5 research outputs found
Partโ . Studies on the light-regulated DNA binding proteins, Partโ ก. Synthesis and biological evaluations of novel peptidomimetic compounds
ํ์๋
ผ๋ฌธ (์์ฌ)-- ์์ธ๋ํ๊ต ๋ํ์ : ์ฝํ๊ณผ, 2014. 8. ์ด์ง์ฐ.๋ณธ ๋
ผ๋ฌธ์ ๋ ๊ฐ์ง ์ฃผ์ ๋ฅผ ํฌํจํ๊ณ ์์ผ๋ฉฐ, Partโ
์์๋ ๋น์ ์ํด ์กฐ์ ๋๋ ์ ์ ์ ๊ฒฐํฉ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ดํ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ์์ ํ์์ผ๋ฉฐ Chemistry - A European Journal 2014๋
2์์ ๋ฐํ๋ ๋
ผ๋ฌธ์ ๊ทผ๊ฑฐ๋ก ์์ฑํ์๋ค. ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ Partโ
ก์์๋ ์ ๊ท peptidomimetic compound์ ํฉ์ฑ๊ณผ ํญ์ ํ์ฑ ์ฐ๊ตฌ ๋ด์ฉ์ ์์ ํ์๋ค.
[Partโ
]
๋จ๋ฐฑ์ง ๊ธฐ๋ฅ์ ์กฐ์ ํ๊ธฐ ์ํด ๊ดํ๊ธฐ๋ฒ์ ์ด์ฉํ๊ฒ ๋๋ฉด ์์ฒด ์์คํ
์์ ์๊ณต๊ฐ์ ์ผ๋ก ์ ๋ฐํ๊ฒ ๊ธฐ๋ฅ ์กฐ์ ์ด ๊ฐ๋ฅํ๋ฉฐ, ์ธํฌ ๋ด๋ถ์ ๋ค๋ฅธ ์์์ ๋ถ์์ฉ์ ์ผ์ผํค์ง ์๊ณ ์ ์ ํ๋ก์ธ์ค๋ฅผ ์ ์งํ ์ํ์์ ์๊ฒฉ ์กฐ์ ์ด ๊ฐ๋ฅํ ์ฅ์ ์ ๊ฐ์ง๋ค. ์ด๋ฌํ ์ ์ ๋ฐํ์ผ๋ก ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์๋ ์ ๊ท ์ตํฉ ๋จ๋ฐฑ์ง์ธ As-LOV-Tet repressor(TetR)์ YtvA-Tet repressor(TetR)๋ฅผ ๋์์ธํ์ฌ ๋น์ ์ํด ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ธฐ๋ฅ์ ์กฐ์ ํ ์ ์๋๋ก ํ์์ผ๋ฉฐ, ์ด์ ๋ํ Thermodynamic, Kinetic ํน์ฑ์ ๊ท๋ช
ํ๊ณ ์ ํ์๋ค. Flavin mononucleotide (FMN)์ ์ํด ๋น์ด ํก์๋๋ฉด Light sensing domain์ธ As-LOV์ YtvA์ ํตํ์ฌ TetR ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ ํธ๋ฅผ ์ ๋ฌํ๊ฒ ๋์ด TetR ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ๊ฒฐํฉํ๋ Ligand์ธ Tetracycline๊ณผ์ ๊ฒฐํฉ๋ ฅ์ด ๋ณํํ๊ฒ ๋๋ค. ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ํตํด ์ ์๋ ๋น์ ๋ฐ์ํ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋ชจ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํธ์ ๋ฌ ๋ฉ์ปค๋์ฆ์ ๋ํด ์ฌ๋ ์๋ ์ดํด๋ฅผ ํ ์ ์๋ ์ค์ํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ ์ํ์๋ค. ๋ํ ๋น์ ์ํด ๋ฏผ๊ฐํ๊ฒ ๊ตฌ์กฐ ๋ณํ๋ฅผ ์ผ์ผํค๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋ชจ๋์ ๋ค๋ฅธ ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ์กฐํฉํ์ฌ ๋น์ ์ํ ํญ์์ ์ ๋ฐ์์ฑ์ ์กฐ์ ํจ์ผ๋ก์จ ์๋ก์ด ์น๋ฃ์ ๊ฐ๋ฐ ์ ๋ต ํ๋ฆฝ์ ๊ธฐ์ฌํ ์ ์์ ๊ฒ์ผ๋ก ๊ธฐ๋๋๋ค.
[Partโ
ก]
ํฉํ์ด๋ ๊ณจ๊ฒฉ ํํฉ๋ฌผ์ ์๋ง์ ์์ฉ๊ธฐ๋ฅผ ์ด์ฉํ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ ํฉ์ฑ์ด ๊ฐ๋ฅํ๋ฉฐ ์ธํฌ ๋ด๋ถ์ ์กด์ฌํ๋ peptidase์ ์ํด ์ฝ๊ฒ ๋ถํด๋ ์ ์๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋์ ์์ ์ฑ์ ๊ฐ์ง๋ค. ์ด๋ฌํ ์ฅ์ ๋ค ๋๋ฌธ์ ๋ง์ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ ์ด๋ฃจ์ด์ง๊ณ ์์ผ๋ฉฐ, ๋ค์ํ ์์์์ ํจ๋ฅ์ ๊ธฐ๋ํ ์ ์๋ค.
