Identification of the binding partners of p63, a p53 homolog

☞ 이 논문은 저자가 원문공개에 동의하지 않은 논문으로, 도서관 내에서만 열람이 가능하며, 인쇄 및 저장은 불가합니다.〔PARTⅠ〕 The role for p53 in maintaining the integrity of the genome has been well established, but the functions of two p53 homologues, p63 and p73, are unclear. Although p63 and p73 have structural similarity to p53 and have p53-like activities (binding canonical p53 sites and transactivating p53 target genes), the two homologues have been implicated in p53-independent pathways, such as cell proliferation, death and tumorigenesis. p63 is involved in limb, epithelial, and craniofacial development and stem cell biology. p63 has a role in the commitment to stratification and the maintenance of the proliferative potential of epithelial cells. p63 germline mutations in humans lead to inborn abnormalities, which are characterized by abnormal limb development or ectodermal dysplasia. Previous studies identified ΔNp63α as the primary p63 variant expressed in squamous epithelial tissues and ΔNp63α acts antagonistically toward p53 and TAp63 proteins. In this study, to identify proteins interacting with p63, I screened a human prostate yeast two-hybrid cDNA library using the core DNA binding domain of p63 as bait. 38 clones were selected as potential binding partners of p63 from 3.3×10^(6) clones and those include transcription factors, intracellular proteins, and signaling proteins. Since p63 is predominantly localized in the nucleus, the proteins interacting with p63 are expected to be localized in the nucleus. Based on this criteria, as well as the functions of the positives, the following positives are being tested for binding affinity to p63. The most interesting proteins among the positives were: NFYB, a transcription factor that binds with high specificity to CCAAT motifs in promoter regions and NF-Y transcription factors regulate the transcription of Hsp70 by interacting with ΔNp63α; EAF2, a transcription factor which shows the activity in growth inhibition and tumor suppression; RNF135 (ring finger protein 135), an intracellular protein containing a RING finger domain involved in ubiquitination; SNX6, containing a phox (PX) domain involved in intracellular trafficking; BCA3, which is overexpressed in tumor tissues of prostate and breast. By using an in vivo immunoprecipitation assay, I confirmed the interaction between BCA3 and ΔNp63α. This result shows that it is worth to examine whether BCA3 participates in the functions of ΔNp63α through contributing to the stability of ΔNp63α and enhancing the activity of ΔNp63α as a transcription factor.;〔PART Ⅱ〕 Lck has important roles in immunoreceptor signaling. Lck has tyrosine kinase activity but also functions as an adapter protein, facilitating the assembly of macromolecular complexes via interactions through its src homologous (SH)-2 and SH3 domains. Two adaptor proteins, namely LIME and LAD, have been identified as the binding proteins of the Lck SH2 domain. LIME was identified as a transmembrane adaptor protein (TRAP), associating with Lck in T cells. LIME serves as a positive regulator of T-cell activation and is involved in AICD. LAD is a cytosolic adaptor protein associating with Lck. It is phosphorylated upon TCR stimulation and is involved in TCR-mediated IL-2 production. Although, LIME and LAD were originally identified in T cells, recent reports suggest that these proteins are also expressed in other types of cells. Therefore, defining the tissue specific expression of these proteins is important to understanding the additional functions of these proteins. To