Streptococcus Pneumoniae Serotype 19A in Hospitalized Children With invasive Pneumococcal Disease after the introduction of Conjugated Vaccines in Lima, Peru

BACKGROUND: The Pneumococcal conjugate vaccine (PCV) has decreased cases of invasive pneumococcal disease (IPD) worldwide. However, the impact of PCVs introduction may be affected by the serotype distribution in a specific context. METHODS: Cross-sectional multicenter passive surveillance study of IPD cases in pediatric patients hospitalized in Lima, Peru between 2016 and 2019 (after PCV13 introduction) to determine the serotype distribution and antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae. Serotyping was performed by a sequential multiplex PCR and confirmed by whole genome sequencing. RESULTS: Eighty-five S. pneumoniae isolates were recovered (4.07/100,000 among childrenage). Serotype 19A was the most common (49.4%). Children infected with serotype 19A in comparison with children infected with other serotypes were younger, had a lower rate of meningitis and higher rates of pneumonia, complicated pneumonia and antimicrobial resistance; 28.6% of patients with serotype 19A have received at least one dose of PCV13 vs. 62.8% of patients with other serotypes. Using MIC-breakpoints, 81.2% (56/69) of non-meningitis strains and 31.2% (5/16) of meningitis strains were susceptible to penicillin; 18.8% (3/16) of meningitis strains had intermediate resistance to ceftriaxone. Resistance to azithromycin was 78.8% (67/85). Serotype 19A frequency increased over time in the same study population, from 4.2% (4/96) in 2006-2008, to 8.6% (5/58) in 2009-2011, to 49.4% (42/85) in the current study (2016-2019) (p \u3c 0.001). CONCLUSIONS: After PCV13 introduction in Peru, serotype 19A remains the most prevalent; however, the vaccination coverage is still not optimal. Therefore, additonal surveillance studies are needed to determine the remaining IPD burden

Multicenter Diagnostic Evaluation of OnSite COVID-19 Rapid Test (CTK Biotech) among Symptomatic Individuals in Brazil and the United Kingdom

Evaluating rapid diagnostic tests in diverse populations is essential to improving diagnostic responses as it gives an indication of the accuracy in real-world scenarios. In the case of rapid diagnostic testing within this pandemic, lateral flow tests that meet the minimum requirements for sensitivity and specificity can play a key role in increasing testing capacity, allowing timely clinical management of those infected, and protecting health care systems

IMUNOFENOTIPAGEM DE LINFÓCITOS B EM RESPONDEDORES E NÃO RESPONDEDORES ANTICÓRPICOS: ESTUDO EM COORTE DE PROFISSIONAIS DA SAÚDE VACINADOS COM CORONAVAC

Introdução: A COVID-19 gerou impactos constantes aos profissionais da saúde que estavam na linha de frente de combate, e deste modo foram considerados prioridade para a vacinação no Brasil. A vacina induz uma proteção imune baseada primordialmente na produção de anticorpos, que comumente bloqueiam a interação do vírus com seu receptor celular ou impedem as alterações conformacionais necessárias para a fusão do vírus com a membrana celular, impedindo ou minimizando a infecção. Objetivo: Estudar a resposta à vacina CoronaVac em profissionais da saúde, avaliando as subpopulações de linfócitos B e sua relação com a resposta anticórpica. Métodos: Foi realizada coleta de sangue para separação das células mononucleares do sangue periférico (PMBC) por gradiente de densidade Ficoll-Hypaque. Estas células foram transferidas para placa de cultura na concentração de 2 × 105 células/poço, por 18 horas, em duplicata nas seguintes condições: sem estímulo, estimuladas com mitógenos, estimuladas com pool de peptídeos de SARS-CoV-2. Após estímulo as células foram transferidas para tubos de citometria, e marcadas para avaliação das subpopulações de linfócitos B com os anticorpos monoclonais CD3, CD19, CD24, CD21, IgD, IgM, CD27, CD38. As células foram adquiridas em citômetro de fluxo LSR Fortessa. Resultados: Encontramos maior frequência de linfócitos B naive e plasmablastos no grupo de respondedores (R), enquanto que os não respondedores (NR) apresentaram maior frequência de linfócitos B switched e double negative. Se agregados os dois grupos (R e NR) visualizamos correlação positiva entre a frequência de plasmablastos e os níveis de anticorpos IgG, e também correlação negativa entre a frequência de linfócitos switched e anticorpos IgG. Conclusão: Maior frequência de células naive pode estar relacionada à maior transformação celular durante ativação, estimulando a formação de plasmablastos, o que justificaria a correlação de ambas as subpopulações com maiores níveis de anticorpos IgG vacinais

