소와 돼지의 구조 변이의 특성 및 집단 간 차이 연구

학위논문(박사) -- 서울대학교대학원 : 자연과학대학 협동과정 생물정보학전공, 2023. 8. 김희발.Structural variation (SV) is a class of genomic alteration that involves segments of DNA longer than 1 kb. SVs can affect gene expression, function, and evolution, and are associated with various phenotypes and diseases. In this study, I investigated the population differentiation and characteristics of SVs in cattle and swine, two important domesticated animals with complex evolutionary histories. I used various genomic approaches to analyze SV in three research chapters that focused on copy number variation (CNV), a type of SV that involves deletion or duplication of DNA segments. Literature review about SV and approaches for identifying SV are summarized in the first chapter. The second chapter examined the population differentiated CNV of Bos taurus, Bos indicus, and their African hybrids, revealing the impact of hybridization and selection on CNV diversity. The third chapter compared the CNV between Eurasian wild boar and domesticated pig populations, uncovering the signatures of domestication and adaptation on CNV patterns. The fourth chapter presented the chromosome-level genome assembly of Hanwoo, a Korean native cattle breed, and the pangenome graph of 14 B. taurus assemblies. The study identified Hanwoo-specific regions and structural variants that may be related to phenotypic traits and adaptation. These chapters collectively demonstrated the power and utility of population genetics of SVs for studying the evolution and disease of cattle and swine and provided valuable resources and insights for future research.구조 변이(structural variation, SV)는 1 kb보다 긴 DNA 영역의 변화를 포함하는 유전체 변이의 한 종류이다. 구조 변이는 유전자 발현, 기능에 영향을 미치며 다양한 형질과 질병과 관련되어 있으며, 진화의 역사 추정을 위한 단서이다. 본 연구에서는 복잡한 진화 역사를 가진 두 가지 중요한 가축인 소와 돼지의 구조 변이의 집단 유전학을 연구하였다. 유전차 상의 다양한 구조 변이 중에서, 특히 구간의 결실 또는 중복을 포함하는 구조 변이의 한 형태인 복제 수 변이(copy number variation, CNV)에 초점을 맞춘 3개의 주제들을 연구하기 위해 다양한 유전체학적, 생물정보학적 방법을 활용하였다. 제1장에서는 구조변이와 구조변이의 집단 유전학적 특성 및 분석 방법 등 본 논문에 포함된 기본 지식과 연구 동향을 정리하였다. 제2장에서는 Bos taurus, Bos indicus 및 그들의 교잡으로 형성된 아프리카 소들 간의 차별화된 복제 수 변이를 조사하여 교잡과 선택이 CNV 다양성에 미치는 영향을 밝혔다. 제3장에서는 유라시아 멧돼지와 가축화된 돼지 집단 간의 복제 수 변이를 비교하여 가축화와 적응에 따른 CNV 패턴의 특징을 발견하였다. 제4장에서는 한우의 염색체 수준의 고품질 genome assembly와 14개 Bos taurus 유전체들의 pangenome graph를 제시하였다. 이 연구에서 형질과 적응과 관련될 수 있는 한우 특이적 영역과 구조 변이를 확인하였다. 본 논문은 소와 돼지의 진화와 질병을 연구하기 위한 구조 변이의 집단 간 차이와 특성을 연구하여, 진화적 관점의 해석을 제공하였으며, 이는 향후 연구를 위한 귀중한 자료와 통찰력을 제공하였다.ABSTRACT I CONTENTS III LIST OF TABLES V LIST OF FIGURES V CHAPTER 1. LITERATURE REVIEW 1 1.1. Structural variation and population genetics 2 1.2. Methods used to study structural variation of different populations in a same species. 2 CHAPTER 2. POPULATION DIFFERENTIATED COPY NUMBER VARIATION OF BOS TAURUS, BOS INDICUS AND THEIR AFRICAN HYBRIDS 4 2.1. Abstract 5 2.2. Introduction 6 2.3. Materials and Methods 8 2.4. Results ３０ 2.5. Discussion ４４ CHAPTER 3. POPULATION DIFFERENTIATED COPY NUMBER VARIATION BETWEEN EURASIAN WILD BOAR AND DOMESTICATED PIG POPULATIONS ５２ 3.1. Abstract ５３ 3.2. Introduction ５４ 3.3. Materials and Methods ５７ 3.4. Results ８０ 3.5. Discussion １１１ CHAPTER 4. CHROMOSOME-LEVEL GENOME ASSEMBLY OF KOREAN NATIVE CATTLE AND PANGENOME GRAPH OF 14 BOS TAURUS ASSEMBLIES １１７ 4.1. Abstract １１８ 4.2. Background & Summary １１９ 4.3. Materials and Methods １２１ 4.4. Data Records １４０ 4.5. Technical Validation １４０ 4.6. Usage Notes １４４ CHAPTER 5. GENERAL DISCUSSION １４７ REFERENCES １４９ 국문초록 １６9박