identify the tissue specific expression of LIME and LAD, I generated transgenic vectors containing a LacZ reporter inserted into the BAC clones of LAD and LIME genes, so that the reporter expression was controlled by the LIME or LAD promoters. For this I used bacterial ET recombination for the targeted modification of LIME/LAD BAC promoter clones in an E. coli BAC host strain DH10B and IRES-tau-LacZ-km/Neo^(r) reporter was knocked into the BAC clones of Lad and LIME genes by homologous recombination. Finally, the expression of these reporter constructs was confirmed by performing X-gal staining after transient transfection in Jurkat T cells.;유전체 보전의 유지 과정에 있어서 p53의 역할은 많이 연구되어왔으나, p53 동족체들인 p63과 p73의 정확한 기능은 잘 알려진 바가 없다. 비록 p63과 p73이 p53과 구조적으로 유사하고 p53과 같은 활성을 갖고있으나 (canonical p53 위치들에 결합하고 p53 target 유전자들의 전사 활성화시킴), 이 두 homologues는 세포 증식, 사멸 그리고 tumorigenesis와 같은, p53과는 독립적인 경로들에도 관여하고있다. 특히, p63은 limb, 상피조직, 그리고 craniofacial의 발달과정과 줄기세포의 조절에 있어서 epithelial cells의 증식 potential의 유지에도 중요한 역할들을 한다. 또한 p63의 germline 돌연변이들을 보유하는 사람들은 이상한 limb 발달 이상 또는 ectodermal dysplasia로 특징 지워진다. 이전의 연구들에서 squamous epithelial 조직에서 primary p63 variant로서 ΔNp63α를 확인하였고 ΔNp63α이 p53과 TAp63 단백질들에 대해 대립적으로 작용함을 밝힌바 있으나 구체적인 분자수준에서의 조절 기작은 불분명하다. 나는 이 연구에서 p63과 결합하는 새로운 단백질들을 찾기 위해 사람의 전립선 cDNA library를 yeast two-hybrid 방법을 수행하였다. p63의 DNA binding domain을 bait로 사용하여, 3.3×10^(6) 개의 clone들에서 결합 단백질들을 38개 찾았고 이것들은 전사인자들과 세포내부의 단백질들과 신호전달 단백질들을 포함한다. p63은 절대적으로 핵 내부에 있으므로 p63과 결합하는 단백질들은 핵 내부에 위치할 것으로 예상되어진다. 이러한 위치적 기준에 기초하여, positive들의 기능들도 함께 고려하여, 다음의 positive들의 p63에 대한 결합 친화력에 대한 시험을 해 볼 것이다. positive들 중에서 가장 의미 있는 단백질들: NFYB, 전사인자로서 promoter 부위에 있는 CCAAT motif들에 가장 특이적으로 결합하고 NF-Y 전사인자들은 ΔNp63α와 결합하여 Hsp70의 전사를 조절함; EAF2, 전사인자로서 증식 억제와 암 억제의 활성을 보여줌; RNF135 (ring finger protein 135), ubiquitination에 관여하는 RING finger domain을 갖고 있는 세포 내부 단백질; SNX6, intracellular trafficking에 관여하는 phox (PX) domain을 갖는 단백질; BCA3, 유방과 전립선 암 조직에서 과발현 되어있다. 특히 BCA3는 유방암과 전립선암과 같은 상피세포암에서 발현이 유도되어있는 단백질이므로 ΔNp63α 기능과의 관련성을 연구하였다. 즉, 나는 세포내에서 면역침강법을 사용하여, BCA3이 ΔNp63α과 결합한다는 것을 확인하였다. BCA3와 ΔNp63α이 전립선 암과 유방암에서의 과발현 된다는 관점에서, BCA3가 ΔNp63α의 안전성을 돕고 전사인자로서의 활성을 증진시킴으로써, ΔNp63α의 oncogenic한 기능에 관여하는지를 앞으로 시험해보는 일은 중요한 의미를 지닐 것이다.목차 PARTⅠ. Identification of the binding partners of p63, a p53 homolog = 8 Ⅰ. INTRODUTION = 11 Ⅱ. MATERIALS AND METHODS = 19 1. Plasmids and Antibodies = 19 2. Bait expression in yeast = 19 3. Yeast Two-hybrid Screening = 20 4. Transfection = 21 5. Immunoprecipitation = 21 Ⅲ. RESULTS = 22 1. Construction and expression of bait = 22 2. Yeast Two-hybrid screening for binding proteins = 24 3. Identification of AKIP1b (BAC3 isoform 2) with ΔNp63α in mammalian cell line = 28 Ⅳ. DISCUSSION = 30 PARTⅡ: Construction of the BAC transgenic vectors expressing a reporter gene under the control of promoter regions of LAD and LIME = 34 Ⅰ. INTRODUCTION = 37 Ⅱ. MATERIALS AND METHODS = 41 1. Bacterial strains = 41 2. Media = 41 3. Preparation of LIME and LAD probes = 41 4. Screening of the BAC plasmids containing LAD and LIME gene = 42 5. Construction and purification of PCR product of IRES-LacZ-Km/Neo reporter cassette = 43 6. Preparation of electrocompetent cells and Homologous recombination = 43 7. Transient in vivo expression assays = 44 Ⅲ. RESULTS = 47 1. Screening of the LAD and LIME BAC (bacterial artificial chromosome) clones. = 47 2. Cloning IRES-LacZ-Km/Neo reporter constructs into the LAD and LIME BAC promoter clones using GET recombination = 47 3. Confirming of expression LAD and LIME promoter - LacZ by β-galactosidase assay = 48 Ⅳ. DISCUSSION = 53 Ⅴ. Reference = 54 국문 초록 = 6

