Calculating energy levels of isomerizing tetra-atomic molecules. I. The rovibrational bound states of Ar2HF

A general, six-dimensional computational method for the accurate calculation of rotationally and vibrationally excited states of tetra-atomic molecules is developed. The resulting program is particularly appropriate for molecules executing wide-amplitude motions and isomerizations. An application to the Ar2HF van der Waals trimer is presented in which the HF intramolecular stretching coordinate is separated out adiabatically and is not treated explicitly. Vibrational term values up to about 100 cm−1 with absolute convergence to better than 0.1 cm−1 are reported. These calculations employ more extensive vibrational basis sets and hence consider a much higher density of states than hitherto. States that sample Ar–Ar–HF linear configurations and approach Ar–HF–Ar linear configurations are characterized for the first time. Results for total angular momentumJ=0 and 1 provide the first accurate calculations of rotational constants for this system. The rotational constants for the HF bending states of Ar2HF in the ground and first vibrationally excited states of the HF monomer are in good agreement with experiment, confirming the accuracy of the potential used in this work

Average and extreme multi-atom Van der Waals interactions: Strong coupling of multi-atom Van der Waals interactions with covalent bonding

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The prediction of ligand binding or protein structure requires very accurate force field potentials – even small errors in force field potentials can make a 'wrong' structure (from the billions possible) more stable than the single, 'correct' one. However, despite huge efforts to optimize them, currently-used all-atom force fields are still not able, in a vast majority of cases, even to keep a protein molecule in its native conformation in the course of molecular dynamics simulations or to bring an approximate, homology-based model of protein structure closer to its native conformation.</p> <p>Results</p> <p>A strict analysis shows that a specific coupling of multi-atom Van der Waals interactions with covalent bonding can, in extreme cases, increase (or decrease) the interaction energy by about 20–40% at certain angles between the direction of interaction and the covalent bond. It is also shown that on average multi-body effects decrease the total Van der Waals energy in proportion to the square root of the electronic component of dielectric permittivity corresponding to dipole-dipole interactions at small distances, where Van der Waals interactions take place.</p> <p>Conclusion</p> <p>The study shows that currently-ignored multi-atom Van der Waals interactions can, in certain instances, lead to significant energy effects, comparable to those caused by the replacement of atoms (for instance, C by N) in conventional pairwise Van der Waals interactions.</p

St. John's Daily Star, 1918-11-22

The St. John's Daily Star was published daily except Sunday between 17 April 1915 - 23 July 1921

Properties of H+ 2 relevant to the He—H+ 2 intermolecular potential: asymptotically increasing multipole moments, polarizabilities and dispersion coefficients.

The quadrupole moment and polarizabilities of H+ 2 and the C 6 dispersion coefficients for He-H+ 2 are fitted to functional forms with the correct limiting behaviour for both large and small values of the H—H bond length r. Both the quadrupole moment and the dispersion coefficients increase quadratically with r at long range, while the polarizabilities increase exponentially. The reasons for the behaviour are analysed

La spettrometria tandem mass nello screening neonatale per la SCID-ADA

Introduzione: l’immunodeficienza severa combinata da deficit di adenosina-deaminasi (SCID-ADA) è causata da un difetto dell’enzima adenosina-deaminasi. È una rara malattia ereditaria del metabolismo delle purine caratterizzata da immunodeficienza, ritardo di accrescimento e alterazioni metaboliche (1). L'adenosina monofosfato deaminasi è un enzima della via di metabolismo delle purine che catalizza la deaminazione dell'adenosina e del 2-deossiadenosina a inosina e 2-deossiinosina, rispettivamente. Nella forma classica ad esordio precoce (85-90 % dei casi), l’enzima è totalmente assente e si verifica un accumulo dei metaboliti a monte del difetto. Questo avviene potenzialmente in tutte le cellule dell’organismo, ma gli effetti tossici maggiori si verificano nelle cellule del sistema immunitario l’evoluzione è di solito infausta. La forma ritardata o a insorgenza tardiva sono associate ad un’evoluzione insidiosa con sequele permanenti. Sia l’analisi dei TREC (T cell receptor excision circle) che la spettrometria tandem-mass (STM) eseguite sugli spot di sangue alla nascita sono mezzi riconosciuti per identificare la SCID-ADA ad insorgenza precoce e possono essere utilizzati per lo screening dei nuovi nati. Tuttavia poco è ancora noto riguardo l’identificazione della SCID-ADA ritardata o ad insorgenza tardiva nel periodo asintomatico. Obiettivo: valutare se la STM e/o l’analisi quantitativa dei TREC può identificare la SCID-ADA ritardata o ad insorgenza tardiva sugli spot di sangue alla nascita. Metodi: spot di sangue alla nascita su Guthrie Card, provenienti da 3 pazienti residenti nel Lazio (età: 4 anni, 2 anni e 4 mesi) affetti da SCID-ADA diagnosticata tramite l’analisi genetica, sono stati analizzati con la STM per valutare i livelli di adenosina e 2’-deossiadenosina e con l’analisi quantitativa dei TREC metodica Real-Time PCR. I tests sono stati eseguiti presso l’ospedale Anna Meyer di Firenze. Risultati: la media dei livelli di adenosina e 2’-deossiadenosina erano pari rispettivamente a 18.24 µmol/L (v.n. < 1.5 µmol/L) e 1.95 µmol/L (< 0.07). Tali valori sono maggiori di 12.1 volte e 27.8 volte i valori medi normali. L’analisi quantitativa dei TREC non ha mostrato anomalie nell’espressione dei TREC in tutti i pazienti. Discussione: nel corso degli anni sono stati proposti vari metodi in grado di identificare alla nascita un difetto grave del sistema immunitario che fossero applicabili a tutti i tipi di SCID. Perché una procedura possa essere inserita nel programma di screening neonatale routinario, deve essere compatibile con le metodiche già in uso, che si basano, oggi, sulla raccolta nel II giorno di vita di una goccia di sangue prelevata dal calcagno ed assorbita su un cartoncino di Guthrie (dried blood spot o DBS). Lo screening per la SCID-ADA attraverso la spettrometria di massa, dal semplice DBS può essere facilmente attuabile in una popolazione per: basso costo, nessuna spesa per ulteriori strumenti, nessun incremento di tempo impiegato per il personale. Infatti il costo per un singolo test usando la spettrometria di massa è circa 0.01 €/paziente; inoltre saranno utilizzate le stesse apparecchiature già in uso per gli altri screening neonatali e infine non richiederà altro personale oltre a quello già utilizzato per lo screening routinario. L'ADA-SCID sembra avere, nei casi early-onset, un'incidenza fra 1:375.000 e 1: 660.000 (2) quindi utilizzando il metodo descritto, il costo per poter individuare 1 paziente può essere fra 3.750 e 6.600 € l’anno, e questa spesa è molto probabilmente inferiore a quella che il sistema sanitario spenderebbe per il primo ricovero, le cure intensive e il trattamento delle sequele di un paziente diagnosticato tardivamente. Infatti, il costo di un ricovero in Italia è più di 500 € al giorno nelle unità di pediatria e più di 1000 € al giorno nelle unità di terapia intensiva (3). Conclusioni: la STM, e non l’analisi quantitativa dei TREC che richiede un laboratorio in grado di quantificare PCR ( una tecnica attualmente non usata nei programmi di screening), è uno degli strumenti necessari per identificare la SCID-ADA ritardata o ad insorgenza tardiva alla nascita tramite spot di sangue su Guthrie Card