구강암에서 EGFR 저해제인 Afatinib의 항암 효능 및 새로운 분자기작에 관한 연구

학위논문(박사) -- 서울대학교대학원 : 치과대학 치의과학과, 2023. 8. 조성대.목적: 아파티닙은 ErbB family 단백질의 티로신 키나아제에 불가역적으로 작용함으로써 여러 암종에서 항암 효과를 나타내는 것으로 알려져 있다. 그러나 구강암에서 아파티닙의 항암 작용 및 분자적 기전에 대한 연구는 미미한 실정이다. 이에 본 연구에서는 구강암에 대한 아파티닙의 세포사멸 효과와 주요 분자 메커니즘을 규명하고자 하였다. 방법: 유전체 데이터베이스인 CCLE, TCGA, GEO, 그리고 CPTAC를 이용한 in silico 분석 및 면역조직화학염색을 통해 EGFR과 Mcl-1의 발현 패턴과 구강암에서의 상관관계 및 환자의 예후와의 연관성에 대해 조사하였다. 아파티닙의 항암 효과와 분자적 메커니즘을 연구하기 위해 trypan blue exclusion assay, western blotting analysis, DAPI 염색, flow cytometric analysis, qPCR, 미토콘드리아 막 전위 분석, 과발현 벡터 구축 및 transient transfection system을 이용하였고, 구강암 세포주를 이식한 tumor xenograft model을 통한 in vivo 실험을 진행하였다. 결과: In silico 분석 및 면역조직화학 염색을 통해, EGFR과 Mcl-1의 발현 수준이 HNC 환자에서 정상 조직에 비해 높았으며, EGFR과 Mcl-1의 고발현이 HNC 환자에서 불량한 예후와 강하게 연관되어 있음이 확인되었다. EGFR 억제제인 아파티닙은 두 단백질의 발현 및 상관 관계가 높은 것으로 나타난 HSC-3, SAS, 그리고 Ca9.22 세포주에서 세포 생존 능력을 억제하고 세포 사멸을 유도하였다. 아파티닙은 mRNA 발현의 변화 없이 Mcl-1 단백질 발현을 효과적으로 하향 조절하였다. transient transfection system을 사용한 Mcl-1 과발현은 아파티닙이 세포주에 미치는 항증식 및 사멸 촉진 효과를 감소시켰다. 아파티닙은 Mcl-1의 하위 표적인 BimEL 발현을 상당히 증가시켰으며, 이로 인해 MOMP가 감소하고, cytochrome c가 세포질로 방출되었다. 아파티닙은 또한 구강암 세포주에서 mTOR 신호 전달 경로의 활성화를 감소시켰다. MHY1485, 라파마이신을 사용하여 아파티닙에 의한 세포 사멸에서 mTOR의 중요성을 확인하였다. 아파티닙은 1세대 TKI인 게피티닙에 비해 구강암 세포주에서 더 우수한 항증식 및 사멸 촉진 효과를 나타내었으며, Mcl-1 단백질 발현을 효과적으로 감소시켰다. 또한, HSC-3 세포주를 이식한 xenograft model에서 아파티닙의 항암활성이 확인되었다. 결론: 본 연구의 결과를 통해 아파티닙이 EGFR/mTOR/Mcl-1 신호전달경로를 조절함으로써 구강암에서 세포 사멸을 유도한다는 것을 확인하였고, 이는 아파티닙이 구강암 치료를 위한 효과적인 항암 화학요법 후보물질로서 가능성이 있음을 제시한다.Objective: Afatinib has been shown in numerous studies to have anti-cancer effects against various types of cancers including oral cancer by irreversibly inhibiting the tyrosine kinases of the ErbB family proteins. However, the precise underlying mechanism of afatinib on oral cancer is still poorly understood. Thus, this study aimed to explore the molecular mechanism underlying the anti-cancer properties of afatinib in oral cancer. Methods: In silico analysis using databases like The Cancer Genome Atlas (TCGA), Gene Expression Omnibus (GEO), and Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) along with immunohistochemistry (IHC) staining, were carried out to look into the expression patterns of EGFR and Mcl-1 and analyze their correlation in oral cancer. To investigate the anti-cancer efficacy of afatinib and its molecular mechanism, various in vitro and in vivo tests were performed, including trypan blue exclusion assay, western blotting analysis, 4′-6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) staining, flow cytometric analysis, Quantitative real time PCR (qPCR), mitochondrial membrane potential assay, construction of an over-expression vector, transient transfection, and a tumor xenograft model. Results: In a computer simulation and IHC staining, I found that the expression levels of the epidermal growth factor receptor (EGFR) and the myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) were higher in head and neck cancer (HNC) patients compared to normal tissues and high expression of EGFR and Mcl-1 was strongly linked to poor prognosis in HNC patients. The EGFR inhibitor, afatinib suppressed cell viability and induced apoptosis in the HSC-3, SAS, and Ca9.22 cell lines, which showed relatively higher expression and correlation between two proteins compared to other cancer cell lines. It effectively downregulated Mcl-1 protein expression without altering mRNA expression. Overexpressing Mcl-1 using transient transfection reduced the anti-proliferative and pro-apoptotic effects of afatinib on cell lines. Afatinib significantly increased the expression of BimEL, a downstream target of Mcl-1, resulting in a decrease in mitochondrial outer membrane permeabilization (MOMP) and release of cytochrome c into the cytosol. Afatinib also leads to a reduction in the activation of the mTOR signaling pathway such as p-p70S6 and p-4E-BP1 in oral cancer cell lines. I confirmed the importance of mTOR in afatinib-induced apoptosis using MHY1485 (an mTOR activator) and rapamycin (an mTOR inhibitor). Afatinib demonstrated superior anti-proliferative and pro-apoptotic effects in oral cancer cell lines compared to gefitinib, a first-generation TKI, and effectively decreased the Mcl-1 protein expression. In addition, the anti-cancer activity of afatinib was confirmed in a xenograft mouse model bearing HSC-3 cell line. Conclusion: Taken together, these findings show that afatinib induces apoptosis in human oral cancer through altering the EGFR/mTOR/Mcl-1 axis, clearly suggesting its potential as an anti-neoplastic chemotherapeutic candidate for the treatment of oral cancer.Abstract (in English) 1 Review of literature 6 1. Introduction 9 2. Materials and Methods 14 3. Results 27 4. Discussion 72 5. Reference 83 Abstract (in Korean) 89박

