Study the Visual Expression by use of Both Sides of Brain

우리는 20세기 첨단 과학문명 속에서 살고있다. 예술은 과학이 발달되는 과정에서 사회전반에 지대한 영향을 끼쳐 왔다. 인간의 두뇌는 왼쪽 뇌와 오른쪽 뇌가 각기 다른 기능적 특성을 지니고 있다. 과학, 의학, 생물학 등 각기 첨단 과학이 발전, 분화되면서 두뇌의 기능적 특성들은 더욱더 세분화되어 발달해왔으나, 감성적인 면은 메마르고 과학이라는 영역 속에서 우리생활은 빠르게 변모되어 가고 있다. 사회에서 예술이 지니고 있는 감성적인 면은 과학문명이 발달된 현 시대에 매우 중요하다. 과학자, 생물학자들은 이 두뇌의 양반구중 왼쪽 뇌가 오른쪽 뇌보다 기능적 발달로 논리적이며 체계적인 특성을 창출해낸다. 예술가들은 왼쪽 뇌와 오른쪽 뇌의 유기적인 결합으로 창조물들을 언어적이고 분석적인 면과 비언어적, 전체적인 면의 조합으로 창출해낸다. 이러한 양반구 사고를 한 대표적인 인물은 15세기 레오나르도다빈치이다. 그는 왼쪽 뇌와 오른쪽 뇌의 굳어진 영역을 가르고 유기적인 관계로 하나를 통합해서 볼 수 있었던 인물이었다. 본 연구의 의의는 양반구적 사고를 통해서 왼쪽 뇌의 언어적, 획일적인 기능을 오른쪽 뇌의 비언어적인 기능과 결합하여 양반구의 균형있는 관계를 유지하여야 한다는 것을 밝히는 데 의의가 있다. 본 논문의 구성은 1장에서는 연구의 목적과 연구의 방법에 대해 설명했다. 2장에서 뇌의 기본개념과 왼쪽 뇌, 오른쪽 뇌의 기능적 특성을 연구해 보았으며, 눈으로 받아들인 정보가 두뇌의 양반구에 전달되는 과정을 고찰해 보았다. 또한 레오나르도 다빈치를 양반구 활용의 대표적인 인물로 제시하여 예술가이면서 과학자였던 다빈치의 양반구적 사고를 고찰해 보았다. 3장에서는 미술사조를 하나의 도구로서 본 연구자의 작품속에서 양반구의 특성을 부각시켜 각 시대마다 대두되었던 사회적 특성 속에서의 양반구의 기능적 특성을 표현해 보는 데 중점을 두었다. 본 논문에서 연구자는 오래 전부터 많은 예술가들이 양반구의 활용을 유기적으로 해왔고, 20세기에 들어와서 과학 문명으로 한쪽 반구만 치중하는 현 시대에서 인간의 감성적인 면과 과학적인 면이 적절히 조합되어 양반구적 사고를 유기적으로 해야한다는 데 의의가 있다.;Will live in the ultra scientific civilization of the 20th century. Art has given great influences on the world as large as science has kept developing. Our brain has functional characters by the sides. As up-to date sciences like scienes itself, medical sciences and biology have developed in detail while emotional aspects of our lives have become dry and quickly changed throught the medium, science. Our emotional aspect are particularly important in the current times worshiping only science. Scientists and biologist poduce logical, systematic elements through a functional development of left brain rather than right one. On the other hand, artists create works by uniting linguistic analytical aspect and non-linguistic, universal aspect of right