A Sequential Approach for an Asymmetric Extraction Case in Lingual Orthodontics

To resolve the dental asymmetries, it is important to determine the treatment midline with facial midline as a reference and the anchorage value at each quadrant. Then the correction of midline and molar key should be conducted from the initiation of treatment. Therefore, the simulation of desired tooth movement prior to treatment is an essential part of orthodontic diagnosis. Moreover, considering that many adult patients have various degree of periodontal breakdown, a strategic tooth movement in order not to cause undesired round tripping is utmost important. Recently, virtual simulation have been developed and introduced to visualize three-dimensional desirable tooth movement to achieve treatment goals. In this report, we present a sequential approach for an asymmetric extraction case involving torque control with a lever arm in lingual orthodontics.ope

전치부 개교를 동반한 골격성 III급 안면비대칭 환자의 선수술 시 Virtual Set-up Model 을 이용한 수술교합 분석

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고성능 조명용 백색 발광 다이오드를 위한 마스크리스 리소그래피 기반의 형광체 균일 코팅 방법

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 전기·컴퓨터공학부, 2015. 2. 권성훈.In this dissertation, I introduce a novel conformal phosphor coating system for white Light emitting diodes (LEDs). In this system, I use maskless lithography technique to improve coating quality. And, making up for its weakness, I design and develop a novel exposure system called dual exposure image processed maskless lithography system (DE-IPML). The key idea is to confine the coating area to light arrival range and resin applied range. By actively regulating the light path using maskless lithograpy, it is possible to control the coating thickness of LEDs side wall. Also by confining the height of phosphor-resin mixture, I can control the top coating thickness of LEDs. First, I describe the importance of white LED, especially conformal phosphor coated white LED. And, I introduce two conventional techniques our group had developed, which are basic technologies of this novel coating system. Lastly, the main concept of this research is described, which combine the phosphor coating technique and lithography technique. Then, a conformal, chip-level phosphor coating technique using IPML is presented. Owing to the ability of the IPML system to perform real-time recognition of LED placement and to generate a corresponding pattern, conformal phosphor coating is successfully performed on an LED array on a blue tape. The fabricated white LEDs provide a uniform color distribution that can be controlled by altering the coating thickness and the phosphor concentration. As the blue tape used in this experiment represents a conventional form of the LED chip delivery in packaging processes, the use of this method minimizes the revision needed for the packaging process. In addition, as color binning can be carried out prior to the packaging process, the waste and packaging cost needed to supply LEDs with a target white color is reduced in this method. However, the coating method has some limitations, so the limitations are introduced. The problems are shape distortion and difficulty of image processing, and they are usually revealed in the condition which contains high phosphor concentration. So, an improved lithography