmonella Enteritidis

L'objectif de la thèse était d'identifier des facteurs bactériens impliqués dans l'interaction de Salmonella Enteritidis avec les entérocytes aviaire. Une banque de mutants TnphoA a été criblée sur entérocytes aviaires.La caractérisation des mutants a démontré une instabilité de TnphoA caractérisée par une excision précise et une transposition secondaire. Trois mutants altérés en attachement ont présenté une insertion de TnphoA dans yfgL (du locus yfg-eng), finP et wecE. La construction des mutants polaires a confirmé le rôle de yfgL et finP. yfgL intervient aussi dans l'interaction avec les fibroblastes humains, et les macrophages aviaires. D'autre part il régule la sécrétion des protéines d'entrée et des protéines flagellaires. In vivo yfgL agit sur la colonisation des rates et des cæca de poussins et de souris ainsi que sur la mortalité des souris.Ces données suggèrent que le locus yfg-eng agit sur la virulence de S. Enteritidis via 2 appareils de sécrétion de type III.The purpose of this study was to identify bacterial factors involved in Salmonella Enteritidis interaction with avian entérocytes. A TnphoA bank was screened on avian entérocytes.The characterisation of TnphoA mutants showed instability of TnphoA due to a precise excision and secondary transposition. Three mutants altered in adhesion were mutated in yfgL (yfg-eng locus), finP and wecE. Polar mutations confirmed the roll of yfgL and finP in avian entérocytes interaction. yfgL involves in human fibroblast and avian macrophage interaction. Moreover, it regulates invasion proteins secretion and flagella proteins. In vivo, yfgL behave on spleen and caeca colonisation of chicks and mousses and on lethality of mousses.This study suggests that yfg-eng locus acts on S. Enteritidis virulence by 2 type three systems secretion.TOURS-BU Sciences Pharmacie (372612104) / SudocSudocFranceF

Precise excision and secondary transposition of TnphoA in non-motile mutants of a Salmonella enterica serovar Enteritidis clinical isolate.

International audienceMutagenesis with TnphoA has been widely used in many bacteria. Here, we report the excision and secondary transposition of this transposon in three non-motile (fliC, fliF and motB) mutants of Salmonella enterica serovar Enteritidis (S. Enteritidis). Isolation of motile revertants showed that they were kanamycin resistant and conserved a copy of TnphoA in their genome in an insertion site different from the initial one. They also expressed an intact flagella. Characterization of the motile revertant derived from the fliC mutant showed that TnphoA excised precisely from the fliC gene, resulting in an equivalent amount of FliC secreted protein in the revertant compared to that of the wild-type strain. These results show that TnphoA mutants should be used with care and underline the value of using transposon derivatives lacking the transposase gene

Mutations of the ANG gene in French patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis.

International audienceBACKGROUND: Mutations in the angiogenin gene, ANG, have been associated recently with familial and sporadic forms of amyotrophic lateral sclerosis (ALS). However, the cellular and molecular mechanisms that link ANG, a multidomain protein, to ALS are still unknown. OBJECTIVE: To assess the frequency of ANG gene mutations in 855 French patients with sporadic ALS. DESIGN: We analyzed by direct sequencing the full coding region of the ANG gene in a cohort of French patients with sporadic ALS. The clinical characteristics of patients carrying ANG mutations are detailed. SETTING: French ALS Study Group. Patients A total of 855 patients with sporadic ALS. MAIN OUTCOME MEASURES: Results of genetic analyses. RESULTS: We observed a previously identified mutation (pI46V) in 2 patients with ALS without a known family link and found a novel mutation (pR121H) in 1 patient who developed ALS with rapid progression. We did not observe an association between patients with ALS and the rs11701 polymorphism, as previously reported in certain ALS populations of other ethnic origins. CONCLUSION: Overall, our findings support the implication of ANG gene mutations as a rare but widespread cause of ALS

The YfgL Lipoprotein Is Essential for Type III Secretion System Expression and Virulence of Salmonella enterica Serovar Enteritidis

