Significant increase in ZNF304 and decrease in CXCR4 gene expressions may alter anoikis in prostate cancer

Amaç: Prostat kanser hücre hattı (DU145) ve prostat normal epitel hücre hatları (RWPE) arasında anoikis mekanizmasını arttıracak veya inhibe edebilecek genlerin analizini yapmak ve kanser gelişiminde olası rolünü incelemek. Gereç ve Yöntem: İnsan prostat epitel hücre hattı (RWPE) ve prostat kanseri hücre hatları (DU-145) Amerikan Tip Kültür Koleksiyonu (ATCC)’den temin edildi. Hücre hatlarının çoğaltılmasında ve sürdürülmesinde RPMI 1640 (Biological Industries) besi ortamı kullanıldı. Transkriptom analizi için RNA izolasyonu yapılarak, kütüphane oluşturuldu, kütüphanenin kantitasyonunun ardından NextSeq500 (illumina) ile sekanslama yapıldı. Dizileme, haritalandırma, bağıl gen ifadeleri ölçümleri gibi biyoinformatik analizler Genomics Workbench v 8 (Qiagen) yazılımı kullanılarak GRCh38 referans sekansı ile yapılmıştır. Bulgular: RWPE Normal prostat epitel hücre kültürleri ile DU145 prostat kanser hücreleri karşılaştırıldığı zaman DU-145 prostat kanser hücre kültürlerinde, ZNF304, PYCARD ve Notch3 gen expresyonlarında anlamlı bir artış (p<0,05) görülürken, CXCR4, Pak3, SerpınB1 gen ekspresyonlarında anlamlı bir azalma (p<0,05) görülmüştür. Sonuç: DU145 prostat kanseri hücre hattında anoikis ile ilişkili önemli gen ekpresyonlarında artış ve azalma gözlemledik. Değişime bağlı olarak hücrelerin anoikisden kaçarak metastatik özellik kazanabileceğini düşündük.Aim: To analyze genes that may increase or inhibit the anoikis mechanism between prostate cancer cell line and prostate normal epithelial cell line and examine the possible role of cancer in cancer development. Materials and Methods: Human prostate epithelial cell line (RWPE) and prostate cancer cell line (DU145) were acquired from ATCC. Both cell lines were maintanied in RPMI 1640 (Biological Industries) medium. Total RNA were isolated and fragmented. Adapters were ligated to prepare RNA library for whole trasncriptome experiments. Statistics and bioinformatics analysis including mapping, clustering, sequencing were done by using Genomics Workbench v 8. (Qiagen) software. Results: As we compared the normal prostate ephitalial cells (RWPE) and prosatate cancer cells (DU 145); ZNF304,PYCARD ve NOTCH3 were significantly (p<0.05) up-regulated in DU145 cells, on the other hand, CXCR4, PAK3, SERPINB1 genes were significantly down-regulated. Conclusion: We found that there are significant differential gene expressions in DU-145 cells which may lead to metastatic state via evasion of anoikis process

Potentiation of cytotoxicity by combination of imatinib and chlorimipramine in glioma.

Rat C6 glioma is a chemo-resistant experimental brain tumor that is difficult to treat with various drug combinations. Previous studies suggested that imatinib mesylate (Gleevec) is effective in pre-clinical trials for glioblastoma. Also, chlorimipramine (Anafranil) is an anti-depressant drug in use in the clinic and shown to have anti-neoplastic activity. We hypothesized that treatment of resistant C6 glioma with combination of imatinib and chlorimipramine may potentiate cytotoxicity and reverse resistance. C6 glioma was examined both as monolayer and as spheroid cultures. Several experimental designs were examined all of which showed synergistic activity albeit at different time kinetics. Combination treatment resulted in inhibition of cell growth and enhanced cell death as determined by dye exclusion. Further, the combination treatment resulted in significant induction of apoptosis as determined by Annexin V-FITC and PI. Also, there was inhibition of DNA synthesis and cAMP. Altogether, these findings supported the antiproliferative and cytotoxic effects of the combination treatment. Morphological studies were also performed using transmission and scanning electron microscopy. Significant synergistic apoptosis was detected by the combination treatment in both the monolayers and spheroid cultures. There was also a synergistic effect in autophagy by the combination. Several altered morphological features were noted by both the individual compound and enhanced by the combination treatment. The present findings support our hypothesis and demonstrate the potentiation of cytotoxicity by the com-bination of imatinib and chlorimipramine in C6 glioma. Further, the findings suggest the potential clinical application of the combination in the treatment of drug-resistant glioma