and left brains. The representative renown who did both right and left brain thinking is Leonard D'avinci of 15th C. He crossed over the confined area of light and left brain in the could see themn as one organized system. The significant of this study lies in the revelation of the fact that we should untie the linguistic, standardized functions of left brain with the non-linguistic ones of right brain and maintain a balanced relationship between both sides of brain. The content of this study consists in as follows; Introduction, the purpose and met hod of study are explained; in the second chapter, basic are investigatigated. And the process of delivering information from sight to the both size of brain also examined. Next presenting Lenardo D'avinci as a representative artist and scientist who used both size of brain. His way of thinking through them are investigated too. In the third chapter, as the author of this study regards the current of fine art as tool for study, she focuses on expressing the functional characters of both size of brain under the social condition of each times by revealing those characters in her work. The author wants its stress that for a long times lots of artist have organically made use of both size of brain, therefore, in the this science worshiping aged of the 20th Century, we need to unite appropriately the emotional aspect and scientific ones and think by both size of brain.목차 = ⅰ 그림목차 = ⅱ 작품목차 = ⅲ 논문개요 = ⅳ 1. 서론 = 1 a. 연구의 목적 = 1 b. 연구의 범위 및 방법 = 2 2. 이론적 배경 = 3 a. 인간의 두뇌 = 3 b. 좌반구 중심 사고 (L-Mode) = 5 c. 우반구 중심사고 (R-Mode) = 6 d. 레오나르도 다빈치의 양반구적 사고 = 8 3. 미술사조를 중심으로 한 작품 설명 = 10 a. 아르누보 (Art Nouveau) = 10 b. 입체파 (Cubism) = 13 c. 미래파 (Futurism) = 15 d. 다다 (Dadaism) = 17 e. 구성주의 (Constructivism) = 19 f. 초현실주의 (Surrealism) = 21 g. 팝 아트 (Pop Art) = 23 3. 결론 = 25 ■ 참고도판.1 (오른쪽반구와 왼쪽바구의 기능적 특성) = 27 참고문헌 = 28 ABSTRACT = 3