사선형 경계조건을 갖는 완전 비선형 방정식 및 시간의존 줄다리기 경기의 정칙성

학위논문 (박사) -- 서울대학교 대학원 : 자연과학대학 수리과학부, 2021. 2. 변순식.In this thesis, we deal with two different types of problems related to nonlinear partial differential equations. One is the oblique derivative problem and the other is the tug-of-war game. We study fully nonlinear elliptic and parabolic equations in nondivergnece form with oblique boundary conditions in the first part. Our boundary condition is a generalization of the Neumann condition. We derive global Calder\'{o}n-Zygmund type estimates under a minimal boundary regularity assumption. In the second part, we study a stochastic two-player zero-sum game which is called tug-of-war. In particular, we consider time-dependent games. We show global Lipschitz type estimates for value functions of such stochastic games. Furthermore, we also investigate their long-time asymptotics and PDE connections as applications.이 학위 논문에서는 비선형 편미분방정식과 관련된 두 가지 유형의 문제를 다룬다. 구체적으로 우리는 사선형 문제와 줄다리기 경기에 대하여 해의 정칙성을 중점적으로 탐구한다. 먼저, 우리는 논문의 전반부에서 사선형 미분경계조건이 주어진 비발산 완전 비선형 타원형 및 포물형 방정식을 연구한다. 사선형 경계조건은 노이만 경계조건의 일반화라고 할 수 있는데, 우리의 목표는 이러한 문제에 대해 경계의 $C^{3}$-정칙성 가정 하에서 칼데론-지그문트 유형의 가늠을 이끌어내는 것이다. 한편, 후반부에서 우리는 줄다리기 경기로 불리우는 2인 영합 확률경기, 그 중에서도 시간 의존형 경기에 대해 탐구한다. 우리는 이러한 확률경기의 결과값에 대한 립쉬츠 유형의 가늠을 얻는다. 또, 이러한 결과의 응용으로서 우리는 결과값 함수의 장기간 점근적 행동과 편미분방정식과의 연관성에 대해서 연구한다.1 Introduction 1 2 Preliminaries 6 2.1 Oblique derivative problems 6 2.1.1 Notations 6 2.1.2 Elliptic equations 11 2.1.3 Parabolic equations 14 2.2 Time-dependent tug-of-war games 16 2.2.1 Notations 17 2.2.2 Background knowledge 18 3 Regularity for oblique derivative problems 21 3.1 W2;p-regularity for elliptic problems 21 3.1.1 Hypotheses and main results 21 3.1.2 Auxiliary results 23 3.1.3 Boundary W2;p-estimates 24 3.1.4 Boundary W1;p-estimates 34 3.1.5 Global estimates 44 3.2 W2;p-regularity for parabolic problems 45 3.2.1 Hypotheses and main results 45 3.2.2 Auxiliary results 46 3.2.3 Boundary W2;p-estimates 53 3.2.4 Boundary W1;p-estimates 68 3.2.5 Global estimates 90 4 Regularity for time-dependent tug-of-war 92 4.1 The existence and uniqueness of game values 94 4.2 Interior estimates 100 4.2.1 Regularity with respect to time 100 4.2.2 Hölder regularity 104 4.2.3 Lipschitz regularity 118 4.3 Boundary estimates 128 4.4 Applications 137 4.4.1 Long-time asymptotics 137 4.4.2 Uniform convergence as ε→0 143Docto

타액선 점액표피양암종에서 oridonin의 세포사멸 효능 및 분자기전에 관한 연구