Effect of zoledronic acid treatment on cell adhesion molecules in prostate cancer stem cells

Prostat kanserinin tanı ve tedavisine yönelik birçok alanda ilerleme sağlanabilmesine rağmen hastalık bazı vakalar için ölümcül olma niteliğini sürdürmektedir. Hastaların ölümden kurtulması için atılan her adım hedefe yaklaşılmasına yardım etse de halen sonuca ulaşmak için araştırılması gereken pek çok konu bulunmaktadır. Kök hücrenin keşfi ile bu hücrelerin insan sağlığı için önemi anlaşılmış ve tedavide nasıl kullanılacağının belirlenmesine yönelik çalışmalar büyük hız kazanmıştır. İlerleyen yıllarda Kanser Kök Hücresi kavramı ortaya çıkmış ve bu hücrelerin, kök hücre özelliklerini taşıyan ancak tümör dokusu içinde metastazı yapan, tedavi sonrası nükse yol açabilen veya tedaviye direnç̧ geliştiren hücreler oldukları belirlenmiştir. Köklülük özelliğine sahip bu hücreler dışında kalan hücre gurubu kanser kök hücresi olmayan hücre gurubudur ve konvansiyonel kanser tedavisine cevap veren kanser hücrelerdir. Kanserin metastaz yapması ve çevre dokuya invazyonunda adezyon moleküllerinin önemi büyüktür. Yapılan çalışmalar özellikle çoklu ilaç direnci ve epitelial mezenşimal geçişte adezyon moleküllerinin büyük önem kazandığını göstermiştir. Bu çalışmanın amacı prostat kanseri kök hücreleri üzerine zoledronik asit uygulaması sonrası, metastaz geliştirme sürecinde önemli rolü olan adezyon molekülleri üzerine etkisinin incelenmesidir. Bu amaçla DU145 insan prostat kanseri hücre hattından akım sitometri cihazı ile CD133/CD44 yüzey belirteçleri kullanılarak izole edilen kanser kök hücreleri üzerine zoledronik asit tedavisi uygulanmıştır. Kanser kök hücresinde oluşan değişiklikler adezyon molekülleri yönü ile araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlar zoledronik asit tedavisi sonrası kanser kök hücresi sayısında önemli bir düşüş olduğunu ve bu uygulamanın CD44, ITGB1, CD29, LAMB1, LAMB3, LAMC1, SPP1, TGFB1, TGFB1, TIMP2, ADAMTS1, ITGB5’de önemli değişimlere yol açtığını göstermiştir. Bu çalışmada in-vitro ortamda zoledronik asit uygulamasının kanser kök hücresi adezyon molekülleri üzerine baskılayıcı etki oluşturduğu ve ilerleyen çalışmalarda bu ilacın klinik kullanımda prostat kanseri tedavisinde uygulanabilme olasılığının olduğunu göstermiştir.Although the diagnosis and treatment of prostate cancer has made a progress, the disease remains fatal for some cases. Every step taken to save patients from death helps to approach the goal but there are still many issues that need to be investigated to reach a result. With the discovery of stem cells, the importance of these cells for human health has been understood and studies on how to use them in treatment have gained great momentum. In the following years, the concept of Cancer Stem Cell has emerged. It has been shown that these cells have stem cell characteristics but metastasize within the tumor tissue. They can cause recurrence after treatment or develop resistance to treatment. The other group of cells with rootedness is the non-cancer stem cell group and are cancer cells that respond to conventional cancer treatment. Adhesion molecules are of great importance in the cancer metastasis and invasion into the surrounding tissue. Studies have shown that adhesion molecules has great importance spesifically in multi-drug resistance and epithelial-mesenchymal transition. The aim of this study is to examine the effect of zoledronic acid application on prostate cancer stem cells on adhesion molecules, which have an important role in the metastasis development process. For this purpose, zoledronic acid treatment was applied to cancer stem cells isolated from DU145 human prostate cancer cell line using a flow cytometry device and CD133/CD44 surface markers. Changes in cancer stem cells have been investigated in terms of adhesion molecules. The results showed that there was a significant decrease in the number of cancer stem cells after zoledronic acid treatment and this application led to significant changes in CD44, ITGB1, CD29, LAMB1, LAMB3, LAMC1, SPP1, TGFB1, TGFB1, TIMP2, ADAMTS1, ITGB5. In this study, it has been shown that zoledronic acid administration in-vitro has a suppressive effect on cancer stem cell adhesion molecules and that this drug may be used in the treatment of prostate cancer in clinical use in further studies