technique, dual exposure IPML (DE-IPML), is proposed to solve the problem. DE-IPML setup is designed and manufactured actually. pc-WLED chips is produced by the new lithography setup, and improved physical and optical properties are measured and compared with those of the chips produced by normal IPML setup. As the result, we can see that DE-IPML improves the optical properties of pc-WLEDs dramatically compared with the chips fabricated IPML chips. Coating LED array with large area using DE-IPML coating process is also tried. For this, I resolve two main problems, which are related with alignment of array and optics. Then, I perform the coating process of 20 × 20 chip array and measured their properties. The throughput of the process is about 50,000 ~ 100,000 chips per day. To show the extensibility of this technology, various types of materials are demonstrated. Various phosphors and resins are tested for investigating the possibility to be used in DE-IPML coating system. Shape formation and long term stability are examined primarily. The accessability of material for commercialization is also considered. And, some modified processes to apply other materials are introduced. To improve the usability of the coating systems, more advance research of materials is needed in future work. I envision that this approach greatly improves the manufacturing process of white LED and also offers opportunity in that domestic LED industry advance the market of high quality white LED manufacturing.Abstract iv Contents viii List of Figures xi List of Tables xxi Introduction 1 1.1 Phosphor-Converted White Light Emitting Diode (pc-WLED) 3 1.2 Opto-fluidic Maskless Lithography (OFML) 7 1.3 Image Processed Maskless Lithography (IPML) 11 1.4 Main Concept: Conformal Phosphor Coating using Maskless Lithography for Phosphor-Converted White Light Emitting Diodes 15 Conformal Phosphor Coating on LED Using IPML 19 2.1 Previous methods and defects 20 2.1.1 The Importance of Conformal Phosphor Coating on LED 20 2.1.2 Importance of Contact Opening 22 2.1.3 Previous Conformal Phosphor Coating Methods and Defects 24 2.2 Conformal Phosphor Coating on LED Using IPML (IPML Coating Process) 27 2.2.1 IPML Coating Process 27 2.2.2 Patterning Results of IPML Coating Process 34 2.3 Optical Properties of pc-WLEDs 43 2.3.1 Some Optical Properties to Evaluate Quality of White LEDs 43 2.3.2 Measured Optical Properties of pc-WLEDs 57 2.4 Conclusion 63 Conformal Phosphor Coating on LED Using DE-IPML 64 3.1 Limitations of IPML Coating process 65 3.2 Concept and Design of Dual Exposure IPML (DE-IPML) 72 3.3 Phosphor coating on LED using DE-IPML 80 3.3.1 Physical Properties of pc-WLED Fabricated by DE-IPML 80 3.3.2 Optical Properties of pc-WLED Fabricated by DE-IPML 83 3.3.3 Result of Large Area Coating to Improve Productivity 87 3.4 Conclusion 92 Various Materials for Coating 93 4.1 Various Resins for Coating 94 4.2 Various Phosphors for Coating 100 4.6 Conclusion 106 Conclusion and Future Work 107 Bibliography 110 Abstract in Korean 116Docto

(An)Analysis of dance class attitude according to the characteristics of students

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공적연금의 도입과 출산율 저하

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Displacement pattern of anterior segment depending on the lingual lever arm design