Geoffrey Chaucer의 The Pardoner`s prologue and tale 연구

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :영어영문학과 영문학전공,1996.Maste

부천 아트밸리를 중심으로

학위논문(석사)--서울대학교 대학원 :사범대학 협동과정 음악교육전공,2020. 2. 이민정민경훈.부천 아트밸리는 학교라는 공간의 한계를 뛰어넘어 지역사회와 연계한, 감성과 지성이 조화로운 학생 성장을 돕는 예술교육 프로그램이다. 부천의 문화예술 인프라를 활용한 예술교육 및 체험의 기회를 제공하고 있으며 발표회 참여를 통해 성취감 및 문화시민으로서의 역량을 함양한다. 이에 본 연구는 학교음악교육으로서 밴드음악의 수용 필요성과 부천 아트밸리 교육의 현황을 살펴보고 학교 현장에서 실질적으로 활용할 수 있는 중학교 밴드음악 교육프로그램을 설계하여 아트밸리 교육내용의 체계적 확립과 내실화를 돕는 것을 목적으로 하였다. 구체적인 연구의 내용은 첫째, 다양한 명칭으로 사용되는 대중음악 밴드의 개념을 살펴보고 정리하였다. 학교음악교육으로서 밴드음악의 수용 필요성에 대해 고찰하였다. 청소년과 음악의 관계를 이해하고 국내외 현황 및 사례를 조사하여 시사점을 도출하였다. 둘째, 부천 아트밸리 교육 현황에 대해 조사하였다. 추진 배경 및 의의, 교육 내용을 살펴보고 한계와 시사점에 대해 고찰하여 프로그램 개발을 위한 토대를 마련하였다. 셋째, 앞 장의 사례와 현황 분석을 통해 도출한 시사점을 바탕으로 부천 아트밸리 중학교 밴드음악 프로그램을 개발하였다. 학교 실정에 맞는 연간 지도 계획을 설계하여 전반적인 운영 계획을 수립하였다. 음악교과서의 내용을 분석하고 이에 기반을 둔 악곡 지도 방안을 제시하였다. 밴드음악의 성격에 부합하는 공연 실습 형태의 다양한 프로그램을 제안하였다. 학교 행사, 대회 및 발표회 등 학교 내외의 공연 기회와 지역 축제 참가 등 지역사회와 연계한 공연 기회를 고루 포함하였다. 또한, 공연 체험학습과 예술가 방문학습 등 전문가 활용 형태의 프로그램을 설계하여 학교 내외의 예술교육 기회를 충분히 활용하고 나아가 부천의 풍부한 문화예술 인프라를 활용하여 폭넓은 음악 경험과 미적 체험을 하도록 하였다. 밴드음악 교육을 통해 학생들은 밴드음악에 대해 종합적으로 이해하며 공연을 감상하고, 창의적인 표현으로 합주하며 나아가 즉흥연주 등의 창작활동을 할 수 있다. 이러한 활동은 악기 연주 역량을 기를 뿐 아니라 실제 공연을 만들고 지역 문화행사에 참여하는 등 음악을 통해 타인과 소통하고 삶 속에서 음악을 즐기는 태도를 갖게 한다.Bucheon Art Valley is an art education program beyond the limits of the space of a school and helps students grow in harmony with their sensibilities and intelligence in connection with the community. It provides opportunities for art education and experience using Bucheon's cultural and artistic infrastructure and cultivates achievement and cultural citizenship through participation in the concert. Therefore, this study aims to examine the need for accepting band music as a school music education and the current status of Bucheon Art Valley education to develop a band music education program in middle school that can be used practically to establish systemic education content and substantiality of Art Valley. The specific content of the study is, first, to examine and organize the concepts of pop music bands use in various names. The study considered the need for accepting band music as a school music education. The implications were derived by understanding the relationship between adolescent and music and investigating the current status and cases at home and abroad. Second, the current status of education of Bucheon Art Valley was researched. To prepare the ground for the program development by examining the background, purpose, and operation and considering the limitations and implications. Third, based on the implications derived through the case and status analysis