RESPOSTA CELULAR DE RESPONDEDORES E NÃO RESPONDEDORES ANTICÓRPICOS: ESTUDO EM PROFISSIONAIS DA SAÚDE VACINADOS COM CORONAVAC

Introdução: Profissionais de saúde foram os indivíduos que sofreram constantemente os impactos da COVID-19 sendo considerados prioridade para a vacinação no Brasil. A proteção induzida pelas vacinas disponíveis contra o vírus baseia-se principalmente na produção de anticorpos. Esses anticorpos geralmente bloqueiam a interação do vírus com seu receptor celular ou impedem as alterações conformacionais necessárias para a fusão do vírus com a membrana celular. Objetivo: Estudar a resposta à vacina CoronaVac em profissionais da saúde, avaliando a resposta anticórpica, e a resposta de células T. Métodos: Foi realizada coleta de sangue para separação das células mononucleares do sangue periférico (PMBC) por gradiente de densidade Ficoll-Hypaque. Estas células foram transferidas para placa de cultura na concentração de 2 × 105 células/poço, por 18 horas, em duplicata nas seguintes condições: sem estímulo, estimuladas com mitógenos, estimuladas com pool de peptídeos de SARS-CoV-2, nos poços para avaliação de citocinas foi acrescido Brefeldina A. Após estímulo as células foram transferidas para tubos de citometria, e marcadas para: avaliação de resposta celular com CD3, CD4, CD8, Interferon-γ (INF-γ) e CD38. As células foram adquiridas em citômetro de fluxo LSR Fortessa. Resultados: Apenas no grupo R, os linfócitos TCD8 mostraram maior expressão de CD38 quando estimulados com o pool de peptídeos. A frequência de produtores de INF- γ e não produtores de INF- γ foi semelhante (75.9 % e 77.1%). No grupo NR a produção de INF- γ ocorreu em maior parte concomitantemente por linfócitos TCD4 e TCD8, diferente do grupo R que demonstrou produção semelhante seja por apenas um ou dois tipos de linfócitos T. Conclusão: A produção ou não de anticorpos não parece ter relação direta com a secreção de INF-γ ou expressão de CD38 por linfócitos T. Não houve diferença significativa na produção de INF- γ entre os grupos R e NR

PREDITORES DE PROTEÇÃO CONTRA COVID-19 EM PROFISSIONAIS DE SAÚDE VACINADOS DURANTE 5 ONDAS CAUSADAS POR VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO DO SARS-COV-2 EM SÃO PAULO, BRASIL

