Prostat kanserinin ilac2 ve srd5a2 genlerindeki polimorfizmler ile ilişkisinin araştırılması

TEZ7662Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2009.Kaynakça (s.136-145) var.xix, 161 s. : rnk.res. ; 29 cm.Prostate cancer can be determined as the alteration of the balance between cell proliferation and cell death in the prostate bladder which causes malign increase of the organ volume. The factors causing prostate cancer can be hormonal, diet, environmental and genetical. There are a number of genes causing prostate cancer. These are ELAC2, SRD5A2, HPC1, HPCX, AR, PSA etc. genes. ELAC2 gene composed of 24 exons is 25.1 kb and has been mapped to chromosome 17p11.2. Steroide 5?-reductase type II enzyme has a 28.398 kDa molecular weight. The responsible gene is called as SRD5A2 that is consisted of 5 exons and 4 introns. This gene has been mapped to chromosome 2p22-23 and has approximately 56.4 kb length. The aim of this study is to investigate relationship between Ser217Leu and...Prostat kanseri, prostat bezindeki hücre proliferasyonu ve hücre ölümü arasındaki dengenin bozulması ve organ hacminin malign büyümesi olarak tanımlanabilir. Prostat kanseri hastalığına neden olan faktörler; hormonal, diyet, çevresel ve genetik faktörler olarak sıralanabilir. Prostat kanserine neden olan pek çok gen vardır. Bunlar; ELAC2, SRD5A2, HPC1, HPCX, AR, PSA ve vb. genler sayılabilir. ELAC2 geni 24 ekzondan meydana gelip, 25.1 kb büyüklüğündedir ve 17p11.2'de haritalanmıştır. Steroid 5?-redüktaz Tip II enzimi, 28.398kDa moleküler ağırlıkta olan bir enzimdir. Sorumlu olan gen SRD5A2 olarak isimlendirilmekte olup, 5 ekzon ve 4 introndan meydana gelmektedir. Bu gen, 2p22-23'te haritalanmış ve gen büyüklüğü yaklaşık olarak 56.4 kb'dır. Bu çalışmanın amacı; prostat kanseri...Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje No:FEF2008D1

Koroner ateroskleroz etiyolojisi ile koroner bypas olan hastalarda metilen tetrahidrofolat redüktaz gen polimorfizmlerinin araştırılması

TEZ5733Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2005.Kaynakça (s. 53-58) var.xiii, 73 s. : res. ; 29 cm.Methylen tethrahydrofolate reductase (MTHFR) is an enzyme that catalyses the conversion of 5,10 methylen tethrahydrofolate to 5 methyl tethrahydofolate. MTHFR plays a role in the metabolism of folates which place in several biochemical pathways such as methylation of homocysteine and biosynthesis of nucleotides. MTHFR provides the balance between DNA synthesis and methylation reactions. Furthermore this enzyme also affects plasma homocysteine level which is a risk factor for cardiovascular diseases. MTHFR gene has been mapped to 1p36.3. cDNA of human MTHFR gene isolated partially in 1994 and sequence of the cDNA was approximately 2,2 kb and consisted of 11 exon....Metilen Tetrahidrofolat Redüktaz (MTHFR) enzimi; 5,10 Metilen Tetrahidrofolat'ın 5 Metil Tetrahidrofolat'a dön