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :치의학대학원 치의과학과,2019. 8. 홍성두.Oridonin, an active diterpenoid isolated from Rabdosia rubescens, has been reported to have anti-cancer activities on several tumors. The purpose of this study is to investigate the anti-cancer effect and molecular mechanisms of oridonin in mucoepidermoid carcinoma (MEC). To investigate the anti-cancer effect and molecular mechanisms of oridonin, trypan blue exclusion assay, Live/Dead cell viability assay, 4′-6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) staining, Western blotting analysis, flow cytometry, reverse transcription-polymerase chain reaction (PCR), quantitative PCR, mitochondrial membrane potential assay, construction of overexpression vector, and transient transfection were performed. Oridonin treatment induced apoptosis and the inhibited the expression of myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) protein through a post-translational regulation in MC-3 and YD-15 cell lines. Oridonin significantly increased the expression level of truncated Bid (t-Bid) as a downstream target of Mcl-1 and subsequently decreased the mitochondria membrane potential. Ectopic expression of Mcl-1 protein was sufficient to reverse the apoptosis and t-Bid expression by oridonin in both cell lines. Taken together, these results suggest that oridonin has an apoptotic effect through the modulation of Mcl-1 and t-Bid in human MEC cell lines and may be a potential anti-cancer drug candidate for the treatment of human MEC.점액표피양암종은 가장 흔히 발생하는 타액선 악성종양으로 고등급인 경우에는 5년 생존율이 최대 40%에 그친다. 현재까지, 타액선 종양의 치료를 위해 많은 화학요법약물이 사용되었으나, 다양한 부작용을 나타낸다고 보고되고 있다. 그로 인해 대체보완 약물 치료방법으로서 천연 식물의 잠재력에 대한 연구가 많이 진행되고 있다. Oridonin은 Rabdosia rubescen에서 추출된 디테르페로이드의 일종으로 다양한 암세포에서 항암효능을 나타낸다고 밝혀졌으나, 점액표피양암종에서의 항암효능 및 분자적 기전에 대한 연구는 이뤄진 바 없다. 따라서 본 연구에서는 점액표피양암종에 대한 Oridonin의 항암효능 및 분자기전에 대해 규명하고자 하였다. Oridonin의 항암효능을 평가하기 위해 trypan blue exclusion 분석, live/dead 분석, 4′-6-diamidino-2-phenylindole 염색, western blot 분석, flow cytometric 분석, reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), Quantitative PCR (qPCR), mitochondrial membrane potential (MMP) 분석, Construction of over-expression vector and transient transfection 방법을 수행하였다. 연구결과, Oridonin은 타액선 점액표피양암종 세포주인 MC-3, YD-15의 생존능력을 억제하였고 세포사멸을 유도하였다. Oridonin은 MC-3, YD-15 세포주에서 post-translation modification을 통해 myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) 발현을 감소시켰고 농도 의존적으로 truncated bid (t-Bid) 발현을 증가시켰으며 MMP를 감소시키는 결과를 확인하였다. 또한 Mcl-1을 과발현 시켰을 때 MC-3, YD-15 세포주에서 Oridonin의 세포사멸 효능이 현저히 줄어들었고 t-Bid 발현 역시 감소하는 것을 확인하였다. 본 연구의 결과를 통해 Oridonin이 점액표피양암종에서 Mcl-1과 t-Bid 조절을 통해 세포사멸을 유도하는 항암효능 및 분자기전을 확인하였다. 따라서 Oridonin이 구강암을 치료할 수 있는 잠재적인 항암물질로 발전 가능성이 있다고 사료된다.Abstract (in English) - 1 1. Introduction - 5 2. Materials and Methods - 8 3. Results - 19 4. Discussion - 38 5. Reference - 43 Abstract (in Korean) - 56Maste