Introdução: Os fatores de proteção contra as diferentes variantes do SARS-CoV-2 não estão completamente elucidados. Nosso objetivo foi avaliar o efeito das doses vacinais de reforço e infecções prévias no risco de COVID-19 em profissionais de saúde (PS). Métodos: Este é um estudo caso-controle aninhado numa coorte prospectiva de PS do Hospital das Clínicas/FMUSP. Todos os PS foram acompanhados a partir da administração da segunda dose da vacina contra SARS-CoV-2 até o final da 3° onda da Ômicron com o desfecho de infecção de escape por SARS-CoV-2. As ondas foram classificadas da seguinte forma: Gama (05/03/2021-05/08/2021), Delta (20/08/2021-18/12/2021), 1° Ômicron (25/12/2021–19/03/2022), 2° Ômicron (09/04/2022–30/08/2022) e 3° Ômicron (22/10/2022–20/01/2023). Os casos de infecções de escape foram pareados, por sexo e idade, aleatoriamente com controles na relação 1:2. Os controles foram definidos como PS com ausência de infecção pelo SARS-CoV-2 na onda avaliada. Os preditores de proteção para COVID-19 foram analisados usando o modelo de regressão logística, incluindo as seguintes variáveis independentes: número de doses da vacina, intervalo da última dose até a data da infecção, último tipo de imunizante administrado e intervalo da infecção prévia até a data da infecção atual. Resultados: Um total de 3972 PS foram incluídos, 79% do sexo feminino, com idade mediana de 44 anos. A vacinação primária foi principalmente (98%) com CoronaVac e 90% receberam pelo menos uma dose de reforço antes do início da era Ômicron, principalmente BNT162b2 (86%). Houve 1491 casos pareados de COVID-19 no período total do estudo e 1255 casos na era Ômicron. Na análise do período total do estudo, foi evidenciado efeito protetor de COVID-19 prévio, em comparação a não ter tido previamente, nos últimos 6 meses (OR = 0.24 [p 12 meses (OR = 0,75[p = 0.001]); e proteção de ter recebido a última dose vacinal nos últimos 6 meses em comparação a 6-12 meses (OR = 1,19 [p = 0.01]) e >12 meses (OR = 1,29 [p = 0.10]). Não foi evidenciado efeito protetor do número de doses de reforço da vacina. Adicionalmente, na era Ômicron, houve menor proteção após dose de reforço da CoronaVac (OR = 1,42 [p = 0.04]) em comparação a BNT162b2. Conclusão: Demonstramos que a proteção conferida por imunidade vacinal ou natural contra SARS-CoV-2 tem redução substancial após 6 meses. Adicionalmente, a dose de reforço vacinal utilizando a CoronaVac apresentou menor proteção em comparação a BNT162b2

COVID LONGA: ESTUDO MULTICÊNTRICO BRASILEIRO

Introdução: a infecção pelo SARS-CoV-2 pode levar a persistência ou desenvolvimentos de sintomas além da fase aguda da doença, conhecida como COVID longa. Estima-se que 10-20% dos infectados evoluam com sintomas a longo prazo. Métodos: Realizado estudo observacional multicêntrico com 2 coortes de indivíduos: coorte retrospectiva composta por infectados de setembro 2020 a dezembro 2021 (4 centros de São Paulo), e coorte prospectiva composta de profissionais de saúde, infectados de janeiro a dezembro 2022 (2 centros de São Paulo e 1 do Rio de Janeiro). Utilizado questionário eletrônico para avaliação sociodemográfica, comorbidades, imunização contra COVID-19, número de episódios de COVID-19, gravidade da doença e presença de 12 sintomas relacionados à COVID-19. O questionário foi aplicado 12 a 15 meses e 1 a 2 meses após o diagnóstico nas coortes retrospectiva e prospectiva, respectivamente. COVID longa foi definida como persistência ou desenvolvimento de 1 ou mais sintomas além de 4 semanas de infecção aguda. Os preditores de COVID longa foram avaliados com teste qui-quadrado, e variáveis com p < 0,05 foram incluídas no modelo de regressão logística. O software SPSS, versão 20, foi utilizado para análises estatísticas. Resultados: Incluídos 1907 indivíduos, 76% (n = 1456) pertencentes à coorte prospectiva e 24% (n = 451) à retrospectiva. Mediana de idade 40 anos (28-53), 74% (n = 1409) do sexo feminino. Reinfeção ocorreu em 28% (n = 533) e doença grave em 0,05% (n = 105). Imunização completa com 1 ou 2 doses de reforço em 54% (n = 1037) e 12% (n = 229), respectivamente. Ausência de comorbidades em 67% (n = 1272). COVID longa foi identificada em 67% (n = 1281). Sintomas mais prevalentes: fadiga (60%, n = 771) e dificuldade de concentração (55%, n = 705). Os preditores de COVID longa foram sexo feminino (p < 0,001; OR2,33), número de infeções (p < 0,001; OR 2,20), gravidade da doença (p = 0,01; OR2,04) e presença de comorbidades (p < 0,001; OR 1,60, 1 comorbidade; p = 0,001; OR 2,02, 2 comorbidades e p = 0,001; OR 3,29, 3 ou mais comorbidades). O grau de imunização no momento da infecção demonstrou ser protetora nos vacinados com 1dose (p = 0,034; OR 0,51), 2 doses (p = 0,002; OR0,55); 2 doses e 1 reforço (p = 0,001; OR0,57) e 2 doses e 2 reforços (p < 0,001; OR0,30). Conclusão: a prevalência de COVID longa foi elevada. Sexo feminino, gravidade da COVID-19, número de infecções e presença de comorbidades foram associadas com maior risco. O grau de imunização no momento da infecção aguda mostrou-se proteto