MCF-7 insan meme kanseri hücre hattında doksorubisin ve dositakselin sitotoksisitesi ve indüklenebilir nitrik oksit sentaz ekspresyonu üzerine etkileri

Bu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.[Abstarct Not Available

MDAH-2774 insan over kanseri üç boyutlu hücre kültüründe farklı ilaç etkilerinin nitrik oksit sentaz değişiklikleri ile incelenmesi

Objectives: The purpose of our study is to examine the effects of the various medicines at the three dimensional MDAH-2774 human ovary cancer culture with cell proliferation and nitric oxide synthase changing. Methods: Using of medicines at the two dimensional cultures jointly or severally was examined by immunohystochemical method in terms of cell increasing at the 24th, 48th, 72nd and 96th hours and in terms of activities of excitable (inducible) nitric oxide synthase and endothelial nitric oxide synthase at the tree dimensional cultures. Results: Using of these medicines in Paracetamol, gemsitabine and Gemsitabine + Paracetamol and Gemsitabine + Resveratrol combination groups, reduced the number of the cells at all hours according to the control (p;lt;0,05). When performed immunohystochemical analyses were individually compared with the cells of MDAH-2774 or medicine combination, it indicated that caused increasing at inducible nitric oxide synthase and endothelial nitric oxide synthase immunoreactivity. Immunoreactivity increased markedly at the 96th hour in comparison with the 24th hour. Conclusion: Using of the medicines one by one or in combination, reduced the cell proliferation at all hour time zones and increased inducible nitric oxide synthase and endothelial nitric oxide synthase activity.Amaç: MDAH-2774 insan over kanseri iki ve üç boyutlu hücre kültüründe farklı ilaç etkilerinin hücre proliferasyonu ve nitrik oksit sentaz değişiklikleri ile incelenmesidir. Yöntem: İki boyutlu kültürlerde ilaçların ayrı ayrı ve birlikte kullanımları 24, 48, 72 ve 96. saatlerde hücre çoğalması açısından, Üç boyutlu kültürlerde 24 ve 96. saatlerde uyarılabilir (indüklenebilir) nitrik oksit sentaz ve endotelial nitrik oksit sentaz aktivitesi açısından immünohistokimyasal yöntemle incelendi. Bulgular: Parasetamol, Gemsitabine ve Gemsitabine + Parasetamol ve Gemsitabine + Resveratrol kombinasyon gruplarında bu ilaçların kullanılması kontrole göre tüm saatlerde hücre sayısını anlamlı bir şekilde azalttı (p 0,05). Yapılan immunohistokimyasal analizler Gemsitabine’in MDAH-2774 hücreleri ile tek başına veya ilaç kombinasyonu ile karşılaştırıldığında nitrik oksit sentaz ve endotelial nitrik oksit sentaz immunoreaktivitesinde artışa neden olduğunu göstermiştir. İmmunoreaktivite 96 saatte, 24 saate göre belirgin olarak artmıştır. Sonuç: İlaçların tek tek ve kombinasyon halinde kullanımı tüm saat dilimlerinde hücre proliferasyonunu azaltmış, nitrik oksit sentaz ve endotelial nitrik oksit sentaz aktivitesini artırmıştır