in the previous chapter, the Bucheon Art Valley middle school band music program was developed. For this, there is need for establishment of an overall operational plan by designing an annual education plan for state of school. The study analyzed the contents of music textbooks and suggested a method to teach music based on them. A variety of programs were proposed in the form of performance practice that coincides with the nature of band music. It included opportunities to perform both inside and outside the school and participate in local festivals such as school events, competitions and presentations, which are lated to community. In addition, the study developed programs in the form of using experts, such as performance experience learning and visit learning of artists, to fully utilize opportunities for arts education in and out of school and further utilize Bucheon's abundant cultural and artistic infrastructure to provide a wide range of musical and aesthetic experiences. Through band music education, students can have comprehensive understanding of band music, collaborate with creative expressions, and even participate in creative activities such as improvisation. These activities not only enhance the ability to play musical instruments, but also enables an attitude of communicating with others and enjoying music in life through music, such as making actual performances and participating in local cultural events.Ⅰ. 서론 1 1. 연구의 필요성 및 목적 1 2. 연구의 내용 및 방법 3 3. 연구의 범위 및 제한점 4 4. 선행 연구 고찰 5 Ⅱ. 이론적 배경 9 1. 밴드음악의 개념 9 2. 학교음악교육으로서 밴드음악의 수용 필요성 10 3. 부천 아트밸리 교육의 추진배경 및 의의 14 Ⅲ. 부천 아트밸리 교육 내용 및 시사점 19 1. 부천 아트밸리 교육 내용 19 2. 부천 아트밸리 교육이 주는 시사점 24 Ⅳ. 중학교 밴드음악 교육 프로그램 개발 26 1. 밴드음악 교육 프로그램의 수업설계 26 2. 교육과정 활용 형태 31 3. 공연 실습 형태 44 4. 전문가 활용 형태 55 Ⅴ. 결론 및 제언 62 참고문헌 65 Abstract 69 부록 72Maste

포물선 분리 질의와 그를 응용한 돌 던지기

학위논문(석사) - 한국과학기술원 : 전산학전공, 2007.2, [ iv, 22 p. ]Given two sets A and B of m non-crossing line segments in the plane, we show how to compute in O(mlog m) time a data structure that uses O(m) storage and supports the following query in O(log m) time: Given a parabola $γ : y = ax^{2} + bx + c$, does γ separate A and B? This structure can be used to build a data structure that stores a simple polygon and allows ray-shooting queries along parabolic trajectories with vertical main axis. For a polygon of complexity~n, we can answer such "stone-throwing" queries in $O(log^{2} n)$ time, using O(nlog n) storage and $O(nlog^{2} n)$ preprocessing time. This matches the best known bound for circular ray shooting in simple polygons.한국과학기술원 : 전산학전공

Computing k-center over streaming data for small k

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