PERFIL DE PROTEÍNA MALDI-TOF MS DE AMOSTRAS DE URINA COMO FATOR PREDITIVO DE GRAVIDADE DA COVID-19 USANDO MACHINE LEARNING

Introdução/Objetivos: O prognóstico da COVID-19 é uma etapa essencial para aumentar a sobrevida do paciente e desempenha um papel importante na alocação de recursos de saúde. A detecção precoce da COVID-19 grave requer técnicas não invasivas, rápidas, de baixo custo e precisas. A proteômica já é descrita na literatura como capaz de detectar padrões para COVID-19 grave, entretanto o uso de amostras pouco invasivas como urina foram pouco exploradas. Neste trabalho utilizamos a proteômica MALDI-TOF MS de amostra de urina combinada com dados clínicos e aprendizado de máquina para predizer gravidade da COVID-19. Métodos: Coorte prospectiva de 372 pacientes hospitalizados com COVID-19 confirmado, realizada no Hospital das Clínicas da FMUSP e no hospital Sírio Libanês, durante o período de julho de 2020 e setembro de 2021. 365 pacientes com até 15 dias de sintomas respiratórios foram incluídos. Amostras de urina foram coletadas, centrifugadas e o sobrenadante estocado a -80°C até o momento de análise. Para obtenção do proteoma por MALDI-TOF MS um total de 500µL de urina foram filtrados (filtro Amicon de 10 kD), dessalinizados (utilizando coluna C18) e submetidos a MALDI-TOF MS, usando uma matriz HCCA. Os arquivos brutos foram pré-processados no R, submetidos às etapas de transformação de dados, normalização, suavização e identificação de picos. A normalidade dos picos identificados foi testada e um teste Wilcoxon rank-sum foi realizado para filtrar os picos proteicos mais relevantes. Os picos resultantes foram usados para treinar um modelo de aprendizado de máquina para classificação de amostras entre condições leves e graves com e sem dados clínicos. Como critério de gravidade, foram considerados necessidade de ventilação mecânica, internação, óbito e marcadores de função renal como ureia e creatinina. Resultados: O modelo de floresta aleatória treinado apenas com o MALDI-TOF MS alcançou um AUC-ROC de 0,760, com precisão, sensibilidade e especificidade de 0,73, 0,77 e 0,69, respectivamente na predição de gravidade da COVID-19. A adição de dados clínicos aos dados proteômicos resultou em um AUC-ROC de 0,827 e sensibilidade e especificidade de 0,81 e 0,87, respectivamente. Conclusões: O perfil proteico por MALDI-TOF MS demonstrou ter potencial para prognóstico de COVID-19; no entanto, a alta variabilidade do proteoma da urina prejudicou o desempenho do modelo. A adição de dados clínicos demonstrou aumentar o desempenho do modelo na classificação da amostra

