Regulation of B Cell Gene Expression and Function by Ikaros, Helios and Bcl6

B lymphocytes constitute a key branch of adaptive immunity by providing specificity to recognize a vast variety of antigens by B cell antigen receptors (BCR) and secreted antibodies. Antigen recognition activates the cells and can produce antibody secreting plasma cells via germinal center reaction that leads to the maturation of antigen recognition affinity and switching of antibody effector class. The specificity of antigen recognition is achieved through a multistep developmental pathway that is organized by interplay of transcription factors and signals through BCR. Lymphoid malignancies arise from different stages of development in abnormal function of transcriptional regulation. To understand the B cell development and the function of B cells, a thorough understanding of the regulation of gene expression is important. The transcription factors of the Ikaros family and Bcl6 are frequently associated with lymphoma generation. The aim of this study was to reveal the targets of Ikaros, Helios and Bcl6 mediated gene regulation and to find out the function of Ikaros and Helios in B cells. This study uses gene targeted DT40 B cell lines and establishes a role for Ikaros family factors Ikaros and Helios in the regulation of BCR signaling that is important at developmental checkpoints, for cell survival and in activation. Ikaros and Helios had opposing roles in the regulation of BCR signals. Ikaros was found to directly repress the SHIP gene that encodes a signaling lipid-metabolizing enzyme, whereas Helios had activating effect on SHIP expression. The findings demonstrate a balancing function for these two Ikaros family transcription factors in the regulation of BCR signaling as well as in the regulation of gene expression. Bcl6 was found to repress plasma cell gene expression program while maintaining gene expression profile of B cells. Analysis of direct Bcl6 target genes suggested novel mechanisms for Bcl6-mediated suppression of plasma cell differentiation and promoting germinal center phenotype.Siirretty Doriast

Regulation of B Cell Gene Expression and Function by Ikaros, Helios and Bcl6

B lymphocytes constitute a key branch of adaptive immunity by providing specificity to recognize a vast variety of antigens by B cell antigen receptors (BCR) and secreted antibodies. Antigen recognition activates the cells and can produce antibody secreting plasma cells via germinal center reaction that leads to the maturation of antigen recognition affinity and switching of antibody effector class. The specificity of antigen recognition is achieved through a multistep developmental pathway that is organized by interplay of transcription factors and signals through BCR.Lymphoid malignancies arise from different stages of development in abnormal function of transcriptional regulation. To understand the B cell development and the function of B cells, a thorough understanding of the regulation of gene expression is important. The transcription factors of the Ikaros family and Bcl6 are frequently associated with lymphoma generation. The aim of this study was to reveal the targets of Ikaros, Helios and Bcl6 mediated gene regulation and to find out the function of Ikaros and Helios in B cells.This study uses gene targeted DT40 B cell lines and establishes a role for Ikaros family factors Ikaros and Helios in the regulation of BCR signaling that is important at developmental checkpoints, for cell survival and in activation. Ikaros and Helios had opposing roles in the regulation of BCR signals. Ikaros was found to directly repress the SHIP gene that encodes a signaling lipid-metabolizing enzyme, whereas Helios had activating effect on SHIP expression. The findings demonstrate a balancing function for these two Ikaros family transcription factors in the regulation of BCR signaling as well as in the regulation of gene expression. Bcl6 was found to repress plasma cell gene expression program while maintaining gene expression profile of B cells. Analysis of direct Bcl6 target genes suggested novel mechanisms for Bcl6-mediated suppression of plasma cell differentiation and promoting germinal center phenotype.</p

Luonnontieteiden ja matematiikan integraatio biologian alan oppimistehtävissä : Osmoosi-ilmiö oppimisen kohteena

