Laboratuvar tasarımı bir HBV DNA kantitasyon protokolü rutin kullanıma uygun olabilir mi? – Ege Üniversitesi Klinik Viroloji Laboratuvarı deneyimi

Aim: Hepatitis B virus (HBV) DNA quantification is an important indicator during the follow-up of chronic hepatitis B infection, which has a major public health impact in Turkey due to its hepatocellular carcinoma and fatal liver damage end-points. There are many different methods and systems used in clinical virology laboratories for HBV DNA quantification. The aim of this study was to test whether a laboratory designed real time assay protocole would be compatible with ABI Prism 7500 (PE Biosystems) in Ege University Medical School’s Virology/Molecular Biology laboratory and to compare it with the routinely used COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 (CAP-CTM, Roche, Branchburg, NJ) HBV DNA test. Materials and Methods: A real time test based on Taqman technology to detect HBV DNA was designed in the Virology/Molecular Biology Laboratory of Ege University Medical School’s Medical Microbiology Department and it was evaluated. 332 samples sent to the laboratory for HBV DNA quantification were included in the study and were compared with the COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 HBV DNA test routinely used in the laboratory. Results: HBV DNA results of 176 out of 332 samples were in the dynamic range of the protocol. The quantitative results of 176 samples in dynamic range were concordant. The results of 106 samples were negative according to both systems.Amaç: Hepatosellüler karsinoma ve fatal karaciğer hasarına yol açması nedeniyle ülkemizde de önemli bir halk sağlığı sorunu olan kronik Hepatit B enfeksiyonunun izleminde Hepatit B virüs (HBV) DNA kantitasyonu önemli bir göstergedir. Klinik viroloji laboratuvarlarında HBV DNA kantitasyonu için kullanılan birçok farklı yöntem ve sistemler mevcuttur. Bu çalışmanın amacı laboratuvar tasarımı gerçek zamanlı bir PCR protokolün Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji/Moleküler Biyoloji laboratuvarında ABI Prism 7500 (PE Biosystems) için uygunluğunun değerlendirilmesi ve rutin kullanılan HBV DNA test COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 (CAP-CTM; Roche, Branchburg, NJ) HBV DNA testi ile karşılaştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: HBV DNA saptanmasına yönelik geliştirilmiş, laboratuvar tasarımı, Taqman teknolojisine dayanan, bir gerçek zamanlı test Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji/Moleküler Biyoloji laboratuvarında denendi. Rutin HBV DNA kantitasyonu amacıyla gönderilen 332 örnek çalışmaya alındı ve kullanılmakta olan HBV DNA test COBAS AmpliPrep-COBAS TaqMan 48 HBV DNA testi ile karşılaştırıldı. Bulgular: 332 örneğin 176’sının sonuçları protokolün dinamik aralığı içinde idi. Dinamik aralık içinde olan 176 örneğin kantitatif sonuçları uyumlu idi. 106 örnek her iki sistem ile negatif bulundu. Sonuç: Laboratuvar tasarımlı HBV DNA kantitatif protokolünün klinik viroloji laboratuvarında uygulanabilir, rutin tanı ve klinik pratikte HBV ile infekte hastaların izlenmesi için uygun, ucuz, geniş dinamik aralık sağlayan bir yöntem olduğu sonucuna varıld

Evaluation of immunoblot-based assay for detecting epstein-barr virus viral capsid antibodies

