마르코프 랜덤 필드 모형을 이용한 2개 집단의 혼합 그래프 모형 추정 및 적용

학위논문(박사) -- 서울대학교대학원 : 자연과학대학 협동과정 생물정보학전공, 2022. 8. 원성호.Background Large datasets with a huge number of variables or subjects, such as multi-omics data, have been widely generated recently. Many of these datasets are mixed type including both numeric and categorical variables, which makes their analyses difficult. In some studies, the networks underlying the large dataset may be of interest. There have been several methods that are suggested for the inference of the networks, but most of them can be used only for a single type of data or single class cases. Objective The objective of the study is to develop and propose a new method, named fused MGM (FMGM), that infers network structures underlying mixed data in 2 groups, with assumptions that both the networks and the differences are sparse. Also, statistical analyses including the proposed method were conducted to find biological markers of the atopic dermatitis (AD) and underlying network structures from multi-omics data of 6-month-old infants. Methods For FMGM, the statistical models of the networks are based on pairwise Markov random field model, and the penalty functions implement the main assumption that the networks in 2 groups and their differences are sparse. Fast proximal gradient method (PGM) was used for the optimization of the target function. The extension of FMGM that allows the inclusion of prior knowledges, named prior-induced FMGM (piFMGM), was also developed. The performance of the method was measured with synthetic datasets that simulate power-law network structures. Also, the multi-omics profiles of 6-month-old infants were analyzed. The profiles include host gene transcriptome (N=199), intestinal microbial compositions (N=197), and predicted intestinal microbial functions (N=98; 84 in common). For the analysis, differential analysis with limma and network inference with FMGM were applied. Results From the analysis of simulated 2-class datasets, generated from simulated scale-free networks, FMGM showed superior performances especially in terms of F1-scores compared to the previous method inferring the networks one by one (0.392 & 0.546). FMGM performed better not only in inferring the differences (0.217 & 0.410), but also in inferring the networks (0.492 & 0.572). Utilizing prior information with piFMGM obtained slightly better F1-scores from the inference of networks (0.572 & 0.589), and from the inference of the difference (0.410 & 0.423). As a result, the overall performance showed slight improvement (0.546 & 0.562). From the inference of networks from 6-month-old infants’ AD data, 10 pairs of variables were shown to have different correlations by disease statuses, including host expression of LINC01036 and MIR4788 and abundance of microbial genes related to carotenoid biosynthesis and RNA degradation. Conclusions The proposed method, FMGM inferred the network structures in 2 classes better than the previous method. Inclusion of prior information in piFMGM may be useful in more accurate inference of networks, but since the change was subtle, additional studies may be conducted to improve it. Network inference revealed several markers of AD such as microbial genes related to carotenoid biosynthesis and RNA degradation, suggesting a number of possible underlying metabolisms related to AD such as oxidative stress and microbial RNA balance.연구 배경 최근 다중 오믹스 자료와 같이 다수의 변수 혹은 관찰을 포함하는 대용량 자료가 광범위하게 생산되고 있다. 이러한 자료는 연속형 및 이산형 변수를 모두 포함하는 혼합형 자료인 경우가 많으며, 이는 자료의 통계적 분석을 어렵게 한다. 특히 기저 네트워크 추론의 경우, 그간 몇몇 통계적 방법들이 제시되어 왔으나, 대부분 변수 유형이 단일하거나 집단이 하나인 경우에 대해서만 적용 가능하다. 연구 목적 본 연구에서는 2개 집단의 혼합형 자료로부터 기저 네트워크를 추론하는 방법인 fused MGM (FMGM)을 개발하고 제시하고자 하였다. 이 방법은 네트워크 자체에 더하여 그 차이 역시 전체 자료에 비해 희박한 밀도를 가짐을 가정한다. 또한, 6개월 아동의 다중 오믹스 자료에 이 방법을 포함한 통계적 분석 방법을 적용하여, 아토피성 피부염과 관련된 생물학적 마커 및 기저 네트워크 구조를 찾아내고자 하였다. 연구 방법 FMGM은 쌍별 마르코프 랜덤 필드에 기반한 통계적 모형을 사용하며, 벌점 함수를 통해 네트워크 및 차이의 희박함을 유도한다. 목적함수의 최적화에는 고속 근위 경사법을 사용하였다. 또한 FMGM의 추론에 사전 정보를 도입할 수 있도록 하는 사전 정보 유도 FMGM (piFMGM) 역시 개발하였다. 추론 방법의 성능은 역법칙 네트워크 구조를 시뮬레이션한 합성 자료를 통해 측정하였다. 6개월 아동의 다중 오믹스 정보 역시 분석하였으며, 오믹스 정보에는 숙주 유전자 전사체 (N=199), 장내 미생물체 구성 (N=197) 및 장내 미생물 기능 정보 (N=98)가 포함된다 (공통 표본 수 84). 분석에는 선형 모형을 통한 차이 분석과 FMGM을 통한 네트워크 추론을 사용하였다. 연구 결과 시뮬레이션한 무척도 네트워크로부터 2개 집단 자료를 생성하여 분석한 결과, 개별 집단에 대해 네트워크를 추론한 결과와 비교하여 FMGM이 더 높은 F1 점수를 나타내어 성능이 더 우수함을 보였다 (0.392 & 0.546). FMGM은 네트워크 간 차이 (0.217 & 0.410)뿐만 아니라 네트워크 자체의 추론에서도 더 우수한 성능을 보였다 (0.492 & 0.572). 사전 정보를 piFMGM을 통해 도입한 경우 전체적인 성능이 미세한 증가를 보였다 (0.546 & 0.562). 네트워크의 추론뿐만 아니라 (0.572 & 0.589), 차이를 추론할 때의 성능 역시 작은 증가세를 띄었다 (0.410 & 0.423). 6개월 아동의 아토피성 피부염 자료로부터 네트워크 추론을 수행한 결과 숙주의 LINC01036 및 MIR4788 발현, 장내 미생물의 카로티노이드 생합성 및 RNA 분해 관련 유전자 등, 10개 변수 쌍이 피부염 여부에 따른 상관성 차이를 나타냈다. 결론 본 연구에서 제시한 방법인 FMGM은 기존 방법에 비해 2개 집단의 혼합형 자료에서 네트워크를 추론할 때 더 좋은 성능을 나타냈다. 사전 정보를 piFMGM을 통해 포함시킬 경우 네트워크 추론의 정확성이 향상되나, 그 차이가 크지 않아 추후 연구에서 이를 발전시키기 위한 방법이 필요할 것으로 보인다. 다중 오믹스 자료의 네트워크 추론 분석을 통해 장내 미생물의 카로티노이드 생합성 또는 RNA 분해 관련 유전자 등 아토피성 피부염과 관련된 생물학적 마커를 복수 발견하였으며, 이는 아토피성 피부염의 기저에 산화 스트레스 또는 미생물 RNA 조절 등이 관련될 수 있음을 제시한다.Chapter 1. Introduction 1 1.1 Study Background 1 1.2 Prior Works 2 1.3 Purpose of Research 5 Chapter 2. Network Inference of 2-class Mixed Data 6 2.1 Introduction 6 2.2 Notations 8 2.3 Model Formulation 8 2.4 Optimization with Fast Proximal Gradient Method 12 2.5 Code Implementation 20 2.6 Simulated Data Analysis 20 2.7 Real Data Analysis: DNA Methylation Data 23 2.8 Discussion 26 Chapter 3. Integration of Prior Information for Network Inference 28 3.1 Introduction 29 3.2 Use of Separate Parameter for Prior Information 29 3.3 Determination of Regularization Parameters 30 3.4 Simulated Data Analysis 33 3.5 Real Data Analysis: Multi-Omics Data from Asthma Patients 35 3.6 Discussion 38 Chapter 4. Multi-Omics Data Analysis of Atopic Dermatitis (AD) 39 4.1 Background 39 4.2 Data Description 40 4.3 Statistical Analysis 43 4.4 Results 43 4.5 Discussion 45 Chapter 5. Conclusion 47 Appendix 49 Bibliography 53 Abstract in Korean 59박