Peruskoulussa ja lukiossa opiskellaan oppiaineita, jotka perustuvat tieteenaloille, joissa tietoa luodaan tieteenalalle tyypillisin menetelmin ja käsittein. Oikean maailman ilmiöt eivät kuitenkaan noudata tieteenalojen rajoja, vaan usean ilmiön tarkastelussa tarvitaan usean tieteenalan yhdistämistä. Biologia hyödyntää paljon elementtejä muista luonnontieteistä. Tällöin biologian oppimisen edellytyksenä voi olla riittävä osaaminen myös muissa luonnontieteissä ja matematiikassa. Tutkielmassa tarkastellaan biologiaa sivuaineena opiskelevien luokanopettajaopiskelijoiden oppimista biologian oppimistehtävissä Turun yliopiston biologian laitoksen järjestämällä XBIO4098 Eliöiden rakenne, toiminta ja perinnöllisyys -verkkokurssilla, joissa joutuu hyödyntämään biologian lisäksi matematiikan, kemian ja fysiikan osaamista. Tutkielman tarkoitus oli selvittää, millaisen oppimisen tason luokanopettajaopiskelijat voivat saavuttaa oppimistehtävissä heidän luonnontieteiden ja matematiikan osaamistaidoillaan ja tutkia, voiko muiden tieteenalojen kuin biologian heikompi osaaminen vaikuttaa biologian oppimiseen heikentävästi. Oppimiseen voi vaikuttaa todellisen osaamisen lisäksi myös opiskelijan oman osaamisen kokemus, joka vaikuttaa tutkitusti ainakin fysiikassa ja kemiassa opintosuoritukseen heikentävästi. Opiskelijoiden osaamisen tasoa arvioitiin uudistetun Bloomin taksonomian tasojen kautta analysoimalla seitsemän kurssille osallistuneen opiskelijan palauttamia kurssitehtävien vastauksia ja lisäksi haastattelemalla näistä neljää opiskelijaa, jotta saatiin tarkempi kuva heidän oppimisprosessistaan ja siihen vaikuttavista tekijöistä, jotka eivät liity heidän varsinaiseen asiasisällön osaamiseen. Lisäksi opiskelijoiden omaa kokemusta tieteenalakohtaisesta osaamisesta kysyttiin ennen kurssin alkua lomakekyselyllä. Tutkielmassa selvisi, että opiskelijoiden osaaminen biologiassa ja matematiikassa oli keskimäärin hyvää (ka 3,6 ja 4,3 arvoasteikolla 1-5) ja kemiassa ja fysiikassa keskitasoista (ka 3 ja 3,1 arvoasteikolla 1-5), joka erosi hieman opiskelijoiden oman osaamisen käsityksestä. Neljä opiskelijaa seitsemästä saavuttivat oppimistehtävässä uudistetun Bloomin taksonomian mukaisia korkean ajatteluntaidon merkkipaaluja. Tutkielman tulosten perusteella voidaan varovasti todeta, että heikko osaaminen fysiikassa ja kemiassa voi vaikuttaa vaikeiden ilmiöiden omaksumista biologiassa heikentävästi. Ainakin tässä tutkielmassa opiskelijat kykenivät tasokkaaseen oppimiseen mahdollisista lievistä haasteista huolimatta, mutta liialliset puutteet eri tieteenalojen osaamisessa kuitenkin estää opiskelijaa ratkaisemasta biologian alan oppimistehtävää. Vaikka osalla tutkielmaan osallistuneella opiskelijalla oli huonoja kokemuksia ainakin fysiikan osaamiseen liittyen, opiskelijoiden kokema innostus ja mielenkiinto biologiaa kohti voitti negatiiviset tunteet