The genotypes of thalassemia and genotypes frequencies of thalassemia in Hatay

Amaç: Dünyada çok yaygın olarak görülen ?-talasemi, hemoglobindeki ?-globin zincirinin eksikliği ya da azalması ile karakterize olan bir hastalıktır. ?-globin geni 16. kromozomun kısa kolu üzerinde (16p 13.3) bulunur ve dele syon ve tek nokta mutasyonu şeklinde (?3.7 , ?MED , ? COD8( - AA), ?2 IVS 1 -5nt, ?2 poly A1 mutasyonları) mutasyonlar içerir. Biz bu çalışmada Hatay bölgesindeki ?-talasemi gen mutasyonlarının frekansını belirlemeyi amaçladık. Yöntem : Bu amaçla, 2012 -2013 tarihleri arasında Mustafa Kemal Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Genetik AD’a gelen ?-talasemili 407 hasta tarandı. ?-globin geninin moleküler analizi multipleks PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) teme lli ?-globin Strip Assay yöntemi (Vienna Lab Diagno stics, Vienna, Austria) ile gerçekleştirildi. Bulgular: Buna göre, bölgemizdeki ?3.7 , ?MED , ? COD8(-AA), ?2 IVS 1 -5nt, ?2 poly A1mutasyonlarının frekansları sırası ile %29.48, %5.16, %0.25, %0.25, %0.25 şeklinde bulu nmuştur. Sonuç : Sonuç olarak, mutasyonların görülme sıklığı etnik kökenden ve coğrafik bölgelerden etkilenmektedir. Hatay bölgesi de kendine has bir etnik kökene sahiptir ve bu yüzden ?-talasemi gen mutasyonları frekansları da kend ine has bir özelliktedir.Objective : α-thalassemia, characterized by a decreased or lack of synthesis of α-globin chains of hemoglobin, is very common disease in the world. α-globin gene is located at the short arm of chromosome 16 (16p 13.3) and contains mutations including deletions and single point mutations (α3.7 , αMED , α COD8 (-AA), 1 -5nt IVS α2, α2 poly A1 mutations). In this study, we aimed to determine the frequency of α-thalassemia gene mutations in Hatay region. Method : To do so, study population who referred to Med i- cal Genetic Department of Mustafa Kemal University, M edical School for either detection of α-thalassemia gene mutations between 2012 -2013, 407 individuals with α- thalassemia gene mutations were includud to the study. Molecular screening of the α-globin gene was carried out by an α-globin strip assay (Vienna Lab Diagnostics, Vienna, Austria) which is based on multiplex PCR (Polymerase Chain Reaction) for specific amplification. Results : According to this, it has found that the frequencies of α3.7 , αMED , α COD8 ( -AA), 1 -5nt IVS α2, α2 poly A1 mutations are 29.48%, 5.16%, 0.25%, 0.25%, 0.25%, respectively. Conclusion : Consequently, the frequency of mutation affects ethnic backround and geographic locations. Hatay region also has a unique origin and so, the frequencies of α- thalassemia gene mutations has unique characteristic

PROSTAT KANSERİNİN SRD5A2 GENLERİNDEKİ POLİMORFİZMLER İLE İLİŞKİSİNİN ARAŞTIRILMASI

Prostat ka1nseri, prostat bezindeki hücre proliferasyonu ve hücre ölümü arasındaki dengenin bozularak, organ hacminin malign büyümesi olarak tanımlanabilir. Prostat kanseri hastalığına neden olan faktörler, hormonal, diyet, çevresel ve genetik faktörler olarak sıralanabilir. Prostat kanserine neden olan pek çok gen vardır. Bunlar ELAC2, SRD5A2, HPC1, HPCX, AR, PSAvb. genler sayılabilir. SRD5A2 geni, 5 ekzon ve 4 introndan meydana gelmektedir. Bu gen 2p22-23’te haritalanmış ve gen büyüklüğü yaklaşık olarak 56.4 kb'dır. Steroid 5a- redüktaz Tip II enzimi, 28.398kDa moleküler ağırlıkta olan bir enzimdir. Bu çalışmanın amacı prostat kanseri ile SRD5A2 geninin AIa49Thr ve Val89Leu polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Bu amaçla polimorfizmlerin bulunduğu bölgeler Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmıştır. Polimorfızmler uygun restriksiyon enzimleri kullanılarak Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile belirlenmiştir. Bu çalışmada; SRD5A2 geni Ala49Thr (p=0,001<0,05) polimorfizmi ile prostat kanseri arasındaki ilişki istatistik! olarak anlamlı bulunmuştur. Ancak, SRD5A2 geni Val89Leu (p=0,460<0,05) polimorfizmleri ile prostat kanseri arasındaki ilişki istatistik! olarak anlamlı bulunmamıştır

A Model for the Crystal Structure of the Human Methylenetetrahydrofolate Reductase Enzyme

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildiBackgrounds: The enzyme known as eukaryotic methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) and consists of 656 amino acids, has a homodimer structure. Each units of this enzyme consists of catalytic and regulator areas. For the catalytic activity of this enzyme, FAD must be connected with MTHFR by noncovalent bonds. The gene of human MTHFR enzyme is localized at chromosome 1p36.3. A C>T transition at nucleotide position 677 is located in the fourth exon of the MTHFR gene which results the conversion of alanine to valine at codon 222 of the protein. We aimed to form a model about the crystal structure of MTHFR because of there is no study about the crystal structure of the protein that put forth. In addition, we aimed to put forth the changes in the crystal structure of MTHFR by Ala222Val change as a result of MTHFR 677C>T polymorphism. Methods: To this end, we used MOE computer programme as molecular modeling techniques (version 013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Canada).Results: We saw that the bonds between MTHFR enzyme in human and FAD are over the amino acids Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 and His165 and the double bond between Tyr126 and His165 may be because of the compression feature.Conclusions: Consequently, a model has set forth about the crystal structure of MTHFR in human and because of the Ala222val changes affect the status of the FAD binding, to influence the enzyme activity was determine