Post Traumatic Growth of Survivors of Danwon High School in the Sewol Ferry Disaster

본 연구의 목적은 세월호 참사 단원고 생존자가 사고 이후 어떠한 삶을 살아왔고 외상 후 성장 경험은 무엇인지 시간의 흐름에 따라 살펴보며 질적연구방법 사례연구를 통해 깊이 있게 탐색하고 이해하고자 하는 데 있다. 이를 위해 연구 참여에 동의한 세월호 참사 단원고 생존자 7명을 심층 면담하여 자료를 수집하고 질적 사례연구 방법을 통해 분석하였다. 연구결과에서 각 사례에 대한 기술과 사례 간 공통적으로 나타난 주제를 찾아 세월호 참사 단원고 생존자의 외상 후 성장 과정과 경험의 의미를 기술하고 해석하였다. 주제별 분석 결과에서 도출된 주제는‘잊을 수 없는 하루’, ‘살아남은 자의 고통’,‘사고로 달라진 우리’, ‘일상으로 복귀’, ‘편견과 아픔에 맞서 고군분투하기’, ‘남아있는 아픔을 안고 성장을 향해 나아감’으로 나타났다. 중심주제는 ‘소용돌이를 헤쳐 나와 성숙해진 삶’인 것으로 드러났다. 본 연구는 세월호 참사 단원고 생존자가 외상 이후 변화된 삶은 무엇인지, 변화된 삶에 어떻게 대처하고 성장하면서 이 경험이 세월호 참사 단원고 생존자의 삶에 어떻게 투영되었는지 심층적 의미를 탐구하였다는 데 의의가 있다. 마지막으로 이러한 결과를 바탕으로 재난피해자를 지원하는 데 필요한 사회복지적 차원의 실천적, 정책적 함의와 후속연구를 위한 제언을 하였다. ;The purpose of this study is to explore and understand deeply through a case study of qualitative research methods by looking over time at what life the survivors of Danwon High School in the sewol ferry disaster have been living since the accident and what their experience of post-traumatic growth is. To this end, seven survivors of Danwon High School in the Sewol Ferry Disaster who agreed to participate in the research were interviewed in depth to collect data and analyze them through qualitative case study methods. The study found a common theme between the describing of each case and the cases, describing and interpreting the meaning of post-traumatic growth process and experience of survivors of Danwon High School in the sewol ferry disaster. Subjects derived from the analysis results by subject were "Unforgettable day," "The Pain of the Survivor," "We Are Changed into Accidents," "Return to Daily Life," "Struggling against prejudice and pain," and "Advanced Towards Growth with Remaining Pain." It turned out that the central theme is “Life matured to overcome the whirlpool” The study is meaningful in that survivors of Danwon High School during the sewol ferry disaster explored the deep meaning of how the experience was reflected in life and how life changed after the trauma. Finally, based on these results, the researcher made suggestions for practical and policy implications and follow-up research on the social welfare level needed to support disaster victims.Ⅰ. 서론 1 A. 연구배경 및 필요성 1 B. 연구목적 및 연구질문 4 Ⅱ. 선행연구 고찰 4 A. 외상 후 성장에 대한 이해 4 1. 외상 후 성장 이론 5 2. 외상과 외상 후 성장에 대한 선행연구 7 B. 세월호 참사에 대한 선행연구 9 Ⅲ. 연구방법 12 A. 질적사례연구 12 B. 연구참여자 14 C. 연구자 준비와 선 이해 15 D. 자료수집방법 18 E. 자료분석방법 18 F. 연구참여자에 대한 윤리적 고려 19 G. 연구의 엄격성 20 Ⅳ. 연구결과 22 A. 연구 참여자들의 경험 22 B. 분석결과 36 Ⅴ. 결론 60 A. 연구결과 요약 및 논의 60 B. 함의 66 1. 사회복지 실천적 함의 67 2. 사회복지 정책적 함의 69 C. 후속연구를 위한 제언 69 참고문헌 72 부록 79 ABSTRACT 8