Sisäisen tarkastuksen laatu suomalaisissa pörssiyrityksissä

Sisäinen tarkastus on merkitystään kasvattava yrityksen hallinnon keskeinen toiminto, jonka laatu on Suomessa kyseenalaistettu. Tutkielman tarkoituksena on selvittää, mitkä yrityskohtaiset muuttujat vaikuttavat sisäisen tarkastuksen laatuun. Aiemmassa tutkimuksessa laadun merkitystä sisäiselle tarkastukselle on korostettu. Tutkielman aineistona käytetään suomalaisten pörssiyritysten vuoden 2016 selvityksistä hallinto- ja ohjausjärjestelmistä kerättyä sisäisen tarkastuksen laatua kuvaavia indikaattoreita, joista muodostetaan sisäisen tarkastuksen kansainvälisen ammatillisten käytäntöjen ajatusmallin standardien perusteella sisäisen tarkastuksen indeksi. Indeksi, ja siitä johdettu dikotominen muuttuja kuvaavat sisäisen tarkastuksen laatua ja toimivat selitettävänä muuttujana lineaarisessa monen muuttujan regressiomallissa sekä logistisessa regressiomallissa. Tutkielmassa osoitetaan, että sisäisen tarkastuksen käyttö on Suomessa kasvussa, mutta sen laadussa on vielä parannettavaa. Erityisesti yrityksen koko taseen loppusummalla mitattuna on keskeinen sisäisen tarkastuksen laatua parantava tekijä. Lisäksi tutkimuksessa esitetään viitteitä siitä, että yrityksen kompleksisuus liiketoimintasegmenteillä mitattuna, tarkastusvaliokunnan käyttö ja sisäisen tarkastuksen ulkoistaminen saattaisivat parantaa sisäisen tarkastuksen laatua. Tutkielmassa on useita rajoitteita, jotka liittyvät sisäisestä tarkastuksesta raportointiin, sisäisen tarkastuksen indeksiin ja valittuun metodiin, jonka vuoksi tutkimustulokset sisältävät varaumia. Johtopäätöksenä esitetään, että tutkimustulokset sisältävät mahdollisuuden pienemmille ja keskisuurille yrityksille, jotka voisivat erottautua verrokeistaan panostamalla laadukkaaseen sisäiseen tarkastukseen. Lisäksi esitetään sisäisen tarkastuksen tarkempaa tutkimusta, erityisesti koskien sisäisen tarkastuksen ulkoistamista.Internal audit is an increasingly important element of corporate governance. Especially quality is considered a relevant factor of internal audit. Academicians and practitioners have challenged the quality of internal audit in Finland. The objective of this thesis is to identify which company-specific variables are associated with quality of internal audit. Data regarding the use and quality of internal audit was gathered from the corporate governance statements of Finnish listed companies. I formed an internal audit quality index based on the international standards for the professional practice of internal using the statements. The index and a dichotomous dummy-variable that acted as a proxy variable of good/not-good quality internal audit were used as dependent variables in linear regression (OLS) and logistic regression (maximum likelihood) models. The results indicate that usage of internal audit by Finnish companies is more common than few years ago. However, the overall quality of internal audit in Finland seems to be quite low. Following previous research, the results suggest that there is an association between internal audit quality and company size. In addition, there is some evidence that companies with more business segments, audit committees, and outsourced internal audit functions are associated with higher quality. The results are subject to several limitations concerning the corporate governance statements, the index of internal audit, and methodology. As a conclusion, I argue that smaller companies could differ from their peers by investing in the quality of internal audit. The quality of internal audit remains as an interesting subject to study, and further research is needed especially to understand better the phenomenon of outsourced internal auditing