Salmonella enterica, like many gram-negative pathogens, uses type three secretion systems (TTSS) to infect its hosts. The three TTSS of Salmonella, namely, TTSS-1, TTSS-2, and flagella, play a major role in the virulence of this bacterium, allowing it to cross the intestinal barrier and to disseminate systemically. Previous data from our laboratory have demonstrated the involvement of the chromosomal region harboring the yfgL, engA, and yfgJ open reading frames in S. enterica serovar Enteritidis virulence. Using microarray analysis and real-time reverse transcription-PCR after growth of bacterial cultures favorable for either TTSS-1 or TTSS-2 expression, we show in this study that the deletion in S. enterica serovar Enteritidis of yfgL, encoding an outer membrane lipoprotein, led to the transcriptional down-regulation of most Salmonella pathogenicity island 1 (SPI-1), SPI-2, and flagellar genes encoding the TTSS structural proteins and effector proteins secreted by these TTSS. In line with these results, the virulence of the ΔyfgL mutant was greatly attenuated in mice. Moreover, even if YfgL is involved in the assembly of outer membrane proteins, the regulation of TTSS expression observed was not due to an inability of the ΔyfgL mutant to assemble TTSS in its membrane. Indeed, when we forced the transcription of SPI-1 genes by constitutively expressing HilA, the secretion of the TTSS-1 effector protein SipA was restored in the culture supernatant of the mutant. These results highlight the crucial role of the outer membrane lipoprotein YfgL in the expression of all Salmonella TTSS and, thus, in the virulence of Salmonella. Therefore, this outer membrane protein seems to be a privileged target for fighting Salmonella

Les contes au service de la publicité par Carole Aurouet

International audiencePar un voyage au pays des contes et des légendes, des promenades avec des conteurs de l’écran (Méliès, Cocteau, Prévert, Powell, Mizoguchi, Demy, Gilliam, Burton, Ocelot), des gros plans sur certains longs métrages (du Nibelungen à Alice au pays des merveilles en passsant, entre autres, par Le magicien d’Oz, Le seigneur des anneaux ou Rencontre avec le dragon), et par la parole de cinéastes affectionnant ce type de récits (Agnès Varda, Hélène Angel, Michel Ocelot), il emmène le lecteur/spectateur sur une voie poétique en de constants allers-retours entre littérature et cinéma.Les contes populaires ont très tôt servi de sources d'inspiration aux campagnes publicitaires. En effet, dès le XIXème siècle, la publicité y puise allégrement son inspiration. Comme l'a très bien retracé tout un pan de l'exposition « Il était une fois… les contes de fées », organisée par la Bibliothèque nationale de France avec la collaboration scientifique de La Joie des livres et du Centre national du livre pour enfants, présentée à Paris, du 20 mars au 17 juin 2001 1 , la publicité s'approprie ce genre pour vanter les mérites des produits qu'elle désire vendre. Certaines marques utilisent les personnages éponymes de Grimm ou de Perrault. Le Chat botté se retrouve alors placardé sur des affiches publicitaires au service de laines ou de cirage comme Blanche-Neige et les sept nains le sont pour le chocolat Menier en 1939 (celui qu'ils préfèrent nous dit-on…). Outre les personnages, dans les brochures publicitaires de cette période, les contes originels sont l'objet d'adaptation, de recomposition en vue de mettre en avant le produit à promouvoir. Ils sont alors remodelés dans un but commercial. La célèbre marque Nicolas (le spécialiste du vin depuis 1822 affirment les réclames) reprend par exemple le conte de La Belle au bois dormant : sur l'affiche, la marque insère une bouteille de verre qui fait figure de cercueil dans lequel est allongée la Belle pour mettre en parallèle le vin centenaire (1829) avec le sommeil de la jeune femme. Outre ces détournements-usurpations des contes par les publicitaires-certains grands magasins comme le Bon Marché-mais aussi certains commerçants de taille plus modeste-respectent le support de base et l'illustrent pour fidéliser le client. C'est le cas des images polychromes, les chromos, qui sont éditées par ces derniers et qui reproduisent des contes de fées sous la forme de plusieurs vignettes qui sont données au client avec chaque achat effectué. Ils sont souvent extrêmement fidèles aux illustrations faites par le maître en la matière qu'est Gustave Doré. Pour se procurer la série dans son intégralité, le consommateur est par conséquent invité et incité à effectuer plusieurs achats en ce lieu dans un temps limité. Force est de constater que, de nos jours, la publicité se sert toujours des contes pour vanter les mérites des produits qu'elles souhaitent nous faire acheter. Si nous envisageons les spots publicitaires qui abreuvent la télévision et les cinémas, nous sommes tous rapidemen