기술 충격이 노동생산성과 고용에 미치는 영향

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 경제학부 경제학전공, 2016. 8. 이재원.본 논문은 구조 벡터자기회귀모형을 이용하여 기술 충격이 노동생산성과 고용에 어떤 영향을 미치는지 분석하였다. 기존 문헌들이 사용한 것과 다른 자료를 이용하여 시기별 분석을 시행한 결과, 기술 충격 시 노동생산성과 고용 간에 양(+)의 상관관계가 도출된 기존 논문들의 결과와는 다른 결과가 도출되었다. 외환위기 이전에는 기술 충격 발생 시 총 근로시간의 감소로 인해 오히려 두 변수 간에 음(-)의 상관관계가 나타났으며, 외환위기 이후와 금융위기 이후에는 기술 충격이 총 근로시간을 유의미하게 변화시키지 못하는 것으로 나타났다. 따라서 외환위기 이후 기술 충격이 고용 변수에 미치는 영향이 미미해졌음을 알 수 있고, 분산분해 분석을 통해서도 기술 충격이 한국의 경기 변동을 설명하는 주요 요인이 될 수 없다는 결론을 내릴 수 있다.제 1 장 서론 1 제 2 장 선행연구 1 제 3 장 분석 자료 및 분석 방법 3 제 1 절 데이터 및 분석 기간 3 제 2 절 모형 설정 4 제 4 장 분석 결과 6 제 1 절 두 변수 구조 VAR 모형 추정 6 제 2 절 시기별 VAR 모형 추정 비교 10 제 5 장 강건성(Robustness) 14 제 6 장 결론 16 참고 문헌 18 Abstract 19Maste