Lactobacillus plantarum L14 추출물이 인간 악성 흑색종 세포의 생존 및 이동에 미치는 영향

학위논문 (석사) -- 서울대학교 대학원 : 치의학대학원 치의과학과, 2020. 8. 노상호.Human malignant melanoma is the most aggressive type of skin cancers with high metastatic ability. Despite several traditional therapies, the mortality rate remains still high. Lactobacillus plantarum (L. plantarum), a species of the lactic acid bacteria, is being studied for cancer treatment. However, there are few researches about the relationship between L. plantarum and human malignant melanoma. To investigate the effects of L. plantarum extract on melanoma, A375 human melanoma cells were used and treated with L. plantarum strain L14 extract. After the treatment, the viability, the migration ability, the molecular changes of migration- and apoptosis-related genes, and the cellular location of cytochrome c was confirmed. As a result, the L14 extract inhibited viability, migration of A375 cells as well as reduced the expression of epithelial-mesenchymal transition-related genes. Also, it was confirmed that the L14 extract promoted the intrinsic apoptosis of A375 cells. Collectively, the present study demonstrated that the L14 extract exerted anti-growth and -migration effects and induced apoptosis on A375 cells. Therefore, these data suggest that the L14 extract could be developed as an anti-cancer agent for melanoma.인간 악성 흑색 종은 높은 전이능력을 가지고 있는 가장 공격적인 피부암 유형이다. 여러가지의 전통적인 치료 방법들이 있음에도 불구하고 사망률은 여전히 높다. Lactobacillus plantarum (L. plantarum)은 유산균의 하나로 암치료를 위해 연구가 되고 있다. 그러나 L. plantarum 추출물이 인간 악성 흑색종에서 어떤 영향을 끼치는 지에 대한 연구는 아직 보고된 바가 없다. 따라서 본 연구에서는 L. plantarum이 인간 악성 흑색종 세포에 어떤 영향을 끼치는 지 확인 하고자 하였다. 이를 위해 L. plantarum 균주 L14 추출물을 인간 악성 흑색종 세포인 A375 세포에 다양한 농도로 처리하여 나타나는 효과를 세포생존능력 분석, 유전자 분석, 단백질 분석, 면역형광법과 세포이동능력 평가를 통해 분석하였고, 이와 같은 결과는 통계적 처리법을 통해 유의적인 차이를 확인하였다 . L14 추출물은 A375 세포에서 사람 피부 섬유아세포에서보다 낮은 농도에 민감하게 반응하여 생존능력을 떨어뜨렸고 A375 세포를 이용해 유도한 종양의 성장도 억제하였다. 이러한 결과는 증식관련 유전자와 세포사멸에 관련된 유전자 발현의 변화에 기인한 것임을 확인하였고 세포내 cytochrome c의 위치를 확인하여 L14 에 의한 세포사멸이 내인성 세포 사멸을 유도한다는 것을 확인하였다. 또한, L14 추출물이 A375의 세포이동을 억제하고 이동과 관련된 유전자의 발현 또한 억제하는 것을 확인하였다. 따라서, 이러한 연구 결과는 L14 추출물이 인간 악성 흑색종에 대한 항암 물질fh써 개발될 수 있음을 암시한다.INTRODUCTION 1 MATERIALS AND METHODS 3 RESULTS 9 DISCUSSION 24 CONCLUSION 27 REFERENCES 28 국문초록 33Maste