İnsan Metilentetrahidrofolat Redüktaz Enziminin Kristal Yapısı İçin Bir Model

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildi

The studies about diseases concerning with contemplated MTHFR 677 C>T polymorphism

5,10-Methlenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is one of the most important enzymes for folic acid metabolism. This protein’s gene is mapped on chromosome 1, which is located at the end of the short arm (1p36.3). MTHFR enzyme plays a key role in cell metabolism including folic acid and nucleotide synthesis (DNA, RNA). Polymorphism is also a factor in biodiversity, and is different according to ethnic heritage and racial. The 677 C>T is also MTHFR polymorphisms that decrease MTHFR enzyme activity. The aim of this study is to compile studies are associated with MTHFR C677T polymorphism. PUBMED, Turk Biochemistry and Jornal of Clinical & Experimental Investigations were searched to develop an investigatory pursuit strategy. MTHFR, Turkish population, 677 C>T and polymorphisms were key words including “MTHFR”, “Türk popülasyonu: Turkish population”, “677 C>T” “polimorfizm: polymorphism” used to focus the search. The literature review included all published relevant Turkish population and MTHFR polymorphisms for that all of study. The data of selected polymorphism for Turkish population was listed in tables for easy access and retrieval

A model for the crystal structure of the human methylenetetrahydrofolate reductase enzyme

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildiBackgrounds: The enzyme known as eukaryotic methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) and consists of 656 amino acids, has a homodimer structure. Each units of this enzyme consists of catalytic and regulator areas. For the catalytic activity of this enzyme, FAD must be connected with MTHFR by noncovalent bonds. The gene of human MTHFR enzyme is localized at chromosome 1p36.3. A C&gt;T transition at nucleotide position 677 is located in the fourth exon of the MTHFR gene which results the conversion of alanine to valine at codon 222 of the protein. We aimed to form a model about the crystal structure of MTHFR because of there is no study about the crystal structure of the protein that put forth. In addition, we aimed to put forth the changes in the crystal structure of MTHFR by Ala222Val change as a result of MTHFR 677C&gt;T polymorphism. Methods: To this end, we used MOE computer programme as molecular modeling techniques (version 013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Canada).Results: We saw that the bonds between MTHFR enzyme in human and FAD are over the amino acids Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 and His165 and the double bond between Tyr126 and His165 may be because of the compression feature.Conclusions: Consequently, a model has set forth about the crystal structure of MTHFR in human and because of the Ala222val changes affect the status of the FAD binding, to influence the enzyme activity was determine

Desenvolvimento de programa computacional para deteção de erros de topologia à nível de subestação de um sistema elétrico de potêncial

5,10-Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR) folik asit metabolizması için en önemli enzimlerden biridir. Bu proteinin geni 1 numaralı kromozomun kısa kolunda (1p36.3) haritalanmıştır. MTHFR enzimi, folik asit, nükleotid sentezi (DNA, RNA) gibi pek çok reaksiyonu içeren hücre metabolizmasında, kilit rol oynar. Polimorfizmler etnik kö- kene ve ırklara göre farklılık gösteren ve biyoçeşitlilikte rol oynayan bir faktördür. MTHFR 677 C>T polimorfizmi enzim aktivitesini azaltan bir polimorfizmdir. Çalışmanın amacı, Türkiye’de MTHFR C677T polimorfizmi ile ilgili olan çalışmaları derlemektir. Bu nedenle, Türkiye’de yapılmış MTHFR 677 C>T polimorfizmi ile ilgili PUBMED, Türk Biyokimya ve Klinik & Deneysel Araştırmalar dergisinde yayınlanmış bütün çalışmalar derlenmiştir. Araştırma yapılırken “MTHFR”, “Türk popülasyonu: Turkish population”, “677 C>T” “polimorfizm: polymorphism” anahtar kelimeleri kullanılmıştır. Bu çalışmalar, belli başlı hastalık gruplarına göre sınıflandırılmış ve tablolar halinde okuyucunun değerlendirmesine sunulmuştur.5,10-Methlenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is one of the most important enzymes for folic acid metabolism. This protein’s gene is mapped on chromosome 1, which is located at the end of the short arm (1p36.3). MTHFR enzyme plays a key role in cell metabolism including folic acid and nucleotide synthesis (DNA, RNA). Polymorphism is also a factor in biodiversity, and is different according to ethnic heritage and racial. The 677 C>T is also MTHFR polymorphisms that decrease MTHFR enzyme activity. The aim of this study is to compile studies are associated with MTHFR C677T polymorphism. PUBMED, Turk Biochemistry and Jornal of Clinical &amp; Experimental Investigations were searched to develop an investigatory pursuit strategy. MTHFR, Turkish population, 677 C>T and polymorphisms were key words including “MTHFR”, “Türk popülasyonu: Turkish population”, “677 C>T” “polimorfizm: polymorphism” used to focus the search. The literature review included all published relevant Turkish population and MTHFR polymorphisms for that all of study. The data of selected polymorphism for Turkish population was listed in tables for easy access and retrieval