단백질 상호작용 예측을 위한 계산 방법 개발

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 자연과학대학 화학부, 2018. 8. 석차옥.Proteins are important components of living organisms and are involved in many biological processes. The biological functions of proteins result from their molecular interactions with other molecules such as metal ions, small organic compounds, peptides, lipids, nucleic acids, or other proteins. Therefore, computational approaches to predict interactions between proteins and other molecules are useful to understand protein functions in molecular level and to design molecules that regulate protein functions. Specifically, ligand binding site prediction methods can be used to identify druggable sites of target proteins while protein-ligand docking techniques can contribute to identifying hit or lead compounds and optimizing lead compounds during structure-based drug discovery process. In addition, because a large fraction of cellular proteins self-assemble to form symmetric homo-oligomers to play their biological roles, computational methods to predict homo-oligomer structures can also contribute to drug discovery process by providing atomic details of target oligomer interfaces. In this thesis, three computational methods developed to predict protein interactions are introduced: (1) an improved metal and organic molecule binding site prediction method, (2) a protein-ligand docking method with an improved hybrid scoring function and a sampling algorithm utilizing predicted binding hot spot information, and (3) a protein homo-oligomer modeling method using bioinformatics and physical chemistry approaches. All methods described here show high performances in benchmark tests when compared to other state-of-the-art programs. These benchmark results suggest that computational approaches introduced in this thesis can be applied to in silico drug discovery process.Chapter 1. Introduction 1 Chapter 2. Prediction of Metal and Small Organic Molecule Binding Sites in Proteins 5 2.1. Introduction to Binding Site Prediction 5 2.2. Methods 7 2.2.1. Overall Procedure 7 2.2.2. Bound Ligand and Template Complex Selection 9 2.2.3. Binding Pose Refinement Using Molecular Docking 10 2.2.4. Final Model Selection and Binding Site Residue Prediction 12 2.2.5. Test Sets and Evaluation Metrics for Binding Site Prediction 13 2.3. Results and Discussions 14 2.3.1. Performance of Metal Binding Site Prediction 14 2.3.2. Improved Ligand and Template Selection with Ligand Score 19 2.3.3. Performance Comparison with Other Binding Site Prediction Servers on CAMEO Benchmark Set 21 2.4. Conclusion on Binding Site Prediction 23 Chapter 3. Development of a Hybrid Scoring Function for Accurate Protein-Ligand Docking 24 3.1. Introduction to Protein-Ligand Docking Score 24 3.2. Methods 27 3.2.1. Components of GalaxyDock BP2 Score 27 3.2.2. Energy Parameter Optimization Based on the Decoy Discrimination 29 3.2.3. Training and Test Sets 34 3.3. Results and Discussions 36 3.3.1. Results of Energy Optimization 36 3.3.2. Decoy Discrimination Test on the Pose Sets Generated by GalaxyDock 42 3.3.3. Decoy Binding Pose Discrimination Test on the CASF-2013 Benchmark Set 44 3.3.4. Comparison with Energy Parameter Optimization Based on Binding Affinity Data 52 3.3.5. Improved Docking Performance of GalaxyDock2 with GalaxyDock BP2 Score 54 3.3.6. Scoring, Ranking, and Screening Power Test on the CASF-2013 Benchmark Set and DUD Data Set 60 3.4. Conclusion on Protein-Ligand Docking Score 67 Chapter 4. Improving Docking Performance of Large Flexible Ligands Using Hot Spot Information Predicted by Fragment Docking 69 4.1. Introduction to Docking of Large Flexible Ligands 69 4.2. Methods 70 4.2.1. Overall Procedure 70 4.2.2. Fragment Binding Hot Spot Detection Using FFT-based Fragment Docking 73 4.2.3. Initial Ligand Binding Poses Generation Using Predicted Hot Spot Information 76 4.2.4. Global Optimization Using Conformational Space Annealing 78 4.2.5. Benchmark Test Sets 81 4.3. Results and Discussions 82 4.3.1. The Effect of Utilizing Predicted Hot Spot Information in Generating Initial Ligand Binding Poses 82 4.3.2. The Docking Performance Comparison on the PDBbind Set 86 4.3.3. The Peptide Docking Performance Test on the LEADS-PEP Benchmark Set 88 4.4. Conclusion on Docking of Large Flexible Ligands 94 Chapter 5. Prediction of Protein Homo-oligomer Structures 96 5.1. Introduction to Homo-oligomer Structure Prediction 96 5.2. Methods 99 5.2.1. Overall Procedure 99 5.2.2. Prediction of the Oligomeric State 101 5.2.3. Template-based Oligomer Modeling 101 5.2.4. Ab initio Docking 102 5.2.5. Structure Refinement Using Loop Modeling and Global Optimization 103 5.3. Results and Discussions 103 5.3.1. Overall Performance of GalaxyHomomer Method 103 5.3.2. The Effect of Loop Modeling and Global Refinement on Homo-oligomer Model Quality 106 5.4. Conclusion on Homo-oligomer Structure Prediction 113 Chapter 6. Conclusion 114 Bibliography 117 국문초록 136Docto

Evaluation of surface characteristics of composite resins according to polishing methods