효율적인 교각 피어캡 설계를 위한 스트럿-타이 모델

학위논문 (박사) -- 서울대학교 대학원 : 공과대학 건설환경공학부, 2020. 8. 조재열.Bridge pier cap is one of the most important members transmitting the loads from superstructures to the column of the bridge. Due to this structurally critical role of members, pier caps, conventionally, have often been over-reinforced with conservative designs. Over-reinforcement in pier cap, however, considerably degrades the constructability and economic efficiency considering the bad working environment with high location in the top of pier and interference with the column reinforcement. Pier cap, which belongs to discontinuity region due to loading and geometric conditions, is designed with Strut-and-Tie Model (STM) presented in design codes in accordance with the design method transition from ultimate strength design to limit state design. In the design of STM in bridge pier cap, strut-and-tie models can be selected by designers discretion. This versatility of STM design, however, leads potential to select inefficient models resulting in the conservative designs with over-reinforcement. To avoid such ineffective pier cap design, specific guidelines need to be proposed, and it can be achieved through analysis of the current design status and evaluation of structural safety in suggested guidelines. In this study, to provide efficient guidelines for pier caps preventing conservative designs due to excessive reinforcement, following procedures were conducted: analytical studies such as contemplation of pier cap design status in current design codes, static loading test of the scaled models, verification of the test results and parametric studies with FE model analysis. The analysis of the current design status of bridge pier cap was established by comparing and analyzing the design rules presented in various design codes and contemplating the existing STM design cases of pier cap. With the basis, STM design guidelines for bridge pier cap allowing more reasonable reinforcement designs were proposed. To evaluate the structural safety of the proposed design guidelines, static loading test were conducted with specimens for the scaled model of pier cap. The results were analyzed and verified by nonlinear finite element analysis. Experimental program was conducted with total 3 specimens, which satisfy the proposed guidelines, with the various loading distributions in consideration of superstructure and horizontal shear reinforcement. Structural behavior such as loading, deflection, strains of the concrete and rebar, crack propagation were measured. As a result of the test, the pier caps designed with the proposed guidelines show load resistance capacities exceeding ultimate limit state (ULS), which is verifying the structural validity of the guidelines. Though, due to the load distribution and sectional size, limitations such as cracks in serviceability limit state (SLS) and inconsistent design safety factor occurred in the test. To observe structural behaviors, including shear, in various sectional depths overcoming the limitations of variable range in the experiment, additional parametric studies were conducted with FE analysis. As a result, it was confirmed that the proper sectional size can be determined using the shear strength prediction in design code before the STM design. In addition, underestimation of pier cap strength due to the vertical tie in the determinant STM could be complemented by placing the shear strength prediction in design code as a minimum value. This resulted in improved design guidelines complementing the limitations of previous design guidelines. By the evaluation of the structural safety and serviceability in the current design of bridge pier caps, improved guidelines were proposed for the more efficient bridge pier cap design in STM. As a result, it is expected to enhance the constructability and economic feasibility of social infra-structures by preventing excessive reinforcement and conservative sectional size due to inefficient design of bridge pier caps in the design practice.교각 피어캡은 교량의 상부구조 및 차량하중을 교각 기둥부로 전달하는 부재로서 교량에서 매우 중요한 부재이다. 부재의 구조적 역할의 중요성에 의해 피어캡은 보수적인 설계가 이루어지는 경우가 많아 철근이 과다하게 배근 되어왔다. 그러나 피어캡 철근의 과다 배근은 교각 상부에 위치한 작업 환경 및 기둥 철근과의 간섭 등을 고려할 때 시공성을 크게 저하시키며, 필요 이상의 배근으로 인해 비경제적인 설계 결과를 초래한다. 한편, 하중 및 기하학적 조건에 따라 응력교란영역에 해당하는 교각 피어캡은 강도설계법에서 한계상태설계법으로의 설계 방법 전환에 따라 설계기준에서 제시하고 있는 스트럿-타이 모델 설계를 기반으로 철근을 배근하고 있다. 교각 피어캡의 스트럿-타이 모델 설계에서는 설계자의 재량에 따라 다양한 스트럿-타이 모델을 선정하여 부재를 설계할 수 있다. 그러나 설계자의 역량에 따라 설계 자유도가 보장된 스트럿-타이 모델 설계는 비효율적인 모델 선정에 따른 과도한 철근 배근의 가능성을 내재하고 있다. 이와 같은 보수적인 피어캡 설계를 지양하기 위해서는 합리적으로 교각 피어캡을 설계할 수 있는 설계가이드라인이 제시될 필요가 있으며, 이는 교각 피어캡의 설계 현황에 대한 분석 및 제시된 가이드 라인의 구조적 안전성 평가를 통해 가능하다. 본 연구에서는 과도한 철근 배근에 따른 보수적인 설계를 방지할 수 있는 교각 피어캡의 보다 합리적인 설계 가이드라인을 제시하고자 한다. 이를 위해 설계기준에서의 교각 피어캡 설계 현황에 대한 분석, 축소모형을 통한 정적압축실험, 실험의 검증 및 매개변수연구를 위한 유한요소해석을 통한 해석 연구가 수행되었다. 한계상태설계법에 기반한 여러 설계기준에서 제시하는 교각 피어캡 설계 규정의 비교∙분석 및 실제 스트럿-타이 모델을 사용한 교각 피어캡 설계 사례 분석을 통해 현행 교각 피어캡의 설계 현황을 파악하였다. 이를 토대로 보다 합리적인 철근 배근이 가능한 교각 피어캡의 스트럿-타이 모델 설계 가이드라인을 정립하였다. 제시된 교각 피어캡에 대한 설계 가이드라인의 구조적 안전성 평가를 위해 축소모형실험체를 제작하여 정적압축시험을 수행하고 비선형 유한요소해석을 수행하여 결과를 검증하였다. 