Epstein-Barr virus (EBV) enfeksiyonlarının serolojik tanısında, immünofloresan (IFA) tekniklere alternatif olabilecek, uygulanması daha pratik ve değerlendirmesi daha objektif yeni alternatif yöntemler denenmektedir. Bu çalışmada, EBV viral kapsid antijenine karşı antikor varlığının (anti-VCA IgM ve anti-VCA IgG) saptanmasında immünoblot (IB) temelli bir testin, serolojik altın standart olarak kabul edilen IFA ile karşılaştırmalı performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ege Üniversitesi Hastanesi Seroloji Laboratuvarına EBV enfeksiyonu serolojik durumunun saptanması amacıyla gönderilen yaşları 3 ay ile 89 yıl (ortalama 28 yıl) arasında değişen 104 kadın, 173 erkek hastaya ait 277 serum örneği alınmıştır. Tüm örnekler, IB (Euroline IgM ve IgG; Euroimmun, Almanya) ve IFA (EBV-CA IgG ve IgM, Euroimmun, Almanya) testleri ile çalışılmış ve sonuçlar phi (?) ilişki katsayısı kullanılarak karşılaştırılmıştır. IB yön- temiyle VCA IgM pozitif bulunan 216 olgunun sadece 34 (%15.7)’ü IFA IgM ile doğrulanırken, 162 (%75)’si IFA ile negatif, 20 (%9.3)’si ise şüpheli olarak saptanmıştır (?= 0.167; düşük ilişki). Buna karşın IB yöntemiyle VCA IgG pozitif bulunan 85 olgunun 82 (%96.5)’si IFA IgG ile doğrulanmış, 2 (%2.3)’si negatif ve 1 (%1.2)’i şüpheli olarak tespit edilmiş; IB ile negatif bulunan olguların %33.3 (6/18)’ü IFA IgG ile de negatif sonuç vermiştir (?= 0.441; anlamlı ilişki). IFA ile alınan şüpheli sonuçlar değerlendirme dışı bırakıldığında; IB VCA IgG ile IFA IgG sonuçları arasındaki uyum %85.4 (88/103) ve IB VCA IgM ile IFA IgM sonuçları arasındaki uyum %27.3 (69/253) olarak hesaplanmıştır. IB VCA IgM yönteminde bantların reaksiyon şiddeti ile IFA IgM pozitifliği arasındaki ilişki incelendiğinde; IB testinde bant koyuluğu (1+’den 3+’e doğru) arttıkça IFA testindeki pozitiflik oranlarının da arttığı (p19 bandı için %9.9’dan %29.5’e; gp125 bandı için %24’ten %85.7) gözlenmiştir. IB VCA IgM testinde, 165 örnekte tek başına p19 bant pozitifliği belirlenmiş, bunlardan 135 (%81.8)’inin IFA ile negatif, 15 (%9.1)’inin pozitif ve 15 (%9.1)’inin şüpheli sonuç verdiği izlenmiştir. IB temelli testler otomatize platformları ve bir serum örneğinde farklı IgG panellerinin saptanabilmesi gibi özellikleri nedeniyle IFA‘ya alternatif olmakla beraber, çalışmamızda VCA IgM testinde yalancı pozitiflik oranının oldukça yüksek olduğu (%75) gözlenmiştir. Sonuç olarak, tarama testi olarak IB yönteminin kullanıldığı rutin laboratuvarlarda, VCA IgM testi ile pozitif sonuç (özellikle de tek başına p19 bandı pozitifliği) veren örnekler ile düşük şiddette bant oluşturan örneklerin IFA ile doğrulanması gerektiği kanısına varılmıştır.Various attempts have been made to improve Epstein-Barr virus (EBV) serodiagnosis by developing more practical and objective methods than immunofluorescence-based assays. In the present study, the performance of immunoblot-based assays were evaluated by comparing the results obtained by the gold standard immunofluorescence antibody (IFA) test for the detection of IgM and IgG antibodies against EBV viral capsid antigen (anti-VCA). Serum samples of 277 patients admitted to Ege University Hospital for routine EBV diagnosis were included in the study. The age range of the patients was 3 months-89 years (mean 28 years) and 104 of them were females and 173 were males. All the samples were assayed by commercial immunoblot (Euroline IgM and IgG; Euroimmun, Germany) and IFA (EBV-CA IgG and IgM, Euroimmun, Germany) methods. Crosstabulation, chi-square test and phi (Φ) measures in SPSS 16.0 statistical package programme were used for data analysis. Of the 216 samples that were interpreted as positive with immunoblot-based IgM assay, only 34 (15.7%) were confirmed as positive with IFA, whereas 162 (75%) were negative, and 20 (9.3%) were equivocal (Φ= 0.167; low correlation). Of the 85 samples that were anti-VCA IgG positive with immunoblot assay, 82 (96.5%) were positive, 2 (2.3%) were negative and 1 (1.2%) were equivocal with IFA (Φ= 0.441; significant correlation). When the indeterminate results obtained by IFA test were excluded from the evaluation, the correlation between immunoblot VCA IgG and IFA IgG was 85.4% (88/103) and between immunoblot VCA IgM and IFA IgM was 27.3% (69/253). When the intensities of bands were evaluated for IgM testing, it was noted that as the intensity of the bands increased (1+ to 3+), IFA VCA IgM reactivity rates increased (from 9.9% to 29.5% for p19 band; from 24% to 85.7% for gp125 band). For immunoblot VCA IgM testing, 165 samples were found to be positive only for VCA p19 band. Of these samples, 135 (81.8%) were negative, 15 (9.1%) were positive and 15 (9.1%) were equivocal with IFA. It is observed that even though immunoblot assays with automated blotting and scanning systems can be a convenient alternative to immunofluorescence assay, the rate of false positivity obtained for VCA IgM was high (75%). It was concluded that in laboratories which apply immunoblotting as a primary screening test for EBV serodiagnosis, the positive VCA IgM results (particularly isolated p19 band positivity) and the presence of low intensity bands, should be confirmed by IFA testing