Washingtonin opit ja Kiova : Kansainvälinen valuuttarahasto ja Ukraina 1991–1992

Pro gradu –tutkielmassani tutkin, miten nk. Washingtonin konsensus ohjasi Kansainvälisen valuuttarahaston (IMF) toimittamaa avunantoa Ukrainalle vuosina 1991–1992. Washingtonin konsensuksella tarkoitetaan englantilaisen taloustieteilijän John Williamsonin vuonna 1990 kirjoittamassa artikkelissa ”What Washington Means by Policy Reform” kuvattuja talouspoliittisia suuntaviivoja, joiden katsotaan yleisesti tiivistäneen 1980–1990-lukujen uusliberaalin talousideologian, jota ”washingtonilaiset” instituutiot ja organisaatiot, IMF mukaan lukien, edustivat. Apututkimuskysymyksinä ovat: Mitä Ukrainasta rahastossa tiedettiin ja miten rahasto onnistui Ukrai-nan taloudellisen tilan arvioinnissa? Tutkielman lähdeaineistona käytän Williamsonin Washingtonin konsensusta ja IMF:n asiakirjoja vuosilta 1991–1992. Materiaali sisältää IMF:n johdon kokousten pöytäkirjoja, johdolle laadittuja raportteja, talouskatsauksia, annettuja tiedotteita ja tilastomateriaalia. Tarkastelen IMF:n materiaalia managerialistisesta näkökulmasta, eli tulkitsen IMF:n ylimmän johdon kommenttien ja mielipiteiden edustavan IMF:n kantaa organisaationa. Tutkielmassani esitän, kuinka IMF pyrki vaikuttamaan Ukrainaan yhteistyön alusta lähtien Washingtonin konsensuksen hengessä. IMF:n ehdotti Ukrainalle politiikkasuosituksia, jotka ovat lähes sellaisenaan kopioita Williamsonin kuvaamista talouspoliittisista linjauksista. Poikkeuksellisesti IMF kuitenkin ehdotti Ukrainalle puolustusmenojen myös karsimista, vaikka Washingtonin konsensuksessa maanpuolustus kuvataan alana, joka on IMF:n mandaatin ulkopuolella. IMF hankki tieota Ukrainasta vain pintapuolisesti ja toimi organisaationa hierarkkisesti ja formaalisti, mikä esti rahastoa tulkitsemasta maan tilannetta oikein. IMF:n ei ymmärtänyt Ukrainan sosiaalisten olojen nopeaa heikkenemistä, maata kohdanneen hyperinflaation syitä eikä maassa vaikuttaneen varjotalouden merkitystä. Ukraina pääsi IMF:n jäseneksi varapääministeri Volodymyr Lanovyj’n laatiman, Washingtonin konsensuksen hengen mukaisen taloudellisen strategian avulla. Strategia jäi kuitenkin pelkästään muodollisuudeksi, sillä Ukraina ei tosiasiallisesti implementoinut strategiaa eikä muutenkaan noudattanut IMF:n ohjeita ja neuvoja tutkielman aikarajauksen sisällä. Washingtonin konsensus ohjasi IMF:n ohjeistusta ja avunantoa Ukrainalle, mutta rahaston vaikutus jäi kuitenkin Ukrainan itsenäisyyden alkutaipaleella vähäiseksi. Ukrainan talouden romahdus johtui siten pääosin IMF:stä riippumattomista syistä

Oncogenic Merkel Cell Polyomavirus T Antigen Truncating Mutations are Mediated by APOBEC3 Activity in Merkel Cell Carcinoma

Peer reviewe

A Critical Context-Dependent Role for E Boxes in the Targeting of Somatic Hypermutation

Secondary B cell repertoire diversification occurs by somatic hypermutation (SHM) in germinal centers following Ag stimulation. In SHM, activation-induced cytidine deaminase mutates the V region of the Ig genes to increase the affinity of Abs. Although SHM acts primarily at Ig loci, low levels of off-target mutation can result in oncogenic DNA damage, illustrating the importance of understanding SHM targeting mechanisms. A candidate targeting motif is the E box, a short DNA sequence (CANNTG) found abundantly in the genome and in many SHM target genes. Using a reporter assay in chicken DT40 B cells, we previously identified a 1928-bp portion of the chicken IgL locus capable of supporting robust SHM. In this article, we demonstrate that mutation of all 20 E boxes in this fragment reduces SHM targeting activity by 90%, and that mutation of subsets of E boxes reveals a functional hierarchy in which E boxes within "core" targeting regions are of greatest importance. Strikingly, when the sequence and spacing of the 20 E boxes are preserved but surrounding sequences are altered, SHM targeting activity is eliminated. Hence, although E boxes are vital SHM targeting elements, their function is completely dependent on their surrounding sequence context. These results suggest an intimate cooperation between E boxes and other sequence motifs in SHM targeting to Ig loci and perhaps also in restricting mistargeting to certain non-Ig loci

