Viral kültür ile sitopatik etkinin gösterildiği uzamış bir COVID-19 olgusu

Viral kültür ile sitopatik etkinin gösterildiği uzamış bir COVID-19 olgusu Eda Alp Göker1 , Sevim Meşe2 , Gülay Korukluoğlu3 , Atahan Çağatay1 , Serap Şimşek Yavuz1 , Haluk Eraksoy1 1 İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı 2 İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi Viroloji ve Temel İmmunoloji Ana Bilim Dalı 3 Türkiye Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Ulusal Viroloji Referans Laboratuvarı Amaç Dünya Sağlık Örgütü tarafından 2019 sonunda Çin’de ortaya çıkan,tüm dünyayı etkisi altına alan COVID-19 hastalığı 11 Mart 2020’de pandemi olarak ilan edilmiştir.Bu bildiride ilk infeksiyondan yaklaşık 7 ay sonra nazofarengeal sürüntü (NFS) örneğinde SARS-CoV-2 RNA pozitifliği devam eden bir hastada viral kültürle virüs canlılığının doğrulandığı bir olgu sunuldu.Olgu 2019’da akut promyelositik lösemi tanısı alan hastaya 2019 yılında allogenik kök hücre nakli yapılmış. Bir yıl sonra ateş,öksürük yakınmalarıyla başvuran hastanın,19 kasım 2020’deki NFS örneğinde SARSCoV-2 RNA pozitifliği saptandı.Fizik muayenede vücut sıcaklığı 38.3°C,nabız 92 atım/dakika,TA 100/66 mmHg,oda havasında SpO2 %98 olarak saptandı.Tetkiklerinde lökosit 4.60×10⁹ / lt,lenfosit 1.10×10⁹ /lt,C-reaktif protein 12 mg/lt idi.Yaklaşık 3 ay takip edildikten sonra taburcu edilen hastadan aralıklı olarak alınan NFS örneğinde SARS-CoV-2 RNA pozitifliği saptandı.7 haziran 2021’de ateş,öksürük şikayetleriyle başvuran hastadan tekrar NFS örneği alındı.Viral nükleik asit ekstraksiyon ve taşıma sıvısı (vNAT) içerisinde laboratuvara ulaştırılan örneklerinden viral RNA ekstraksiyonu,Bio-Speedy® Viral Nükleik Asit İzolasyon Kiti ile manuel yapıldı.RT-qPCR işlemi,Bio-Speedy® COVID-19 RT-qPCR Tespit Kiti kullanılarak Rotor-Gene Q-5-Plex Real Time PCR (Qiagen, Almanya) cihazında yapıldı.Testin geçerliliğini doğrulayan RNAse P’nin pozitifliğinde,ORF1ab ve N gen bölgesini gösteren sigmoidal eğriler pozitif olarak değerlendirildi.Yedi ay SARS-CoV-2 RNA pozitifliği devam eden hastanın örneğinde canlı virüs varlığı araştırılmak üzere viral kültür yapıldı. Alınan NFS örneği viral transport medium (VTM, Copan diagnostik) içerisinde soğuk zincir kurallarına uygun olarak Türkiye Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Ulusal Viroloji Referans Laboratuvarına gönderildi. Viral kültür işlemleri biyogüvenlik seviye-3 (BSL-3) güvenlik kabininde Vero E6 hücrelerinde yapıldı.Viral kültürün 2.pasajında sitopatik etki saptandı. Sonuç Uzamış COVID-19 olgularında hastaların klinik özellikleri ve eşlik eden hastalıkları titizlikle değerlendirilmelidir

Analysis of Risk Factors Associated with Candidemia Among Patients with or without COVID-19 in Intensive Care Units During the Pandemic Process: A Multicenter Study

Introduction: The objective of this study was to compare the risk factors and mortality rates of candidemia among patients with and without COVID-19 in the intensive care units (ICU). Materials and Methods: This study is a retrospective multicenter observational study, in ICUs of 12 hospitals (eight tertiary and four secondary hospitals) in Türkiye. All adult patients (>18 years) hospitalized in ICUs and developed candidemia between 01.01.2020- 31.12.2021 were included. The following data were collected: age, gender, nasopharyngeal swab SARS-CoV-2 PCR test, species of Candida (Candida albicans or non-albicans Candida), comorbidities, ICU stay, antibiotic use, corticosteroid, and anti-cytokine therapy, central venous catheter (CVC), abdominal surgery, parenteral nutrition, mechanical ventilation (MV), other cultures isolated Candida spp., echocardiography (ECO), mortality. Data from patients with or without COVID-19 were compared. Results: A total of 188 patients, 66 COVID-19 and 122 non-COVID-19, were included in the study. The median age of the patients was 69.5 and there were no differences between the groups. 185 (98.4%) patients had a history of antibiotic use. Sixteen patients, all from the COVID-19 group, had a history of anti-cytokine therapy. Corticosteroid use was higher in COVID-19 patients (p< 0.001). Intraabdominal surgery was higher in the non-COVID-19 group (p< 0.014). C. albicans was isolated from 36.7% of total patients and the remaining were non-albicans Candida species. The overall mortality was higher in COVID-19 patients (p= 0.014). Alzheimer’s and malignancies were higher in non-COVID-19 patients. Intraabdominal surgery, MV, and CVC were higher in tertiary care hospitals whereas parenteral nutrition was higher in secondary care hospitals. Conclusion: Immunosuppressive treatments administered to COVID-19 patients pose a risk in terms of candidemia. Risk factors may differ between secondary and tertiary care hospitals. Preventable risk factors should be determined on a hospital basis and appropriate infection control measures should be taken