치의학과/석사설측 레버암은 설측교정시 전치의 치축 조절을 위한 힘 벡터의 방향과 위치를 조절하는 유용한 장치이다. 그러나 최근의 3차원 유한요소 연구에 따르면 레버암의 길이가 길어질 경우 호선의 leverage effect에 의해 원치 않는 견치의 협측 변위 및 전치의 설측경사가 일어남이 보고되었으며, 이를 방지하기 위해 레버암에 splint wire를 추가해야 할 필요성이 제기되었다. 따라서 본 연구에서는 상악 전치부 치체이동을 위한 최적의 레버암 디자인을 찾기 위하여 전치부 후방 견인시 설측 레버암의 splint 여부에 따른 차이를 비교하고, 추가적으로 호선의 강성과 치근막의 물성에 따른 차이를 확인하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1.상악 중절치와 측절치의 치체이동은 Splint model의 경우 구개경사면의 미니스크류에서 견인시 레버암 길이가 16.85mm인 경우, 정중구개부의 미니스크류에서 견인시 레버암 길이가 19.01mm인 경우에 나타났다. Non-splint model의 경우 20mm 레버암에서도 미약한 설측 경사이동을 나타냈다. 2.Splint model에서 Non-splint model에 비해 견치 및 구치의 협측 변위량이 1/2-1/4 감소하였다.3.Splint model의 경우 Non-splint model에 비해 호선의 종류나 미니스크류의 위치가 치아 변위 양상에 미치는 영향이 더 작게 나타났다.4.호선의 강성에 따른 차이 비교시 .016x.022 스테인리스 호선과 .018x.025 스테인리스 호선에 따른 전후방 치아이동 양상에는 거의 차이가 없었으나, .018x.025 호선에서 견치 및 구치부의 협측 변위량이 약 1/3-1/4 감소하였다. 주호선을 강체로 설정한 경우 힘 벡터와 해당 치아 분절의 저항중심과의 관계에 따라 치아군의 후방이동 및 회전이 관찰되었다.5.상악 전치부의 치근이동을 위해서는 호선의 강성을 증가시키고 분절호선상에서 약 20mm의 레버암을 splint하여 적용하는 것이 추천된다.6.치근막의 물성치가 초기 치아 변위 양상에 중요한 영향을 미치는 것을 확인하였으며, 상대적으로 낮은 강성의 치근막에서 레버암의 길이 변화에 따라 치아 이동양상이 더 민감하게 변하고 치체이동을 위해 더 긴 레버암이 필요함을 고려하여야 한다. 본 연구 결과를 통해 레버암의 splinting이 주호선의 변형을 감소시키고, 상악 전치의 치체 이동에 중요한 역할을 함을 확인할 수 있었으며, 주호선의 강성과 치근막의 물성치에 따른 치아이동 양상의 변화를 확인할 수 있었다.설측 레버암은 설측교정시 전치의 치축 조절을 위한 힘 벡터의 방향과 위치를 조절하는 유용한 장치이다. 그러나 최근의 3차원 유한요소 연구에 따르면 레버암의 길이가 길어질 경우 호선의 leverage effect에 의해 원치 않는 견치의 협측 변위 및 전치의 설측경사가 일어남이 보고되었으며, 이를 방지하기 위해 레버암에 splint wire를 추가해야 할 필요성이 제기되었다. 따라서 본 연구에서는 상악 전치부 치체이동을 위한 최적의 레버암 디자인을 찾기 위하여 전치부 후방 견인시 설측 레버암의 splint 여부에 따른 차이를 비교하고, 추가적으로 호선의 강성과 치근막의 물성에 따른 차이를 확인하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1.상악 중절치와 측절치의 치체이동은 Splint model의 경우 구개경사면의 미니스크류에서 견인시 레버암 길이가 16.85mm인 경우, 정중구개부의 미니스크류에서 견인시 레버암 길이가 19.01mm인 경우에 나타났다. Non-splint model의 경우 20mm 레버암에서도 미약한 설측 경사이동을 나타냈다. 2.Splint model에서 Non-splint model에 비해 견치 및 구치의 협측 변위량이 1/2-1/4 감소하였다.3.Splint model의 경우 Non-splint model에 비해 호선의 종류나 미니스크류의 위치가 치아 변위 양상에 미치는 영향이 더 작게 나타났다.4.호선의 강성에 따른 차이 비교시 .016x.022 스테인리스 호선과 .018x.025 스테인리스 호선에 따른 전후방 치아이동 양상에는 거의 차이가 없었으나, .018x.025 호선에서 견치 및 구치부의 협측 변위량이 약 1/3-1/4 감소하였다. 주호선을 강체로 설정한 경우 힘 벡터와 해당 치아 분절의 저항중심과의 관계에 따라 치아군의 후방이동 및 회전이 관찰되었다.5.상악 전치부의 치근이동을 위해서는 호선의 강성을 증가시키고 분절호선상에서 약 20mm의 레버암을 splint하여 적용하는 것이 추천된다.6.치근막의 물성치가 초기 치아 변위 양상에 중요한 영향을 미치는 것을 확인하였으며, 상대적으로 낮은 강성의 치근막에서 레버암의 길이 변화에 따라 치아 이동양상이 더 민감하게 변하고 치체이동을 위해 더 긴 레버암이 필요함을 고려하여야 한다.본 연구 결과를 통해 레버암의 splinting이 주호선의 변형을 감소시키고, 상악 전치의 치체 이동에 중요한 역할을 함을 확인할 수 있었으며, 주호선의 강성과 치근막의 물성치에 따른 치아이동 양상의 변화를 확인할 수 있었다.ope