Ikaros has a crucial role in regulation of B cell receptor signaling

transcription factor Ikaros, a key regulator of hematopoiesis, has an essential role in lymphocyte development. In mice, fetal lymphoid differentiation is blocked in the absence of Ikaros, and whereas T cells develop postnatally, B cells are totally absent. The significance of Ikaros in the B cell development is evident, but how Ikaros regulates B cell function has neither been established nor previously been studied with B cells that lack Ikaros expression. Here we show that disruption of Ikaros in the chicken B cell line DT40 induces a B cell receptor (BCR) signaling defect with reduced phospholipase C gamma 2 phosphorylation and impaired intracellular calcium mobilization, which is restored by Ikaros reintroduction. Furthermore, we show that lack of Ikaros induces hyperphosphorylation of Casitas B lymphoma protein subsequent to BCR activation. These results indicate that the absolute need of Ikaros for development, cell fate decisions and maintenance of B cells is due to the enhancement of BCR signaling

Oncogenic Merkel Cell Polyomavirus T Antigen Truncating Mutations are Mediated by APOBEC3 Activity in Merkel Cell Carcinoma

Merkel cell carcinoma (MCC) is an aggressive skin cancer, which is frequently caused by Merkel cell polyomavirus (MCPyV). Mutations of MCPyV tumor (T) antigens are major pathologic events of virus-positive (MCPyV+) MCCs, but their source is unclear. Activation-induced cytidine deaminase (AID)/APOBEC family cytidine deaminases contribute to antiviral immunity by mutating viral genomes and are potential carcinogenic mutators. We studied the contribution of AID/APOBEC cytidine deaminases to MCPyV large T (LT) truncation events. The MCPyV LT area in MCCs was enriched with cytosine-targeting mutations, and a strong APOBEC3 mutation signature was observed in MCC sequences. AICDA and APOBEC3 expression were detected in the Finnish MCC sample cohort, and LT expression correlated with APOBEC3H and APOBEC3G. Marginal but statistically significant somatic hypermutation targeting activity was detected in the MCPyV regulatory region. Our results suggest that APOBEC3 cytidine deaminases are a plausible cause of the LT truncating mutations in MCPyV+ MCC, while the role of AID in MCC carcinogenesis is unlikely.</p

BLIMP-1 is insufficient to induce antibody secretion in the absence of IRF4 in DT40 cells

Differentiation of B cells into antibody-secreting cells (ASCs), plasmablasts and plasma cells is regulated by a network of transcription factors. Within this network, factors including PAX5 and BCL6 prevent ASC differentiation and maintain the B cell phenotype. In contrast, BLIMP-1 and high IRF4 expression promote plasma cell differentiation. BLIMP-1 is thought to induce immunoglobulin secretion, whereas IRF4 is needed for the survival of ASCs. The role of IRF4 in the regulation of antibody secretion has remained controversial. To study the role of IRF4 in the regulation of antibody secretion, we have created a double knockout (DKO) DT40 B cell line deficient in both IRF4 and BCL6. Although BCL6-deficient DT40 B cell line had upregulated BLIMP-1 expression and secreted antibodies, the DKO cell line did not. Even enforced BLIMP-1 expression in DKO cells or IRF4-deficient cells could not induce IgM secretion while in WT DT40 cells, it could. However, enforced IRF4 expression in DKO cells induced strong IgM secretion. Our findings support a model where IRF4 expression in addition to BLIMP-1 expression is required to induce robust antibody secretion