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์๋ ํฉํ์ด๋ ์ ์ฌ ๊ตฌ์กฐ์ธ peptoid๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ํ์ฌ Library๋ฅผ ๊ตฌ์ถํ์๊ณ ํํฉ๋ฌผ์ ๋ํ characterization์ ์งํํ์์ผ๋ฉฐ ์๋ฌผ ํ์ฑ ์คํ์ ์งํํ์๋ค. ์ด๋ฅผ ํตํ์ฌ ๋ช ๊ฐ์ง ํํฉ๋ฌผ์ด ์ธ๊ฐ ํ์์ธํฌ (H1299)์์ ์ต์ ํจ๊ณผ๊ฐ ์๋ ๊ฒ์ ํ์ธํ์๊ณ ๋๋ ์์กด์ ์ผ๋ก ํจ๊ณผ๊ฐ ์ฆ๊ฐํ๋ ๊ฒ์ ์ ์ ์์๋ค. ์ถ๊ฐ์ ์ผ๋ก ๋ถ์ ๋ชจ๋ธ๋ง ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ํตํด์ IGF-1R Kinase ์์ฉ์ฒด์ ํ์ฑ์๋ฆฌ์์ ํฉ์ฑํ ํํฉ๋ฌผ์ด ๋ฆฌ๊ฐ๋๋ก์ ์ํธ์์ฉํ๋ ์์์ ํ์ธํ ์ ์์์ผ๋ฉฐ, ๊ธฐ์กด์ ์๋ ค์ง ํ์ฑ ์ต์ ์ ์ ๋น๊ตํ ๋งํ ์์ค์ ์์ฉ์ ํ๊ณ ์์์ ํ์ธํ ์ ์์๋ค.
์์ผ๋ก ์ถ๊ฐ์ ์ธ ํจ๊ณผ ๊ฒ์ฆ์ ์ํ์ฌ ๊ตฌ์ฒด์ ์ธ binding mode๋ฅผ ๊ท๋ช
ํ๊ณ ์ ํ๋ฉฐ ์ด๋ฅผ ๋ฐํ์ผ๋ก ํ์ฌ ๋์ฑ ๊ฐ๋ ฅํ ํจ๋ฅ์ด ์๋ ํจ์์ต์ ์ ๋ฅผ ํฉ์ฑํ ์ ์์ ๊ฒ์ผ๋ก ๊ธฐ๋๋๋ค.๊ตญ๋ฌธ์ด๋ก โ
ฐ
๋ชฉ์ฐจ โ
ฒ
ํ๋ชฉ์ฐจ โ
ด
๊ทธ๋ฆผ๋ชฉ์ฐจ โ
ด
Scheme ๋ชฉ์ฐจ โ
ด
์ฝ์ด ๋ชฉ๋ก โ
ต
[Part โ
]
์ 1 ์ฅ ์๋ก 1
์ 2 ์ฅ ์คํ ๊ฒฐ๊ณผ 5
์ 1 ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋์์ธ 5
์ 2 ์ Chimeric ๋จ๋ฐฑ์ง์ Dark regeneration kinetics 7
์ 3 ์ Electrophoretic mobility shift assay 9
์ 4 ์ ํ๊ด(Fluorescence) Spectroscopy 11
์ 5 ์ Stopped-flow ๋ถ์ 13
์ 6 ์ Tetracycline์ ๋ํ ํํํด๋ฆฌ์์ 15
์ 7 ์ Circular dichroism 16
์ 3 ์ฅ ์คํ ๋ฐฉ๋ฒ 18
์ 1 ์ ํด๋ก๋ 18
์ 2 ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋ฐํ๊ณผ ์ ์ 18
์ 3 ์ EMSA(Electrophoretic mobility shift assay) 19
์ 4 ์ ํ๊ด(Fluorescence) ์ธก์ 21
์ 5 ์ ๋์ญํ์ ๋ถ์(Stopped-flow) 21
์ 6 ์ Circular dichroism 22
์ 4 ์ฅ ๊ฒฐ๋ก ๋ฐ ๊ณ ์ฐฐ 23
[Part โ
ก]
์ 1 ์ฅ ์๋ก 25
์ 2 ์ฅ ์คํ ๊ฒฐ๊ณผ 28
์ 1 ์ ํฉ์ฑ ๊ฒฐ๊ณผ 28
1-1. A ํ์
ํํฉ๋ฌผ 28
1-2. B ํ์
ํํฉ๋ฌผ 30
1-3. ์์จ ๋ฐ ์ ์ฑ ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ 32
์ 2 ์ ํญ์ ํ์ฑ ํ๊ฐ(MTT assay) 34
์ 3 ์ Western blot analysis 36
์ 4 ์ ๋ถ์ ๋ชจ๋ธ๋ง ์ฐ๊ตฌ 38
์ 3 ์ฅ ์คํ ๋ฐฉ๋ฒ 40
์ 1 ์ ์คํ์ฌ๋ฃ 40
์ 2 ์ ํฉ์ฑ 40
์ 3 ์ ํญ์ ํ์ฑ ํ๊ฐ(MTT assay) 42
์ 4 ์ Western blot analysis 42
์ 5 ์ ๋ถ์ ๋ชจ๋ธ๋ง ์ฐ๊ตฌ 43
์ 4 ์ฅ ๊ฒฐ๋ก ๋ฐ ๊ณ ์ฐฐ 44
์ฐธ๊ณ ๋ฌธํ 45
Appendix 54
Abstract 62Maste