실험은 제시된 설계 가이드라인에 따라 배근된 교각 피어캡 3개소에 대하여 수평 전단철근량과 상부구조에 따른 하중 재하 분포를 고려하여 수행되었다. 실험을 통해 재하 하중, 처짐, 철근 및 콘크리트의 변형률, 균열 양상과 같은 구조 거동이 측정되었다. 실험 수행 결과, 제안된 설계 가이드라인에 따라 설계된 교각 피어캡은 극한한계 상태(ULS)를 초과하는 하중 저항 능력을 보여 설계 가이드라인의 구조적 타당성을 검증하였다. 그러나 하중 분포 및 단면 크기에 따라 사용한계상태에서의 균열 진전 및 일관되지 못한 설계 안전율과 같은 한계가 발생하였다. 실험의 제한적인 변수 범위의 한계를 극복하여 다양한 단면 크기에서의 전단을 포함한 피어캡의 구조 거동을 관측하기 위해 유한요소해석 방법을 이용한 매개변수연구가 추가적으로 수행되었다. 그 결과 스트럿-타이 모델에 따른 철근 배근 이전에 전단강도에 대한 설계기준 식을 활용한 적절한 단면 크기를 선정하면 적절하게 단면을 선정할 수 있다는 것을 확인하였다. 또한 정정 스트럿-타이 모델 설계 시 수직 타이에 의해 부재 강도가 과소평가 되는 것을 전단강도에 대한 설계기준 식을 부재 강도의 하한으로 두어 보완할 수 있었다. 이를 통해 기존 제시되었던 설계 가이드라인의 한계를 보완한 개선된 설계 가이드라인을 제시하였다. 본 연구를 통해 교각 피어캡의 설계에서 구조적 안전성 및 사용성에 대한 평가가 수행되었으며, 보다 합리적인 설계가 가능하도록 교각 피어캡 설계 가이드라인이 제안되었다. 제시된 가이드라인은 설계 실무에서 교각 피어캡의 비효율적인 설계에 따른 과도한 철근 배근 및 과도한 단면 선정을 방지하여 사회 인프라 구조물의 시공성 및 경제성을 증진시킬 수 있을 것으로 기대된다.I. Introduction 1 1.1. Research Background 1 1.2. Scope and Objectives of the Thesis 3 1.3. Organization of the Thesis 5 II. Literature Review 7 2.1. Introduction 7 2.2. Strut-and-Tie Model Design 8 2.2.1. Introduction 8 2.2.2. Discontinuity Regions 8 2.2.3. Fundamentals of Strut-and-Tie Model 11 2.2.3.1 B-regions and D-regions 15 2.2.3.2 Definition of load case 15 2.2.3.3 Analysis of structural member 16 2.2.3.4 Development of strut-and-tie model 17 2.2.3.5 Proportion of ties for rebar arrangement 21 2.3. Pier Cap Design in Current Design Codes 22 2.3.1. Introduction 22 2.3.2. Design of Discontinuity Regions 23 2.3.3. Design of Deep Components 24 2.3.3.1 Definition of deep component 24 2.3.3.2 Design of distributed rebar in deep component 27 2.3.4. Strut-and-Tie Model Design 30 2.3.4.1 Strength design of strut 30 2.3.4.2 Strength design of tie 35 2.3.4.3 Strength design of nodal region 37 2.3.5. Concluding remarks 41 III. STM for Efficient Bridge Pier Cap Design 43 3.1. Introduction 43 3.2. Study on Design Examples of Pier Caps 44 3.3. Reinforcement in accordance with STM 51 3.3.1. Stress Distribution in accordance with Elastic Analysis 52 3.3.1.1 Bridge number 3 52 3.3.1.2 Bridge number 5 55 3.3.2. Rebar Ratio in accordance with Vertical-Tie-Arrangement 58 3.3.2.1 Bridge number 3 58 3.3.2.2 Bridge number 5 61 3.3.3. Vertical-Tie-Arrangement in Design Examples 66 3.3.4. Forces in STM with Various STM Configurations 69 3.3.4.1 Disposition of tensile tie and strut considering stress distribution 69 3.3.4.2 Forces in accordance with position of column strut 73 3.4. Proposal of STM Design Guidelines for Pier Caps with Efficient Reinforcement Arrangements 75 IV. Experimental Verification 77 4.1. Introduction 77 4.2. Test Program 78 4.2.1. Target Structure 78 4.2.2. Model-to-prototype Scale 82 4.2.3. Dimension of Specimens 85 4.2.4. Material Properties 88 4.2.4.1 Concrete 88 4.2.4.2 Reinforcing steel bars 92 4.2.5. Manufacture of Specimens 96 4.2.5.1 Reinforcement detail in specimens 96 4.2.5.2 Fabrication of basement 105 4.2.5.3 Fabrication of column 107 4.2.5.4 Fabrication of pier cap 108 4.2.6. Test Setup 110 4.2.7. Instrumentation 116 4.2.7.1 Load cell 116 4.2.7.2 ERSGs for reinforcing steel bars 117 4.2.7.3 ERSGs for concrete 120 4.2.7.4 LVDTs 124 4.2.8. Test Loads 125 4.3. Test Results and Discussion 132 4.3.1. Load-deflection Relationship 132 4.3.1.1 Case 1 134 4.3.1.2 Case 2 136 4.3.1.3 Case 3 138 4.3.1.4 Comparison of test results 140 4.3.2. Crack Propagation 142 4.3.2.1 Case 1 142 4.3.2.2 Case 2 144 4.3.2.3 Case 3 146 4.3.3. Load-strain Relationship 148 4.3.3.1 Flexural reinforcement 148 4.3.3.2 Compressive reinforcement 150 4.3.3.3 Column longitudinal reinforcement 152 4.3.3.4 Vertical shear reinforcement 153 4.3.3.5 Horizontal shear reinforcement 155 4.3.3.6 Column concrete 156 4.3.3.7 Pier cap concrete 158 4.3.4. STM Predictions 160 4.4. Concluding Remarks 162 V. Analytical Study 165 5.1. Introduction 165 5.2. FE Analysis for Verification of FE Model 166 5.2.1 Geometry Model 166 5.2.2 Material Model 168 5.2.2.1 Concrete 168 5.2.2.2 Reinforcement 169 5.2.2.3 Steel Plate 170 5.2.3 Boundary Conditions 170 5.2.4 Analysis Results 171 5.2.4.1 Load-deflection relationship 171 5.2.4.2 Crack propagation 176 5.2.4.3 Strain of reinforcing steel bar and concrete 180 5.3. Analysis for Parametric Study 188 5.3.1 Effect of Sectional Depth 189 5.3.1.1 Required amount of reinforcement in STM design 189 5.3.1.2 Design safety factor 192 5.3.1.3 Serviceability in cracks 193 5.3.2 Shear Strength of Pier Caps 195 5.3.2.1 Contribution of concrete 195 5.3.2.2 Contribution of reinforcement 198 5.3.2.3 Parametric analysis with sectional depth 202 5.3.3 Revised Design Guidelines for Efficient Pier Cap Designs 209 5.3.4 Validation of Revised Design Guidelines 210 5.3.4.1 Re-design of bridge pier caps 210 5.3.4.2 Reinforcement ratio distribution change 211 5.3.4.3 Consistency of design safety 212 5.4. Concluding Remarks 214 VI. Conclusion 217 6.1. STM for Efficient Rebar Arrangement in Pier Cap 217 6.2. Verification of the Proposed STM Guidelines 219 6.3. Improved Guidelines Considering Shear Properties 220 References 221 Appendix A 227 Appendix B 241 Appendix C 251 Appendix D 271 국문초록 283Docto