HIV pozitif / AIDS hastalarının tanı ve izlemi için geliştirilen veri tabanı ortamı

The collection of reliable data is the first step to assess the status of HIV/AIDS in a community. HIV recording systems are necessary for organizing and analyzing the patients' data. The aim of the study was to develop a database to be used to track HIV positive/AIDS patients. The database includes general demographic fields as well as specific fields such as health history, laboratory and other clinical history, current and past drug regimens (both antiretroviral and non-antiretroviral drugs). It is also possible to organize and maintain a patient database according to specific diseases, laboratory tests and /or medication treatments.Güvenilir verilerin toplanması, bir toplumda HIV/AIDS durumunun saptanmasında ilk basamaktır. HIV kayıt sistemlerinin geliştirilmesi, özellikle verilerin organizasyonu ve analizi açısından yararlıdır. Bu çalışmada, HIV/AIDS'N hasta verilerinin standart bir şekilde toplanmasını amaçlayan bir veri tabanı programı oluşturulmuştur. Bu veri tabanı programında, hastaya ait genel demografik bilgilerin yanı sıra, yakınma ve muayene bulguları, laboratuvar sonuçları, tedavi (antiretroviral veya diğer) ve izlem gibi bilgiler kaydedilebilmekte, gerektiğinde bu bilgiler sorgulanarak rapor haline getirilebilmektedir

Seroprevalence of HBsAg, Anti-HIV1/2 and Anti-HCV in Pregnancies at Ege University Medical Faculty Hospital

Giriş: Hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve insan immünyetmezlik virüsü (HIV) infeksiyonlarında vertikal geçiş önemli bir bulaşma yoludur. Bu viral infeksiyon etkenlerinin gebelik döneminde belirlenmesi, anne ve bebek sağlığı açısından önemlidir. Bu çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran gebelerde, hepatit B yüzey antijeni (HBsAg), hepatit C antikoru (anti-HCV) ve HIV antikoru (anti-HIV1/2) pozitifliğinin araştırılması amaçlandı.Materyal ve Metod: Ocak 2014-Temmuz 2017 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Gebe Polikliniğine başvuran ve Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji Laboratuvarında HBsAg, anti-HCV ve anti-HIV testleri Architect i2000SR (Abbott, ABD) sistemi ile çalışılan, yaşları 16-49 yıl arasında (yaş ortalaması 30.3 ± 5.9) olan gebelerin sonuçları değerlendirmeye alındı. Bulgular: Çalışmaya alınan 8967 gebenin 127 (%1.4)'sinde HBsAg pozitif, 8865 gebenin 34 (%0.4)'ünde anti-HCV pozitif, 8803 gebenin 12 (%0.1)'sinde anti-HIV1/2 pozitif olarak saptandı.Sonuç: Gebelik dönemi, HBV taşıyıcısı kişilerin saptanması ve yenidoğan infeksiyonlarının önlenmesi açısından çok önemlidir. Yine anneden bebeğe HIV bulaşında en önemli korunma, annedeki HIV infeksiyonunun erken saptanması ve etkin önlemlerin alınmasıdır. Diğer yandan, etkili önleyici yöntemlerin olmaması gebelerde HCV infeksiyonu açısından taramanın gereksiz olduğunu düşündürmekle birlikte gebenin HCV pozitif olduğunun bilinmesi kontamine kan ile bebeğin temasına neden olabilecek invaziv obstetrik girişimlerden kaçınmak açısından yararlı olabilir. Bu infeksiyon etkenlerinin gebelik döneminde taranması anne ve bebek sağlığı açısından yararlıdırIntroduction: Vertical transmission is an important route for hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus (HIV) infections in children. Determination of these viral infectious agents during pregnancy is important for both maternal and infant health. In this study, the prevalances of hepatitis B surface antigen (HBsAg), hepatitis C antibody (anti-HCV) and human immunodeficiency virus antibody (anti-HIV1/2) were determined in pregnant women admitted to Ege University Medical Faculty Hospital outpatient pregnancy clinic. Materials and Methods: Test records of pregnant women, aged between 16-49 years (mean 30.3 ± 5.9), who applied to Ege University Medical Faculty Hospital Obstetrics Outpatient Clinic between January 2014 and July 2017 were tested for HBsAg, anti-HCV and anti-HIV in the Virology Laboratory, and were evaluated. Samples were screened for viral markers using Architect i2000SR (Abbott, USA). Results: ELISA results demonstrated the existence of HBsAg in 127 (1.4%) among 8967; anti-HCV in 34 (0.4%) among 8865 and anti-HIV 1/2 in 12 (0.1%) among 8803 pregnant women. Conclusion: Since perinatal exposure is an important mode of HBV transmission resulting in chronic disease in infected infants and is preventable with immunoprophylaxis, it is important to determine the HBV infected mother. The same is true for HIV infection which can be prevented if it is detected during pregnancy. For HCV infection, even though definite effective preventive measures are lacking, invasive obstetric procedures favoring the contact with contaminated maternal blood could be avoided. Screening of these viral infectious agents during pregnancy is important for both maternal and infant healt

Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Gebelerde HBsAg, Anti-HIV1/2 ve Anti-HCV Seroprevalansı

Introduction: Vertical transmission is an important route for hepatitis B virus (HBV), hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus (HIV) infections in children. Determination of these viral infectious agents during pregnancy is important for both maternal and infant health. In this study, the prevalances of hepatitis B surface antigen (HBsAg), hepatitis C antibody (anti-HCV) and human immunodeficiency virus antibody (anti-HIV1/2) were determined in pregnant women admitted to Ege University Medical Faculty Hospital outpatient pregnancy clinic. Materials and Methods: Test records of pregnant women, aged between 16-49 years (mean 30.3 ± 5.9), who applied to Ege University Medical Faculty Hospital Obstetrics Outpatient Clinic between January 2014 and July 2017 were tested for HBsAg, anti-HCV and anti-HIV in the Virology Laboratory, and were evaluated. Samples were screened for viral markers using Architect i2000SR (Abbott, USA). Results: ELISA results demonstrated the existence of HBsAg in 127 (1.4%) among 8967; anti-HCV in 34 (0.4%) among 8865 and anti-HIV 1/2 in 12 (0.1%) among 8803 pregnant women. Conclusion: Since perinatal exposure is an important mode of HBV transmission resulting in chronic disease in infected infants and is preventable with immunoprophylaxis, it is important to determine the HBV infected mother. The same is true for HIV infection which can be prevented if it is detected during pregnancy. For HCV infection, even though definite effective preventive measures are lacking, invasive obstetric procedures favoring the contact with contaminated maternal blood could be avoided. Screening of these viral infectious agents during pregnancy is important for both maternal and infant healthGiriş: Hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve insan immünyetmezlik virüsü (HIV) infeksiyonlarında vertikal geçiş önemli bir bulaşma yoludur. Bu viral infeksiyon etkenlerinin gebelik döneminde belirlenmesi, anne ve bebek sağlığı açısından önemlidir. Bu çalışmada Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran gebelerde, hepatit B yüzey antijeni (HBsAg), hepatit C antikoru (anti-HCV) ve HIV antikoru (anti-HIV1/2) pozitifliğinin araştırılması amaçlandı.Materyal ve Metod: Ocak 2014-Temmuz 2017 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Gebe Polikliniğine başvuran ve Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Viroloji Laboratuvarında HBsAg, anti-HCV ve anti-HIV testleri Architect i2000SR (Abbott, ABD) sistemi ile çalışılan, yaşları 16-49 yıl arasında (yaş ortalaması 30.3 ± 5.9) olan gebelerin sonuçları değerlendirmeye alındı. Bulgular: Çalışmaya alınan 8967 gebenin 127 (%1.4)'sinde HBsAg pozitif, 8865 gebenin 34 (%0.4)'ünde anti-HCV pozitif, 8803 gebenin 12 (%0.1)'sinde anti-HIV1/2 pozitif olarak saptandı.Sonuç: Gebelik dönemi, HBV taşıyıcısı kişilerin saptanması ve yenidoğan infeksiyonlarının önlenmesi açısından çok önemlidir. Yine anneden bebeğe HIV bulaşında en önemli korunma, annedeki HIV infeksiyonunun erken saptanması ve etkin önlemlerin alınmasıdır. Diğer yandan, etkili önleyici yöntemlerin olmaması gebelerde HCV infeksiyonu açısından taramanın gereksiz olduğunu düşündürmekle birlikte gebenin HCV pozitif olduğunun bilinmesi kontamine kan ile bebeğin temasına neden olabilecek invaziv obstetrik girişimlerden kaçınmak açısından yararlı olabilir. Bu infeksiyon etkenlerinin gebelik döneminde taranması anne ve bebek sağlığı açısından yararlıdı