Les Contes et légendes à l’écran

International audiencePar un voyage au pays des contes et des légendes, des promenades avec des conteurs de l’écran (Méliès, Cocteau, Prévert, Powell, Mizoguchi, Demy, Gilliam, Burton, Ocelot), des gros plans sur certains longs métrages (du Nibelungen à Alice au pays des merveilles en passsant, entre autres, par Le magicien d’Oz, Le seigneur des anneaux ou Rencontre avec le dragon), et par la parole de cinéastes affectionnant ce type de récits (Agnès Varda, Hélène Angel, Michel Ocelot), il emmène le lecteur/spectateur sur une voie poétique en de constants allers-retours entre littérature et cinéma.Les contes populaires ont très tôt servi de sources d'inspiration aux campagnes publicitaires. En effet, dès le XIXème siècle, la publicité y puise allégrement son inspiration. Comme l'a très bien retracé tout un pan de l'exposition « Il était une fois… les contes de fées », organisée par la Bibliothèque nationale de France avec la collaboration scientifique de La Joie des livres et du Centre national du livre pour enfants, présentée à Paris, du 20 mars au 17 juin 2001 1 , la publicité s'approprie ce genre pour vanter les mérites des produits qu'elle désire vendre. Certaines marques utilisent les personnages éponymes de Grimm ou de Perrault. Le Chat botté se retrouve alors placardé sur des affiches publicitaires au service de laines ou de cirage comme Blanche-Neige et les sept nains le sont pour le chocolat Menier en 1939 (celui qu'ils préfèrent nous dit-on…). Outre les personnages, dans les brochures publicitaires de cette période, les contes originels sont l'objet d'adaptation, de recomposition en vue de mettre en avant le produit à promouvoir. Ils sont alors remodelés dans un but commercial. La célèbre marque Nicolas (le spécialiste du vin depuis 1822 affirment les réclames) reprend par exemple le conte de La Belle au bois dormant : sur l'affiche, la marque insère une bouteille de verre qui fait figure de cercueil dans lequel est allongée la Belle pour mettre en parallèle le vin centenaire (1829) avec le sommeil de la jeune femme. Outre ces détournements-usurpations des contes par les publicitaires-certains grands magasins comme le Bon Marché-mais aussi certains commerçants de taille plus modeste-respectent le support de base et l'illustrent pour fidéliser le client. C'est le cas des images polychromes, les chromos, qui sont éditées par ces derniers et qui reproduisent des contes de fées sous la forme de plusieurs vignettes qui sont données au client avec chaque achat effectué. Ils sont souvent extrêmement fidèles aux illustrations faites par le maître en la matière qu'est Gustave Doré. Pour se procurer la série dans son intégralité, le consommateur est par conséquent invité et incité à effectuer plusieurs achats en ce lieu dans un temps limité. Force est de constater que, de nos jours, la publicité se sert toujours des contes pour vanter les mérites des produits qu'elles souhaitent nous faire acheter. Si nous envisageons les spots publicitaires qui abreuvent la télévision et les cinémas, nous sommes tous rapidemen

Clinical manifestations of intermediate allele carriers in Huntington disease

Objective: There is controversy about the clinical consequences of intermediate alleles (IAs) in Huntington disease (HD). The main objective of this study was to establish the clinical manifestations of IA carriers for a prospective, international, European HD registry. Methods: We assessed a cohort of participants at risk with <36 CAG repeats of the huntingtin (HTT) gene. Outcome measures were the Unified Huntington's Disease Rating Scale (UHDRS) motor, cognitive, and behavior domains, Total Functional Capacity (TFC), and quality of life (Short Form-36 [SF-36]). This cohort was subdivided into IA carriers (27-35 CAG) and controls (<27 CAG) and younger vs older participants. IA carriers and controls were compared for sociodemographic, environmental, and outcome measures. We used regression analysis to estimate the association of age and CAG repeats on the UHDRS scores. Results: Of 12,190 participants, 657 (5.38%) with <36 CAG repeats were identified: 76 IA carriers (11.56%) and 581 controls (88.44%). After correcting for multiple comparisons, at baseline, we found no significant differences between IA carriers and controls for total UHDRS motor, SF-36, behavioral, cognitive, or TFC scores. However, older participants with IAs had higher chorea scores compared to controls (p 0.001). Linear regression analysis showed that aging was the most contributing factor to increased UHDRS motor scores (p 0.002). On the other hand, 1-year follow-up data analysis showed IA carriers had greater cognitive decline compared to controls (p 0.002). Conclusions: Although aging worsened the UHDRS scores independently of the genetic status, IAs might confer a late-onset abnormal motor and cognitive phenotype. These results might have important implications for genetic counseling. ClinicalTrials.gov identifier: NCT01590589