후복막 접근법을 통한 복강경 부신절제술의 초기 경험

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Robot-assisted posterior retroperitoneoscopic adrenalectomy: single port access

Laparoscopic adrenalectomy has become a gold standard in adrenal gland surgery. More recently, some minimally invasive trials have been conducted on single access surgery on the adrenal gland. In this study, we introduce our first experiences of robot-assisted posterior retroperitoneoscopic adrenalectomy using single-port access and the da Vinci system.ope

Coexistence of chronic lymphocytic thyroiditis with papillary thyroid carcinoma: clinical manifestation and prognostic outcome

The study aimed to identify the clinical characteristics of coexisting chronic lymphocytic thyroiditis (CLT) in papillary thyroid carcinoma (PTC) and to evaluate the influence on prognosis. A total of 1,357 patients who underwent thyroid surgery for PTC were included. The clinicopathological characteristics were identified. Patients who underwent total thyroidectomy (n = 597) were studied to evaluate the influence of coexistent CLT on prognosis. Among the total 1,357 patients, 359 (26.5%) had coexistent CLT. In the CLT group, the prevalence of females was higher than in the control group without CLT (P < 0.001). Mean tumor size and mean age in the patients with CLT were smaller than without CLT (P = 0.040, P = 0.047, respectively). Extrathyroidal extension in the patients with CLT was significantly lower than without CLT (P = 0.016). Among the subset of 597 patients, disease-free survival rate in the patients with CLT was significantly higher than without CLT (P = 0.042). However, the multivariate analysis did not reveal a negative association between CLT coexistence and recurrence. Patients with CLT display a greater female preponderance, smaller size, younger and lower extrathyroidal extension. CLT is not a significant independent negative predictive factor for recurrence, although presence of CLT indicates a reduced risk of recurrence.ope

A neurogenic tumor as a rate differential diagnosis of a perithyroidal masses

We report here on a case of a neurogenic tumor of the neck with an uncertain origin on the preoperative evaluation. A 67-year-old woman with a palpable mass in the left side of the neck was referred to our hospital. The mass had slowly grown over 7 years and her dyspnea had gradually become more severe over the recent 6 months. Computerized tomography and magnetic resonance imaging showed an 8 cm sized solid mass that abutted the trachea and the esophagus without invasion, but the origin of the mass was not clearly identified. During surgical exploration, we identified that the tumor was located in the esophageal muscle layer. Immunohistochemical staining revealed that the tumor cells were positive for S-100 protein, which confirmed a diagnosis of schwannomaope