Reinfection rate in a cohort of healthcare workers over 2 years of the COVID-19 pandemic

Abstract In this large cohort of healthcare workers, we aimed to estimate the rate of reinfections by SARS-CoV-2 over 2 years of the COVID-19 pandemic. We investigated the proportion of reinfections among all the cases of SARS-CoV-2 infection from March 10, 2020 until March 10, 2022. Reinfection was defined as the appearance of new symptoms that on medical evaluation were suggestive of COVID-19 and confirmed by a positive RT-PCR. Symptoms had to occur more than 90 days after the previous infection. These 2 years were divided into time periods based on the different variants of concern (VOC) in the city of São Paulo. There were 37,729 medical consultations due to COVID-19 at the hospital’s Health Workers Services; and 25,750 RT-PCR assays were performed, of which 23% (n = 5865) were positive. Reinfection by SARS-CoV-2 was identified in 5% (n = 284) of symptomatic cases. Most cases of reinfection occurred during the Omicron period (n = 251; 88%), representing a significant increase on the SARS-CoV-2 reinfection rate before and during the Omicron variant period (0.8% vs. 4.3%; p < 0.001). The mean interval between SARS-CoV-2 infections was 429 days (ranged from 122 to 674). The Omicron variant spread faster than Gamma and Delta variant. All SARS-CoV-2 reinfections were mild cases

Multicenter Diagnostic Evaluation of OnSite COVID-19 Rapid Test (CTK Biotech) among Symptomatic Individuals in Brazil and the United Kingdom

The COVID-19 pandemic has given rise to numerous commercially available antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDTs). To generate and to share accurate and independent data with the global community requires multisite prospective diagnostic evaluations of Ag-RDTs. This report describes the clinical evaluation of the OnSite COVID-19 rapid test (CTK Biotech, CA, USA) in Brazil and the United Kingdom. A total of 496 paired nasopharyngeal (NP) swabs were collected from symptomatic health care workers at Hospital das Clínicas in São Paulo, Brazil, and 211 NP swabs were collected from symptomatic participants at a COVID-19 drive-through testing site in Liverpool, United Kingdom. Swabs were analyzed by Ag-RDT, and results were compared to quantitative reverse transcriptase PCR (RT-qPCR). The clinical sensitivity of the OnSite COVID-19 rapid test in Brazil was 90.3% (95% confidence interval [CI], 75.1 to 96.7%) and in the United Kingdom was 75.3% (95% CI, 64.6 to 83.6%). The clinical specificity in Brazil was 99.4% (95% CI, 98.1 to 99.8%) and in the United Kingdom was 95.5% (95% CI, 90.6 to 97.9%). Concurrently, analytical evaluation of the Ag-RDT was assessed using direct culture supernatant of SARS-CoV-2 strains from wild-type (WT), Alpha, Delta, Gamma, and Omicron lineages. This study provides comparative performance of an Ag-RDT across two different settings, geographical areas, and populations. Overall, the OnSite Ag-RDT demonstrated a lower clinical sensitivity than claimed by the manufacturer. The sensitivity and specificity from the Brazil study fulfilled the performance criteria determined by the World Health Organization, but the performance obtained from the UK study failed to do. Further evaluation of Ag-RDTs should include harmonized protocols between laboratories to facilitate comparison between settings. IMPORTANCE Evaluating rapid diagnostic tests in diverse populations is essential to improving diagnostic responses as it gives an indication of the accuracy in real-world scenarios. In the case of rapid diagnostic testing within this pandemic, lateral flow tests that meet the minimum requirements for sensitivity and specificity can play a key role in increasing testing capacity, allowing timely clinical management of those infected, and protecting health care systems. This is particularly valuable in settings where access to the test gold standard is often restricted