Rapid and sensitive detection of Citrus Bacterial Canker by loop-mediated isothermal amplification combined with simple visual evaluation methods

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Citrus Bacterial Canker (CBC) is a major, highly contagious disease of citrus plants present in many countries in Asia, Africa and America, but not in the Mediterranean area. There are three types of Citrus Bacterial Canker, named A, B, and C that have different genotypes and posses variation in host range within citrus species. The causative agent for type A CBC is <it>Xanthomonas citri </it>subsp. <it>citri</it>, while <it>Xanthomonas fuscans </it>subsp. <it>aurantifolii</it>, strain B causes type B CBC and <it>Xanthomonas fuscans </it>subsp. <it>aurantifolii </it>strain C causes CBC type C. The early and accurate identification of those bacteria is essential for the protection of the citrus industry. Detection methods based on bacterial isolation, antibodies or polymerase chain reaction (PCR) have been developed previously; however, these approaches may be time consuming, laborious and, in the case of PCR, it requires expensive laboratory equipment. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP), which is a novel isothermal DNA amplification technique, is sensitive, specific, fast and requires no specialized laboratory equipment.</p> <p>Results</p> <p>A loop-mediated isothermal amplification assay for the diagnosis of Citrus Bacterial Canker (CBC-LAMP) was developed and evaluated. DNA samples were obtained from infected plants or cultured bacteria. A typical ladder-like pattern on gel electrophoresis was observed in all positive samples in contrast to the negative controls. In addition, amplification products were detected by visual inspection using SYBRGreen and using a lateral flow dipstick, eliminating the need for gel electrophoresis. The sensitivity and specificity of the assay were evaluated in different conditions and using several sample sources which included purified DNA, bacterium culture and infected plant tissue. The sensitivity of the CBC-LAMP was 10 fg of pure <it>Xcc </it>DNA, 5 CFU in culture samples and 18 CFU in samples of infected plant tissue. No cross reaction was observed with DNA of other phytopathogenic bacteria. The assay was capable of detecting CBC-causing strains from several geographical origins and pathotypes.</p> <p>Conclusions</p> <p>The CBC-LAMP technique is a simple, fast, sensitive and specific method for the diagnosis of Citrus Bacterial Canker. This method can be useful in the phytosanitary programs of the citrus industry worldwide.</p

Performance genotípica de variedades de cana-de-açúcar inoculadas com bactérias diazotróficas endofíticas.

A fixação biológica do nitrogênio (FBN) pode substituir entre 10 a 30% do fertilizante nitrogenado aplicado na cultura da cana-de-açúcar, este valor pode ser aumentado se considerarmos a seleção de genótipos de cana-de-açúcar com maior potencial de fixação biológica de nitrogênio. Mas para que isso aconteça fazem-se necessárias estratégias que permitam maximizar a escolha desses materiais como a seleção de variedades responsivas à fixação biológica do nitrogênio. Assim, buscou-se no presente trabalho avaliar a resposta de variedades de cana-de-açúcar quanto à inoculação com bactérias diazotróficas endofíticas. Foi conduzido um ensaio fatorial (16x3) com 16 cultivares e três fatores de avaliação, sendo com inoculação, com adubação com 120 kg de n/ha, e sem adubação e sem inoculação. Houve diferenças significativas entre variedades e fatores de avaliação para os caracteres avaliados, com destaque para as variedades SP716949 e SP784764. As variedades apresentaram responsividade variada quanto ao uso de inoculante, evidenciando a necessidade de em plantios comerciais, identificar o melhor arranjo para a Fixação Biológica do Nitrogênio visando incremento na produtividade e redução de custos

Documentação do banco de germoplasma do complexo Saccharum.

Edição Especial dos Anais do 3° Simpósio da Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Aracaju, out. 2017

Diversidade entre acessos do complexo Saccharum estimada por meio de caracteres agronômicos.

Edição Especial dos Anais do 3° Simpósio da Rede de Recursos Genéticos Vegetais do Nordeste, Aracaju, out. 2017

Desempenho de fêmeas bubalinas suplementadas com torta de palmiste mantidas em sistema de lotação intermitente.

Foi avaliado o desempenho de fêmeas bubalinas suplementadas a base de coproduto da agroindústria do dendê mantidas em pasto de Brachiaria brizantha cv. Marandu em sistema de lotação intermitente. A área foi dividida em oito piquetes experimentais com dimensões que variam de 0,9 a 2,1 ha cada. Utilizaram-se 24 fêmeas com idade e peso médio iniciais de 54 meses e 503,1 kg, respectivamente, distribuídas em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos (níveis de suplementação) e seis repetições por tratamento. Os níveis de suplementação de torta de palmiste foram determinados em função do peso corporal (PC): 0% (TC), 0,25% (TP1), 0,50% (TP2), 1,0% (TP3), sendo que todos os animais receberam adicionalmente 0,15% do PC de farelo de trigo, atuando como palatabilizante. O ganho médio diário não diferiu entre os tratamentos (0,56, 0,57, 0,60, 0,55 kg/dia nos níveis TC, TP1, TP2 e TP3, respectivamente). A suplementação da dieta de fêmeas bubalinas criadas em sistema de pastejo rotacionado, por meio do uso de torta de palmiste, não afetou o ganho de peso entre os grupos experimentais

Evaluation of performance of sugarcane genotypes inoculated with endophytic diazotropic bacteria.

The present experiment was aimed to evaluate the response of sugarcane varieties inoculated with endophytic diazotrophic bacteria. Sixteen sugarcane varieties were used for three kind of treatrnents (no inoculation and inoculation with 120 kg N/hectare). The inoculant was a mixture of five strains of bacterial species isolated from sugarcane. There were significant differences between genotypes (G) and genotype x treatment interaction (GxT) for ali the traits. The variety SP 71-6949,SP 78-4764and RB 867515 were found responsive to biological nitrogen fixation and can be used in breeding programs which are directed to study and selection of promising genotypes responsible for the biological nitrogen fixation

Avaliação de famílias de cana-de-açúcar quanto à eficiência na fixação biológica do nitrogênio.

Com o objetivo de selecionar as famílias de cana-de-açúcar mais responsivas à fixação biológica do nitrogênio foram avaliadas 10 famílias obtidas de cruzamentos biparentais inoculadas com bactérias diazotróficas endofíticas. Utilizou-se a metodologia REML/BLUP para obtenção dos valores genotípicos e para identificar as elhores famílias. As características diâmetro do colmo, número de perfilhos e altura de plantas foram determinadas como características promissoras para seleção de famílias responsivas à fixação biológica do nitrogênio. Os cruzamentos RB 813804 x RB 72910; RB 961003 x RB 931011; RB 98710 x RB 72454; CO 62175 x RB 72454; RB 92579 x RB 86 3129, apresentaram valores genotípicos superiores à média experimental. Conclui-se que para o conjunto de famílias estudadas existem clones promissores e responsivos à fixação biológica do nitrogênio