Study on the Joint Infringement of Patent

Protection of patent would be a kind of balancing game between the incentive to patentees who invent useful invention and the protection of public domain knowledge which could be freely used by public. It means that the whole combination of all elements in a patent claim is the patented invention which is subject to patent protection and a person who implements the patented invention with missing any of elements in the patent claim is not liable for patent infringement. In other words, a patent holder would be able to accuse a person as patent infringer when the alleged person uses all elements of the patent claim as a single entity. Under the traditional industry such as manufacturing industry, this kind of patent protection methodology has been working well. Under some of recently developed industry such as internet-based E-commerce industry, however, there would be some circumstances which the traditional methodology does not fit well. Although a single entity does not use all the elements of a patent claim and the plurality of entities are separately involved in using of all the elements, we definitely face some situations in which the patentee should be protected, especially in the field of business method patent. Under that situation, the theory of the joint infringement of patent could be considered to protect patentees. This article will discuss and review the cases on patent joint infringement in United Sates, Korean, and Japan. Through the comparison among the theories on the joint infringement of patents by each country, this article tries to find the balancing point on what kind of situation we could adopt the joint infringement of patent to protect patentee from the patent infringement with the involvement of the plurality of entities.I. 들어가며 1 II. 특허침해에 관한 전통적인 이론 6 1. 서설 6 2. 문언침해와 구성요소완비의 원칙 8 2-1. 구성요소완비의 원칙과 공동침해와의 충돌 10 3. 균등침해 11 4. 간접침해 12 4-1. 간접침해의 의의 12 4-2. 간접침해의 특수성 16 III. 특허권 공동침해론 19 1. 서설 19 2. 문제의 제기 25 3. 미국의 특허권 공동침해 사례 28 3-1. 대리인 이론' 하의 특허권 공동침해 29 3-1-1. Crowell 판결 30 3-1-2. Metal Film Co. 판결 33 3-1-3. Mobil Oil Corp. 판결 34 3-1-4. E.I. DuPont 판결 36 3-1-5. Pellegrini 판결 41 3-1-6. 소결 : 대리인 이론에 관한 정리 45 3-2. 일정한 연관성 이론 하의 특허권 공동침해 46 3-2-1. Faroudja Lab. 판결 47 3-2-2. Cordis Corp. 판결 51 3-2-3. Applied Interact 판결 54 3-2-4. Hill 판결 56 3-2-5. On Demand 판결 59 3-2-6. BMC Resources 판결 63 3-2-7. 소결 : 일정한 연관성 이론에 관한 정리 72 4. 우리나라의 특허권 공동침해 74 4-1. 특허권 공동침해 성립에 관한 우리 법의 근거 75 4-2. 우리나라의 관련 판결 사례 80 5. 일본의 특허권 공동침해 사례 83 6. 소결 85 IV. 특허권 공동침해와 간접침해의 비교 89 V. 결론 94Maste