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 치의학과, 2012. 2. 장기택.본 연구의 목적은 복합 레진의 종류와 연마 방법에 따른 레진 표면의 특성을 평가하여, 임상에서 필요한 조건을 만족시키는 레진과 연마 방법에 대하여 알아보는 것이다. 연구 재료는 microhybrid resin (Z250TM) 과 nanofilled resin (Z350TM) 을 이용하였다. 직경 3 mm, 높이 2 mm 의 disk 형태의 시편을 각각 30 개씩 총 60 개 제작하여, mylar strip 으로 압접한 후 제조사의 지시에 따라 광중합 하였다. 각 레진 시편을 연마 전, abrasive disk 연마 후, polishing brush 연마 후로 나누어 레진의 표면 특성을 평가하였다. 공초점 레이저 현미경을 이용하여 거시적 조도 (macro-roughness) 를 분석하고, 원자현미경 평가를 통해 미세 조도 (micro-roughness) 와 레진 표면의 3차원 형상을 얻었다. 주사 전자 현미경을 이용하여 여러 배율에서 레진 표면의 형상을 관찰하였으며, 마지막으로 미세 경도기 분석을 통하여 각 레진 시편에 대한 미세 경도 값을 비교하였다. 측정된 조도와 경도 값은 공분산 분석을 통하여 시편간의 유의차를 분석하였다. 그 결과 레진 표면 광택에 영향을 미치는 표면 조도는 연마 후 증가하였고, 원자 현미경에 의한 미세 조도는 연마 방법에 따른 차이가 없었다. 공초점 레이저 현미경에 의한 거시적 조도 역시 연마 후에 증가하였는데, abrasive disk 를 이용한 경우보다 polishing brush 를 이용한 경우 현저하게 레진 표면이 거칠어졌다. 주사 전자 현미경 영상에서, 연마 전의 레진 표면에는 유기질 기질층이 있고, 무기질 filler 가 그 아래 비춰 보였다. 연마 후에는 기질층이 벗겨지고 filler 가 나타나서 표면이 거칠어진 형상을 보였는데, abrasive disk 연마의 경우, 레진의 filler 까지 연마되어 표면이 보다 균일한 형상을 보였다. 그러나 polishing brush 연마 시편은 기질층이 뜯겨져 나가고, 크게 긁힌 상처들이 나타나는 불균일한 형상을 보였다. 이러한 차이는 polishing cutting particle 의 경도에 의한 것으로써, 경도가 큰 Al2O3 를 이용한 abrasive disk 가 복합레진 연마에 적합함을 알 수 있었다. 미세 경도 분석에서 두 레진 종류 간의 유의한 차이는 없었으며, mylar strip 으로 압접하여 만들어진 연마 전의 시편은 표면층이 filler 없이 기질만으로 이루어졌기 때문에 낮은 경도 값을 보였다. 연마 후에는 filler 가 레진 표면에 드러남으로 인해, 경도 값이 25% 정도 상승하였다. 연마 전의 레진 표면이 매끄럽고 광택이 좋아서 심미적이지만, 내마모성 증가를 위해 레진의 연마가 반드시 필요함을 알 수 있었다.The aim of this in vitro study was to evaluate the surface characteristics of two composite resins polished with different polishing systems. The materials evaluated were microhybrid composite resin (Z250TM) and nanofilled composite resin (Z350TM), the polishing method were using abrasive disk and polishing brush. For each composite, 30 disk-shaped specimens (diameter 3mm, height 2mm) were prepared, and then classified three groups: 1) before polished as controls, 2) polished by abrasive disk (Sof-Lex disk), and 3) polished by polishing brush (Occlubrush). Surface characteristics of composite resins were evaluated as follows. Macro-roughness of resin surface was determined with Confocal Laser Scanning Microscope, and Atomic Force Microscope gave 3-D images and micro-roughness. With Field-Emission Scanning Microscope, surface morphology was evaluated of various magnitudes, lastly micro-hardness of each resins were compared by Micro-Vickers. The results were analyzed by one-way analysis of variance and Scheffes test (p<0.05). As results, surface roughness that affects on the gloss of composite resin was increased after polishing. Micro-roughness values from AFM were no significant difference between two polishing methods. But macro-roughness values from CLSM markedly increased in the group polished polishing brush compared with the abrasive disk. In the SEM images of the specimen before polished, there was only resin matrix layer without filler, and the inorganic fillers were seemed at their lower part. After polishing, matrix layer without filler was taken off and the resin filler was appeared on surface. In the specimens polished with abrasive disk, the matrix and fillers were polished together, so resin surface was observed more smooth and homogeneous. But in the specimens polished with polishing brush, matrix layer seemed to be torn off, and the surface showed more heterogeneous included large and deep scratches. These differences were due to the hardness of polishing cutting particle in each polishing method. Therefore, the polishing system with abrasive disk that used Al2O3 cutting particle (harder than SiO2 in polishing brush) is more effective to the polishing of composite resins. In analysis of micro-hardness, no statistical significance were observed between two composite resins. The specimens before polishing, fabricated by pressure with the mylar strip were evaluated as having lower hardness value, after polishing hardness value increased by about 25%.Maste

압입유동특성 평가의 최적화를 위한 연속압입시험의 유한요소해석

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :재료공학부,2004.Maste