The Dawn of Open Access to Phylogenetic Data

The scientific enterprise depends critically on the preservation of and open access to published data. This basic tenet applies acutely to phylogenies (estimates of evolutionary relationships among species). Increasingly, phylogenies are estimated from increasingly large, genome-scale datasets using increasingly complex statistical methods that require increasing levels of expertise and computational investment. Moreover, the resulting phylogenetic data provide an explicit historical perspective that critically informs research in a vast and growing number of scientific disciplines. One such use is the study of changes in rates of lineage diversification (speciation - extinction) through time. As part of a meta-analysis in this area, we sought to collect phylogenetic data (comprising nucleotide sequence alignment and tree files) from 217 studies published in 46 journals over a 13-year period. We document our attempts to procure those data (from online archives and by direct request to corresponding authors), and report results of analyses (using Bayesian logistic regression) to assess the impact of various factors on the success of our efforts. Overall, complete phylogenetic data for ~60% of these studies are effectively lost to science. Our study indicates that phylogenetic data are more likely to be deposited in online archives and/or shared upon request when: (1) the publishing journal has a strong data-sharing policy; (2) the publishing journal has a higher impact factor, and; (3) the data are requested from faculty rather than students. Although the situation appears dire, our analyses suggest that it is far from hopeless: recent initiatives by the scientific community -- including policy changes by journals and funding agencies -- are improving the state of affairs

Clinical outcomes of percutaneous screw fixation of acetabular fracture: A minimally invasive procedure

الملخص: أهداف البحث: يعد اجراء الاختزال المفتوح مع التثبيت الداخلي بمثابة العلاج القياسي للكسور الحقية. تثبيت الكسور الحقية بالمسمار عن طريق الجلد هو اجراء جديد مرغوب فيه بسبب التشريح المعقد للحوض. في هذه الدراسة، هدفنا تقييم النتائج الوظيفية والحركية ومعدل الشفاء والتشوهات الوعائية العصبية البعيدة في المرضى الذين خضعوا لتثبيت الكسور باستخدام المسمار بالطريق الراجع عن طريق الجلد طرق البحث: شملت دراستنا ۳٦ مريضا يعانون من الكسور الحقية ممن خضعوا للعلاج بطريقة تثبيت الكسور بالمسمار عن طريق الجلد وذلك خلال الفترة من يناير ٢٠۱٦ الى يونيو٢٠٢۱, منهم ۱٨ حالة مصابة بالكسور الحقية في منطقة العمود الأمامي و٧ مصابين بالكسور الحقية على المستوى المستعرض و ۱۱ مصابين بالكسور الحقية المصاحبة منهم ٦ مصابين بكسور حقية على شكل حرف ت. تم وصف الخصائص والنتائج السريرية بالتكرار والنسب المئوية للمتغيرات الفئوية، والمتغيرات المستمرة كقيمة متوسط وانحراف معياري، وتم استخدام برنامج الحزمة الإحصائية للعلوم الاجتماعية للتحليل الإحصائي النتائج: بلغ متوسط الوقت لاستعادة القدرة على الحركة الكاملة مع تحمل الوزن الكامل ۱٢٫٩±٫٤ ٥ أسبوعا، بالإضافة الى حوالي ۱۱٫۱±٫٨ ٢ لاختفاء الألم مع التئام الكسور بشكل مرض. ظهرت اقلية من المرضى بلغت ٨٫۳٪ تعاني من تشوهات تؤثر على الجهاز الوعائي العصبي القاصي بالإضافة الى۱۱٫۱ ٪ من المرضى الذين عانوا من اختلال وظيفي جنسي. تم تقييم شدة الألم أيضا باستخدام مقياس تناظري بصري، وكان متوسط شدة الألم في اليومين الأول والثالث بعد الجراحة ٤±٫٤ ٢و ۳٫٨ ±٫٦ ٢ على التوالي بينما بلغ متوسط شدة الألم قبل الخروج من المستشفى ۱٫٧ ±٢٫٦ الاستنتاجات: يعد التثبيت بالمسمار عن طريق الجلد بديلا جراحيا آمنا وفعالا لمعظم الكسور الحقية Abstract: Objective: Open reduction with internal fixation is the surgical intervention of choice for acetabular fractures (AFs). Percutaneous screw fixation for AFs is a new procedure that is desirable because of the complex anatomy of the pelvis. In this study, we aimed to assess the functional outcomes, mobility, healing, and distal neurovascular abnormalities in patients who underwent percutaneous retrograde screw fixation. Methods: Our study included 36 patients with AFs treated with percutaneous screw fixation between January 2016 and June 2021. There were 18 cases with anterior column AF, 7 cases with transverse AF, and 11 cases with associated AF, 6 of which had a T-shaped AF. Frequencies and percentages were used to describe characteristics and clinical outcomes. Mean and standard deviation were used for continuous variables. SPSS version 23 (IBM Corporation, Armonk, NY, USA) was used for statistical analysis. Results: The average time to regain full mobility with full weight bearing was 12.9 ± 5.4 weeks, and approximately 11.1 ± 2.8 weeks was required for patients to be pain-free with satisfactory fracture healing. Only a minority (8.3%) of patients had abnormalities affecting the distal neurovascular system, and 11.1% experienced sexual dysfunction. Pain severity was assessed with a visual analogue scale. The average pain severity on the first and third post-operative days was 4 ± 2.4 and 3.8 ± 2.6, respectively. However, the average pain intensity before discharge was 1.7 ± 2.6. Conclusion: Percutaneous screw fixation is the most efficient surgical choice for most pelvic/AFs