Characterization of the interaction between Phospholipase D1 and Grb2

Maste

단시간 뇌파를 이용한 개별 인식 및 개인 인증

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 협동과정 바이오엔지니어링전공, 2015. 2. 박광석.This thesis proposes a method of distinct person identification and authentication using short-time measured electroencephalography (EEG) designed to have a low error rate. The evaluations are focused on practicality of the measurement process and stability of the connectivity features over time of repeatedly measured EEG at different times along with performances. First, the uniqueness of the features extracted, specifically, power spectrum density (PSD) and z-transformed coherence (ZCOH), are estimated by applying leave-one-out cross validation on data used as the training set. A frequency range of 1-40 Hz is selected from the training results to achieve the best classification accuracy in the testing process. The K-nearest neighbor method is used as the classifier with correlation modified Euclidean distance measurements. Using PSD only, the best correct recognition rate achieved in the 1-40 Hz range is 98.83%, whereas for ZCOH, the best correct recognition rate achieved in the range is 99.67%. Consequently, we conclude that PSD and ZCOH contain uniqueness of individuals. Second, an authentication testing process is conducted with EEG measured over two days and its performance is evaluated. Two types of design modes commonly used in biometrics are applied in this thesis: Registered only mode and Imposter mode. The former mode focuses on whether the test data are well classified to their correct classtherefore, correct recognition rate (CRR) is calculated for overall performance along with the precision, recall, specificity, and F-score for each subject. Consequently, for PSD and ZCOH, averages of 81.35% and 80.04% for precision, 78.20% and 74.88% for recall, 99.04% and 98.81% for specificity, and 0.78 and 0.75 for F-score are achieved at correct recognition rates of 80.39% and 75.70%. The latter, Imposter, mode is designed with a threshold in order to consider the case of other people trying to authenticate. The threshold is selected empirically. To evaluate this mode, false acceptance rate (FAR), false rejection rate (FRR), and half of total error rate (HTER), are calculated. The lowest HTERs achieved for PSD and ZCOH are 13.55% and 19.98%, respectively. Finally, statistical analysis of ZCOH is conducted by inspecting the results of authentication tests in order to filter coherence values that guarantee stability and significance. Filtering combinations of coherence for each subjects frequency bands is achieved by conducting analysis of variance (ANOVA) on data measured on three different days. The results confirm that reliable person identification and authentication with short-time measured EEG using the proposed simple method can be practically adopted and utilized in various applications.CONTENTS Abstract i Contents v List of Tables viii List of Figures ix Chapter 1 Introduction 1 1.1 Biometrics and applications 2 1.2 Attributes of biometrics 6 1.3 Electroencephalography (EEG) 9 1.4 EEG as a biometric: Related studies 11 1.5 Purpose of this study 14 Chapter 2 Methods 16 2.1 Electroencephalography measurement 16 2.2 Experimental protocol 19 2.3 Design of the authentication system 20 2.3.1 Artifact rejection and signal pre-processing 22 2.3.2 Feature extraction 24 2.3.2.1 Power spectrum density 24 2.3.2.2 Z-transformed coherence 25 2.3.2.3 Feature evaluation of uniqueness 28 2.3.2.4 Frequency range selection 29 2.3.3 Training and testing 30 2.3.4 Classification 31 2.3.5 Performance Evaluation 35 2.3.5.1 Registered only mode 35 2.3.5.2 Imposter mode 35 2.4 Stability evaluation statistics 38 Chapter 3 Results 40 3.1 Details of materials used 40 3.2 Feature vectors and evaluation 44 3.2.1 Power spectrum density 44 3.2.2 Z-transformed coherence 47 3.2.3 Uniqueness evaluation (LOOCV) 50 3.2.3.1 Result of power spectrum density 50 3.2.3.2 Result of Z-transformed coherence 53 3.2.3.3 Frequency range selection 53 3.3 Authentication test evaluation 56 3.3.1 Registered only mode 56 3.3.1.1 Power spectrum density 57 3.3.1.2 Z-transformed coherence 57 3.3.2 Imposter mode 60 3.3.2.1 Power spectrum density 61 3.3.2.2 Z-transformed coherence 65 3.4 Stability evaluation statistics 69 3.4.1 Significant Z-coherence of individuals 70 Chapter 4 Discussion 74 4.1 Factors that influence EEG 76 4.2 Coherence characteristics in resting state 76 4.3 Major drawback of using EEG as a biometric 77 4.4 Limitations of the present study 78 Chapter 5 Conclusion 80 References 81 Abstract in Korean 87Maste

Studies on Regulatory Mechanism of Phospholipase D through Palmitoylation Modification and Protein Kinase C-mediated Phosphorylation

Docto