세계유산 종묘와 창덕궁을 중심으로

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 건축학과, 2012. 2. 박소현.1995년과 1997년 유네스코(UNESCO) 세계유산으로 등재된 종묘와 창덕궁은 당시 유산 주변에 완충구역이 설정되지 않은 채 등재되었다. 그리고 현재까지 이들 유산 주변에는 완충구역이 별도로 설정되지 않은 채, 국내 문화재보호법과 서울시 문화재보호조례상 유산의 주변 반경 100m로 지정된 역사문화환경 보존지역이 적용되고 있을 뿐이다. 그러나 보존지역 외부의 개발 행위가 유산에 크게 영향을 미칠 수 있음에도 불구하고, 이 부분에 대해서 규제를 할 수 없는 취약점이 나타나고 있다. 지난 2009년에 문화재청에 허가신청되었던 종묘 앞 세운4구역의 고층계획안은 보존지역 외부에서 유산에 부정적인 영향을 야기하는 개발의 대표적인 사례로, 세계유산 보호를 위해서는 적절한 완충구역이 마련되어 관리될 필요가 있음을 보여주었다. 세운4구역 사례에서는 해당 구역이 문화재보호법의 규제 범위 밖에 위치하였음에도 불구하고, 세계유산의 특수성 때문에 문화재위원회의 심의가 2010년 5월까지 수차례 진행되었다. 제안된 건축물의 높이가 종묘 내부에서 조망되어 경관적 가치를 해친다는 판단에 기초하여 건축물의 높이가 대폭 축소되었다. 이러한 일련의 심의 과정에 대하여 일각에서는 환영하였지만, 다른 일각에서는 법적 근거가 불충분한 채 사회적 공감대로만 진행되었다는 비판을 제기하였다. 따라서 근본적인 접근으로서 해당 유산을 보호하기 위하여 주변에 유산의 역사문화환경으로서 외부의 개발영향을 관리하는 역할을 하는 완충구역을 마련하는 것이 바람직하였을 것이다. 최근 문화재청은 2012년 정기보고에 맞추어 국내 세계유산의 완충구역 설정 작업을 추진 중이나, 단순히 역사문화환경 보존지역 규정과 일치시키려는 현재의 접근은 유산 주변의 역사문화환경을 적절하게 고려하지 못하게 된다. 기존 선행연구에서는 역사문화환경 보존지역 제도의 한계를 지적하면서 역사문화환경의 특성을 고려한 범위 설정을 대안으로 제시한 바 있으며, 본 연구에서는 이러한 작업의 연장선상에서 유산 주변의 역사문화환경이 지니는 역사적․공간적․시각적 가치를 고려한 도심부 세계유산의 완충구역의 적정 범위를 실질적으로 도출하는 것을 목적으로 하였다. 국내 도심부 세계유산의 대표적인 사례로서, 유산 주변에 역사문화환경이 아직 잘 남아 있으며 이미 각계 전문가들의 논의와 사회적 반향을 불러일으킨 바 있는 서울의 종묘와 창덕궁 일대를 사례 대상지로 선정하였다. 종묘와 창덕궁은 주변의 역사문화환경이 유산과 관련하여 지니는 특성, 관계가 함께 보존관리되는 경우 유산의 가치가 효과적으로 유지될 수있으며, 이것은 완충구역으로 표현될 필요가 있다고 여겨졌다. 이들 유산주변의 궁궐시설, 부속시설, 관아시설 등 유형 문화유산/유적지와 역사적으로 형성된 필지형태/가로체계 등은 유산의 특성을 보다 강화하는 역할을 하여 유산과 함께 보전될 역사문화환경이라고 볼 수 있다. 따라서 대상지 일대의 역사문화환경을 유산적, 도시계획적, 시각적/경관적 관점의 세 가지 관점에서 분석하여 완충구역 설정 기준 검토를 시도하였다. 완충구역 설정 기준의 핵심적인 요소로서 종묘 및 창덕궁과 직간접적으로 관련된 역사문화자원, 기타 대상지 일대의 역사문화자원, 조선 한성부의 옛 가로체계와 역사적 도시조직, 종묘 및 창덕궁 내외부에서의 조망과 관련법제의 현황을 분석하였다. 분석 결과, 종묘와 창덕궁은 조선시대 한성부의 건설과 함께 형성된 유산으로, 한성부의 도시구조에 대한 배경을 반영해야만 유산 및 유산 주변 환경의 가치가 충분히 표현됨을 알 수 있었다. 따라서 한성부의 옛 도시공간과 밀접한 관련이 있는 돈화문로, 종로, 창덕궁길을 우선적으로 반영한 다음, 대상지 주변의 문화유산 분포와 도시계획수단상의 도시조직, 개발현황, 개발가능성, 유산 내외부에서의 가시적 거리, 유산이 소재한 종로구의 행정구역 경계, 주변의 자연적 지형 등을 순차적으로 종합 반영하여 종묘 및 창덕궁 유산의 완충구역 범위를 도출할 수 있었다. 본 연구의 결과로서 제시된 유산의 완충구역 범위는 기존의 역사문화환경 보존지역 범위와 비교하였을 때 유산 주변의 역사문화환경을 보다 효과적으로 반영하게 되는 점이 확인되었다. 본 연구의 결과는 유산의 완충구역이 유산과 유산 주변과의 관계를 정의하고 매개하는 중요한 역할을 수행하여, 유산의 보존관리와 도시계획 간의 연결점을 제공할 수 있음을 보여주었다. 완충구역 내 각 요소마다 종묘와 창덕궁과 관련하여 관계가 정의되는 측면은 완충구역의 설정 이후 관리 단계에서도 기존의 일률적인 규제사항들을 대체하는 효과를 가질 수 있을 것으로 기대되었다. 가령, 종묘 서측의 돈화문로 일대는 현행 역사문화환경 보존지역 제도상에서는 건축물 높이 제한만을 받고 있으나, 이 일대에 수립된 지구단위계획의 내용을 세계유산 완충구역의 범위로 포함시킬 수 있게 됨에 따라 가로환경 개선, 세필지 및 옛 물길 형태 유지, 위해 업종의 제한 등 보다 다양한 지침들이 마련될 수 있을 것이다. 또한, 종묘 및 창덕궁 주변에 분포하는 다수의 문화유산들에 대해서 기존에 방치된 상태에서 벗어나, 유산과 연계시켜서 임금의 행차로 등의 프로그램을 위한 보다 효과적인 활용 방안을 마련하는 것이 가능하게 된다. 본 연구는 유산을 중심으로 한 물리적인 보호구역으로서의 도심부 세계유산 완충구역에 관한 논의를 유산의 역사적, 도시계획적. 시각적/경관적 가치를 반영하는 유산 주변 역사문화환경으로서의 논의로 발전시켰다는 데에 의의가 있으며, 이러한 입장에서 종묘와 창덕궁 완충구역 설정 방안을 대안적으로 제시하여 기존의 역사문화환경 보존지역 제도보다 더 효과적으로 세계유산이 보존관리 될 수 있음을 예시하였다. 또한, 그 동안 세계유산 보존관리에 관한 국내의 논의가 유산 중심에 치우쳐 있었던 반면에 유산 주변 역사문화환경까지로 논의의 범위를 확장시키는 의의를 가지고 있다. 본 연구의 결과는 향후 국내 여타 도심부 세계유산의 완충구역 설정에 있어서 설정 체계를 마련해볼 수 있는 기초자료로 활용될 수 있을 것이다. 그러나 본 연구는 완충구역 설정 및 역사문화환경 보전의 대상이 되는 거주자 및 토지소유자의 입장과 의견을 반영하지 못하였다. 이후 연구에서 이러한 부분이 도심부 세계유산 완충구역의 설정 방안으로서 함께 고찰될 수 있다면, 더욱 풍부한 결과가 나올 수 있을 것이다.Jongmyo shrine and Changdeokgung palace complex were inscribed as UNESCO World Heritage sites in 1995 and 1997 respectively, without the establishment of its buffer zones. Despite UNESCO's strong recommendation, there is still no additional measure to delineate the two property's buffer zones despite UNESCO's strong recommendation. Only 100-metre strips from the properties' boundary, called Conservation Zone for Historic and Cultural Environment, are currently applied for protection based on the domestic legal tools of the Cultural Properties Protection Law and the Seoul Municipal Ordinance on the Cultural Properties Protection. This approach, however, is playing a limited role in controlling building activities outside the applied zone which might affect the values of heritage, revealing its vulnerability that lacks a legal basis. The case of Sewoon District 4 high-rise redevelopment, located just in front of Jongmyo which was submitted to the Cultural Heritage Administration of Korea for review in 2009, drew heated arguments on its potential negative impact of development even when it is beyond the borders of the legally protected zone. This case has emphasised the necessity of establishing relevant buffer zones around the heritage to safeguard its values against continued threats. While the location was situated beyond the legally protected zone, the proposal for Sewoon District underwent several reviews under the Committee for Cultural Properties due to Jongmyo's uniqueness as a World Heritage property. After due deliberation, the height of the proposed buildings were cut down significantly to secure a clear panorama view from Jongmyo without any visual intervention. The decision was welcomed by most preservationists, but it is undeniable that the whole procedures were carried out with no legal basis but only through a social consensus. A desirable direction would have been to provide a fundamental approach that legalises buffer zone as a means of protecting the historic and cultural environment of the heritage