A Model for the Crystal Structure of the Human Methylenetetrahydrofolate Reductase Enzyme

Amaç: Ökaryotik metilentetrahidrofolat redüktaz enzimi (MTHFR) olarak bilinen ve total olarak 656 aminoasitten oluşan bu enzim homodimer yapıdadır. Her ünitesi katalitik ve düzenleyici bölgelerden oluşmaktadır. MTHFR enzminin katalitik olarak aktivite gösterebilmesi için flavin-adenin dinükleotid (FAD)'in MTHFR'ye nonkovalent olarak bağlanması gerekmektedir. İnsan MTHFR enziminin geni kromozom 1p36.3'te lokalizedir. Genin dördüncü ekzonunda yerleşmiş olan MTHFR 677 C>T polimorfizmi, proteinin 222. kodonundaki alaninin valine (Ala222Val) dönüşümüne neden olmaktadır. İnsan MTHFR proteini için, proteinin kristal yapısının ortaya koyulması ile ilgili bir çalışma olmaması nedeniyle, bu çalışma ile MTHFR proteininin kristal yapısı hakkında bir model oluşturmayı amaçladık. Ayrıca MTHFR677 C>T polimorfizmi neticesinde ortaya çıkan Ala222Val değişikliğinin insan MTHFR enziminin kristal yapısında oluşturduğu değişiklikleri ortaya koymayı hedefledik. Metod: Bu amaçla, moleküler modelleme teknikleri olarak MOE bilgisayar programı (versiyon 2013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Kanada) kullandık. Bulgular: İnsandaki MTHFR enzimi ile FAD arasındaki bağların Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 ve His165 aminoasitleri üzerinden olduğunu, Tyr126 ve His165 arasındaki çift bağın FAD'ı sıkıştırma özelliği olabileceğini gördük. Sonuç: Sonuç olarak, insan MTHFR enziminin kristal yapısı hakkında bir model ortaya koyuldu ve Ala222Val değişikliğinin FAD bağlanma durumunu etkilemesi yüzünden, enzim aktivitesine etki ettiği tespit edildiBackgrounds: The enzyme known as eukaryotic methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) and consists of 656 amino acids, has a homodimer structure. Each units of this enzyme consists of catalytic and regulator areas. For the catalytic activity of this enzyme, FAD must be connected with MTHFR by noncovalent bonds. The gene of human MTHFR enzyme is localized at chromosome 1p36.3. A C>T transition at nucleotide position 677 is located in the fourth exon of the MTHFR gene which results the conversion of alanine to valine at codon 222 of the protein. We aimed to form a model about the crystal structure of MTHFR because of there is no study about the crystal structure of the protein that put forth. In addition, we aimed to put forth the changes in the crystal structure of MTHFR by Ala222Val change as a result of MTHFR 677C>T polymorphism. Methods: To this end, we used MOE computer programme as molecular modeling techniques (version 013.0801, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Canada).Results: We saw that the bonds between MTHFR enzyme in human and FAD are over the amino acids Tyr50, Gly108, Asp109, Tyr149, Arg107, Ala127, Lys169 Tyr126, His153 and His165 and the double bond between Tyr126 and His165 may be because of the compression feature.Conclusions: Consequently, a model has set forth about the crystal structure of MTHFR in human and because of the Ala222val changes affect the status of the FAD binding, to influence the enzyme activity was determine