Detecting of colistin resistance via different methods in multi-drug resistant Gram-negative bacilli isolated from blood cultures

The isolation of colistin-resistant bacteria from bloodstream has increased for few years, causing therapy failure. It is recommended to use colistin in combination in infections caused by these bacteria. Broth microdiution method is the recommended as a standard method to detect colistin resistance. However this method could not be used in routin laboratories since it is labor-intensive and time consuming; therefore the requirement for new easy methods has emerged.In this study, susceptibility to colistin of MDR-GNB was studied by macrodilution, disc elution, commercial microdilution, rapid polymyxin NP tests and compared to broth microdiution to evaluate detecting of colistin resistance in MDR-GNB (n=102) isolated from blood cultures sent from different wards in 2019-2020. The combination of colistin with tigecycline and meropenem were then tested by checkerboard method. Additionally mcr-1 gene was investigated by PCR in colistin resistant isolates.Resistance to colistin was found to be 15%, MİK50 and MİK90 were found to be ≤0.25 μg/ml and 16 μg/ml by BMD method. The categorical agreement was very well (100%) in four methods no very major errors. However macrodilution and commerical microdilution (Diagonistics 8011) methods showed the highest minor errors rates amongst the four methods. The best essential agreement rate was detected by disc elution method. Colistin-meropenem combination exhibited 100% synergism and colistin-tigecycline 80%. No mcr-1 genes were detected in colistin resistant isolates. In conclusion, disc elution and HPNP which those newly developed methods for detecting resistance to colistin were the easiest, cheapest, most efficient and best performing methods, so they are convenient to use in routine laboratory. Colistin-meropenem combination is thought to be an excellent choice to treat bacteremia/sepsis caused by colistin-resistant bacteria

Kan kültüründen izole edilen çoğul dirençli Gram negatif çomaklarda farklı yöntemlerle kolistin direncinin saptanması

Son yıllarda kan kültürlerinden izole edilen çoğul dirençli bakteriler giderek artmaya ve bu bakterilerin etken olduğu kan dolaşımı enfeksiyonlarında tedavi seçeneklerini kısıtlamaya başlamıştır. Kolistin direncinin saptanması için disk difüzyon ve otomatik identifikasyon sistemleri uygun olmadığından sıvı mikrodilüsyon yöntemi altın standart olarak önerilmiştir, ancak bu yöntem emek yoğun ve zaman alıcı olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda uygulanamadığından yeni ve kolay uygulanabilen yöntemlerin geliştirilmesi ihtiyacı ortaya çıkmıştır. Bu amaçla disk elüsyon, ticari mikrodilüsyon ve hızlı polimiksin NP testi gibi yöntemler geliştirilmiştir. Bu çalışmada 2019 -2020 yıllarında çeşitli kliniklerden gönderilen kan kültürlerinden izole edilen 102 çoğul dirençli Gram negatif çomak (46Escherichia coli, 43Klebsiella pneumoniae, 5Pseudomonas aeruginosa, 8Acinetobacter baumannii) kolistine direnç açısından değerlendirilmiştir. Bu amaçla dört farklı yöntem (makrodilüsyon, buyyonda disk elüsyon, ticari Mikrodilüsyon ve hızlı polimiksin NP testi) kullanılmış ve referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Kolistin MİK sınır değeri CLSI rehberine göre <=2 μg/ml olarak alınmıştır. Yöntemlerin referans yöntem ile uygunluğu, kategorik ve esansiyel uyum, çok büyük, büyük ve küçük hata oranları belirlenmiştir. Çoğul dirençli suşların etken olduğu enfeksiyonlarda kolistinin kombinasyon şeklinde kullanılması tercih edilebildiğinden, kolistine dirençli izolatlarda kolistin-tigesiklin ve kolistin-meropenem kombinasyonlarında sinerji olup olmadığı dama tahtası yöntemiyle araştırılmıştır. Ayrıca kolistine dirençli izolatlarda PCR ilemcr-1 direnç geni araştırılmıştır. İzolatlar, disk difüzyon sonuçlarına göre üç gruba ayrılmıştır: GSBL pozitif bakteriler (Grup 1, n=64), karbapenemlere dirençli bakteriler (Grup 2, n=19), tüm antibiyotiklere dirençli bakteriler (Grup 3, n=19). BMD yöntemi ile MİK50ve MİK90değerlerinin sırasıyla <=0.25 μg/ml ve 16 μg/ml olduğu ve 15 (%15) izolatın kolistine dirençli olduğu saptanmıştır. Denenen yöntemlerde kategorik uyumun çok iyi (%100) olduğu bulunmuştur. Bu yöntemlerde çok büyük hataya rastlanmamasına rağmen makrodilüsyon ve ticari mikrodilüsyon yöntemlerinin en fazla küçük hata veren yöntemler olduğu, en iyi esansiyel uyum gösteren yöntemin disk elüsyon olduğu bulunmuştur. Kolistine dirençli izolatlarda kolistin-meropenem kombinasyonu %100 ve kolistin-tigesiklin kombinasyonu %80 oranda sinerjik etki göstermiştir. Kolistine dirençli izolatlardamcr-1 geni saptanmamıştır. Yeni geliştirilen yöntemler olan disk elüsyon ve HPNP testlerinin, kolistin direncini saptamada en verimli, kolay, düşük maliyetli ve iyi performans gösteren testler olması nedeniyle rutin kullanıma uygun olduğu, çoğul dirençli kan dolaşımı enfeksiyonlarında kolistin-meropenem kombinasyonunun iyi bir tedavi seçeneği olabileceği düşünülmektedir