property from external developments. As much as the Cultural Heritage Administration is working towards the establishment of these buffer zones in accordance with the 2012 Periodic Reporting, their approach of fitting the zones to current legal Conservation Zone does not reflect or effectively illustrate the site specificity and unique characteristics that is embedded in each heritage property. Previous researches have already indicated the limitations of the present Conservation Zone system and suggested the need for establishing protective zones that reflects the characteristics of the historic and cultural environment. In line with these works, this study aims to draw an alternative of delineating World Heritage buffer zones in city centres based on historic, spatial and visual values that urban historic and cultural environment presents. Out of the nine World Cultural Heritage sites in Korea, Jongmyo shrine and Changdeokgung palace complex in Seoul Metropolitan have been selected as the sites of this study for the significance it holds to the society through its location in a dense urban surrounding and as a subject under debate from professionals in various fields. The two properties can only maintain its global significance when the values and significance of the historic and cultural environment surrounding the properties are preserved. This study emphasises the importance of buffer zones as a means of providing a potential solution. The extra palaces, facilities, administration offices, potential archaeological remains, traditional urban fabric and street patterns around the sites strengthen the characteristics of the heritage properties. Hence they are to be safeguarded together within the framework of World Heritage conservation. In this sense, this study has analysed the site in terms of historic-cultural resources, urban planning, and landscape for reviewing the delineating criteria of buffer zones. As key factors of delineating criteria, the following have been analysed: historic and cultural resources that are directly and indirectly related with Jongmyo and Changdeokgung; traditional streets, urban fabric and ensemble of traditional urban housings in the historic city centre; and finally perspectives to and from the two heritage properties. The analysis has shown that as Jongmyo and Changdeokgung were formed based on the planning framework for a new capital city during Joseon Dynasty, the background features of a historic city should be reflected to fully represent those values. In this respect, viewing distances to and from the heritage properties and the administrative boundary of Jongno-gu where the two heritage properties are located have been studied in order to propose buffer zones for Jongmyo and Changdeokgung World Heritage sites. Major traditional streets, cultural assets directly related with the heritage properties, remaining traditional urban tissues and current urban planning methods were taken into account. The result of this study has shown that the proposed buffer zones more effectively reveal the characteristics of the historic and cultural environment surrounding the properties when compared with the current legal zones - the Conservation Zone for Historic and Cultural Environment. Findings demonstrate buffer zones as playing a key role in defining and handling relations between the inscribed properties and their surroundings, and that the zones provide a linkage between heritage conservation and urban planning in the city centre. In addition, each factor used in delineating the zones is expected to replace the current non-diversified regulations in management. For instance, height-focused regulations could be varied in terms of the improvement of street environment, the maintenance of traditional urban tissues and streams, and the restriction of non-harmonious businesses in the buffer zones. Moreover, it would be possible to connect various cultural assets around the two World Heritage properties for a more effective utilisation of programmes that involve restored historic areas. The significance of this research is in extending on previous studies with regard to the World Heritage buffer zones from a distance-oriented approach to a multi-faceted one. It also entails considering historic, spatial and visual values linked with the inscribed properties. Furthermore, the study suggested an alternative way of establishing buffer zones of Jongmyo and Changdeokgung to conserve and manage with more relevance than the existing policies. It also harmonised the current interest concentrated on the properties themselves with their setting for an integrated conservation and management. The outcome of this study would be used as a source of reference for further buffer zone delineation to other Korean World Cultural Heritage sites in the urban context. Limitations of this study are that it has not reflected the opinions of the land-owners and residents around the two properties. Further study is recommended to examine those aspects to provide desirable directions for future heritage conservation.Maste

(A) comparison of the tensile strength in surgical wire fastening methods.

의학과/석사ope