Docking poses of compounds 9a-d in the HDAC6 catalytic domain.

<p>Inhibitors are colored in cyan. The zinc ion is shown as a brown ball. Hydrogen bonds between HDAC6 and inhibitors are shown as blue lines and distances are given in Å. On the right side the molecular surface is displayed and contoured according to the hydrophobic potential (magenta = hydrophilic, green = hydrophobic).</p

Compounds 9a-9d inhibit HDAC6 over HDAC1.

<p>Dose response curves of <b>9a-9d</b> comparative inhibition of HDAC6 vs. HDAC1 activity using purified enzymes for in vitro assays measuring deacetylation of histone substrates. Assays were performed in parallel for both enzymes.</p

Induction of GPF and inhibitory activity against partially purified HDAC1.

<p>NS = not soluble,—negative, *The mean values of at least two independent experiments in which duplicate determinations were taken.</p

Differential response of cancers to 9c and 9d.

<p><b>A</b>, GI50 values across the NCI-60 cell line panel in response to <b>9c</b>. <b>B</b>, GI50 values across the NCI-60 cell line panel in response to <b>9d.</b></p

Docking results for compounds 8a-8d in HDAC1.

<p>Due to the meta-substitution of the sulfonamide linker the terminal group of the inhibitors is not able to favorably interact with the rim of the pocket. The molecular surface is displayed and contoured according to the hydrophobic potential (magenta = hydrophilic, green = hydrophobic).</p

A, B: <i>9b and 9c strongly alter cell cycle distribution of cancer cells</i>.

<p>HCC4017 lung cancer cells show defects in S-phase progression and accumulation in G2/M after treatment with <b>9b</b> (in A) or <b>9c</b> (in B), as indicated. Cell cycle histograms were collected on PI stained samples of floating and adherent cells, on a FACs Calibur.</p

一株来自云南腾冲热泉的氨氧化古菌的富集培养[C]

氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)在生态系统的物质和能量循环中占据了重要地位.纯系AOA菌株的分离培养一直都是难点,到目前为止AOA的富集培养物屈指可数,所以突破这个难点对于研究AOA的生理代谢机制至关重要.本实验根据腾冲热泉的水化学参数特征设计出适合腾冲样点的氨氧化古菌的富集培养基,并采用梯度稀释和添加抗生素的方法获得了可持续传代培养的氨氧化古菌富集培养物,编号为YIM 77749.并对YIM 77749的的形态特征进行了分析

云南喀斯特洞穴环境中的可培养放线菌多样性研究[C]

本研究从云南九乡峡谷公园溶洞、阿庐古洞、建水燕子洞采集滴水、河底沉积物、石花和岩壁土壤样品共19份，选用13种培养基以探索该洞穴环境中的可培养放线菌多样性。从中共分离得到放线菌713株，挑选其中的144株作为代表性菌株，利用16S rRNA基因序列的系统发育分析研究了该地区放线菌的种群多样性。结果显示，这些放线菌分布于8个亚目、17个科、32个属其中包括9个潜在新分类单元。本结果表明，洞穴环境中蕴藏着十分丰富的放线菌资源，具有巨大的潜在开发利用价值

云南盐矿和新疆盐湖拟诺卡菌株生物地理分布及遗传进化初探[C]

本研究通过新疆盐湖和云南拟诺卡氏属菌株遗传进化差异来阐述拟诺卡属菌株地理分布的特征。利用DNA-DNA序列相似性和16S rRNA基因序列相似性相关性来进一步确定拟诺卡氏属菌株之间的亲缘关系，并通过gyrB、rpoB、sodA三个看家基因的串联分析研究拟诺卡氏属菌株7个类群在不同盐环境的地理区域分布特征。结果，发现只有3个OTUs在gyrB基因分析中有较弱的地域分布特征，3个OTUs在rpoB基因中有较为明显的地域分布特征，4个OTUs在sod A基因中有较为明显的地域分布特征。而在三个基因串联分析中7OTUs都有较为明显的地域分布特征。因此推测三个基因受到的环境选择压有差异，所以拟诺卡氏属菌株在三个基因的遗传进化上形成的地理分布也有很大差异

基于原核生物基因组及系统发育分析发现莽草酸通路的起源过程可能蕴藏趋同和趋异两种进化模式[C]

尽管莽草酸通路在生物合成和代谢研究方面一直受到广泛关注,但目前关于该通路的起源和分子进化的研究鲜有报道。为了揭示莽草酸通路相关蛋白的早期进化关系,本研究以隐马尔科夫(Hidden Markov Model)模型为基础结合新的生物信息学方法,对莽草酸通路在1294个原核生物基因组中的分布和系统发育关系进行了分析,结果发现该通路在原核生物的共同祖先(Last Universal Common Ancestor,LUCA)还未产生细菌和古菌的分歧之前已经广泛存在,且起源过程吻合之前关于代谢通路起源的拼凑假说(patchwork hypothesis)。同时发现相关的七个反应催化酶在构成莽草酸通路时可能存在两种截然不同的方式：控制此通路第一步和最后两步的酶是从进化上差异较大原始酶类招募而来，经过长时问的趋同进化形成了控制相同反应的不同基因型；相反控制中间四步反应的酶分别来自两个原始蛋白，经过基因复制以及长时间的趋异进化形成了目前的酶。另外还发现控制中间四步反应的酶可能比控制头部和尾部的酶更早的出现在共同祖先中，为了获得生理功能和进化上的优势，祖先细胞的不同个体从多个有相似功能但具有不同发育关系的蛋白家族中招募控制头尾部的酶类，以加速形成完整的莽草酸通路以适应环境。这些发现使得对莽草酸通路的早期进化有了新的认识，同时也丰富了关于代谢通路起源的拼凑假说的理解