MMP9 Geninin Aort Diseksiyonundaki Olası Etkilerinin Araştırılması

Amaç: Kardiyovasküler hastalıklar ve kanser metastazında sıklıkla araştırılan matriks metalloproteinazlar (MMPs) ekstraselüler matriks düzenleyicileridir. Çalışmamız, aort diseksiyonu olan hastalarda MMP9 genindeki spesifik polimorfizmleri incelemeyi ve MMP9'un aort diseksiyonu üzerindeki etkisini ekspresyon veri setleri ile karşılaştırmayı amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: Q279R ve P574R polimorfizmleri 44 aort diseksiyon tanısı almış ve 40 sağlıklı bireyde polimeraz zincir reaksiyonu - restriksiyon parça uzunluğu polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemiyle çalışıldı. Q279R ve P574R prevalansı istatistiksel olarak hastaların tıbbi verileriyle karşılaştırıldı. Buna ek olarak, NCBI GEO veri tabanından aort diseksiyon veri setleri toplandı ve MMP9 ifadesindeki farklılıkları görmek amacıyla bu veri setleri GEO2R ve RStudio ile yeniden analiz edildi. Elde edilen sonuçların informatik analizi için çevrimiçi veri tabanları kullanıldı. Bulgular: CG alleli taşıyıcısı kadınların aort diseksiyonu geliştirme riski erkeklerden daha yüksek bulunmasına rağmen her iki çalışma grubunda da allellerin genotipik dağılımı benzer bulunmuştur. MMP9'un protein-protein etkileşim analizinin ve hastaların tıbbi verilerinin incelenmesinin sonucu olarak, P574R hipertansiyonu olan hastalarda önemli bir bulgu olarak değerlendirilmiştir. Array verisi analizinde ise MMP9 ifadesinde kritik bir değişim gözlemlenmemiş olup, birçok örnekte TIMP ifade seviyelerinde azalma tespit edilmiştir. Ayrıca MMP9’u hedefleyen miRNA ekspresyon seviyelerinin aort dokusu ve kanda düşük olduğu saptanmıştır. Sonuç: Q279R ve P574R, MMP9 protein yapısını doğrudan etkilemeyen iki polimorfizmdir. İncelenen polimorfizmler ve gerçekleştirilen meta-analizler, MMP9'un fenotipi doğrudan etkilemediği, ancak istatistiksel sonuçlarda görüldüğü gibi aort diseksiyonu gelişimi için zemin hazırladığını göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Aort diseksiyon, MMP9, Q279R, P574R, gen ifade veris

DHRS2 is a potential marker of breast cancer metastasis

BackgroundAlthough breast cancer treatment success has increased, biomarkers are still important. The dehydrogenase/reductase DHRS2 has a role in the metabolic and survival activities of cells. DHRS2 directly binds MDM2 and inhibits the cellular processes of p53. Our study aimed to examine cellular response to inhibit DHRS2 gene expression in the breast cancer cell line MCF7.Methods and resultsThe RNAi suppressed DHRS2 expression has been investigated in the breast carcinoma cell line MCF7 and, different study groups were formed to observe the impact. Afterward, an apoptotic marker was applied to the groups for measuring the amount of apoptotic and necrotic cells by flow cytometer. Cells were stained withtrypan blueforcell viability, and we used anMTT assayforcellular proliferationmeasurement. Finally, migration experiments were performed using the wound healing model, and their gap width was calculated with the ImageJ program. Comparing to the non-transfected cells (NTC), the apoptotic cell number of non-targeting (NT) and DHRS2 siRNA (si-DHRS2) transfected groups had less quantity. While there was no critical difference in proliferation and viability, DHRS2 deficient cells gave the lowest closure rate than control groups in migration tests. The gene silencing rates of all groups were controlled by quantitative PCR.ConclusionsThe migration assay results of DHRS2 inhibition, the gene popularity is increasing day by day in the literature, will be pioneers for metastasis studies. It is also usual that cell apoptosis and proliferation, which have many regulatory mechanisms, are not critically affected by the absence of DHRS2

CEBPB transkripsiyon faktörünün MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisi

Transkripsiyonel düzenleyici olarak rol oynayan yüksek MN1 gen ekspresyonunun in vivo fare modelinde myeloproliferatif hastalık (MPD) gelişimine, yüksek MN1 ekspresyonu birlikte CBFb-MYH11 varlığının ise akut miyeloid lösemi (AML) gelişimine neden olduğu gösterilmiştir. UCSC Genome Browser’da meningioma1 (MN1) bazal promoter bölgesini analiz ettiğimizde ENCODE projesi kapsamında Hela hücrelerinde ChIP dizileme ile CCAAT enhancer binding beta (CEBPB) transkripsiyon faktörüne ait bir peak saptanmıştır. Fakat CEBPB’nın bu bölgeye bağlandığı doğrulanmamış ve fonksiyonel önemi araştırılmamıştır. Bu çalışma ile CEBPB geninin MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Yüksek seviyede MN1 eksprese eden servikal hücre soyu olan HeLa ve AML hücre soyu olan NB4 kullanıldı. CEBPB bu hücrelerde siRNA ile baskılanarak, 24., 36., 48., 72. ve 96. saatlerde MN1 ekspresyonu üzerinde değişikliğe neden olup olmadığı kantitatif gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırıldı.24, 36, 48. saatlerde HeLa hücrelerinde CEBPB’ nin baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde etkisi olmadığını göstermiştir. 72. ve 96. saatte ise MN1 ekspresyonun 1,5 kat arttığı gösterilmiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01). NB4 hücrelerinde ise 48. saatte etkisi olmadığı ve 72. saatte 1,4 ve 96. saatte 1,3 kat arttığı göstermiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01).Bu sonuçlar CEBPB baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde geç ve düşük düzeyde etkisinin olduğunu göstermiştir. Elde ettiğimiz bu bulguların reporter deneyleri gibi daha ileri analizlerle doğrulanması gerekmektedir. Bu çalışma, CEBPB’nin indirekt olarak veya koregulator olabilecek başka faktörlerle kompleks oluşturup, MN1 transkripsiyonunu düzenleyebileceğini düşündürmektedir