Meme Kanseri Kök Hücrelerinde Flavopiridolün Hücre Döngüsü, Apoptozis ve Biyomolekül Yapı Değişimleri Üzerine Etkisi

Objective: Cancer stem cells (CSCs) are a small population in cancer, which are responsible for therapeutic resistance, relapse and metastasis. Flavopiridol has antitumor activity against various types of cancer cells. the mechanism of action of flavopiridol on CD44+/ CD24- breast CSCs has not yet been fully elucidated. the aim of this study was to evaluate the mechanism of action of flavopiridol on breast CSCs (BCSC) in terms of apoptosis, cell cycle and biomolecular changes. Methods: in human breast cancer, cells with CD44+/CD24? markers were isolated from MCF-7 cell line using flow cytometry. the induction of apoptosis was investigated by Annexin-V. the effect of flavopiridol on cell cycle arrest was determined and the percent of cell populations at G0/G1, S and G2/M cycles were identified. the effect of the drug on three-dimensional cell cultures was investigated using a multicellular tumor spheroid model. in addition, the effect of flavopiridol on biomolecules has been evaluated using Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, which has recently been used effectively in various scientific fields. Results: Flavopiridol especially induced early apoptosis. Cell cycle analyses revealed that flavopiridol induced cell cycle arrest in G0/G1 phase. Decreased number and diameter of spheroids was observed following flavopiridol treatment. ATR-FTIR data showed that treatment with flavopiridol led to significant changes in nucleic acids. Conclusion: According to the data obtained in this study, flavopiridol exhibits anticancer effects by altering the structure/ expression level of nucleic acids and changing cell cycle progression and inducing apoptosis. These finding reveals that flavopiridol can be an effective antitumor agent for the treatment of breast cancer after in vivo and phase studies are completed.Amaç: Kanser kök hücreleri (KKH) terapötik direnç, relaps ve metastazdan sorumlu olan oldukça küçük bir hücre popülasyondan oluşmaktadır. Flavopiridol (Alvocidib), çeşitli KKH’lerine karşı anti-tümör aktiviteye sahiptir. Flavopiridolün CD44+/CD24- meme KKH (MKKH) üzerindeki etki mekanizması henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada, apoptozis, hücre döngüsü ve biyomoleküler değişiklikler dahil olmak üzere flavopiridolün MKKH üzerindeki etki mekanizmasının çeşitli şekillerde değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: MCF-7 KKH hattı içerisindeki CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliklerine sahip MKKH, akış sitometrisi kullanılarak izole edilmiştir. Apoptozis indüksiyonu Annexin-V yöntemi ile incelenmiştir. Flavopiridolün hücre döngüsü tutulumu üzerine etkisi Muse Cell Analyzer ile belirlenmiş ve G0/G1, S ve G2/M döngüsündeki hücre populasyonları yüzde olarak ifade edilmiştir. İlacın üç boyutlu hücre kültürlerindeki etkisi multiselüler tümör sferoid modeli kullanılarak incelenmiştir. Buna ek olarak, flavopiridolün biyomoleküller üzerindeki etkisi, son zamanlarda çeşitli alanlarda oldukça etkin bir şekilde kullanılan Fourier dönüşüm kızılötesi (FTIR) spektroskopisi kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Flavopiridol spesifik olarak erken apoptozu indüklemiştir. Hücre döngü analizleri, flavopiridolün G0/G1 arrestine yol açtığını ortaya koymuştur. Flavopiridol uygulamasından sonra sferoid sayısı ve çapında azalma tespit edilmiştir. ATR-FTIR verileri, flavopiridol uygulamasının hücre içindeki nükleik asitlerde önemli değişimlere yol açtığını göstermiştir. Sonuç: Elde edilen bulgular, flavopiridolün nükleik asitlerin yapısını/expresyon seviyesini ve hücre döngüsünü değiştirdiğini ve apoptozu indükleyerek anti-kanser etkiler sergilediğini göstermektedir. Bu veriler, in vivo ve faz çalışmaları tamamlandıktan sonra flavopiridolün meme kanser tedavisi için etkili bir terapötik molekül olabileceğini ortaya koymaktadır

Determination of Cellular Differences of Cd133+/Cd44+ Prostate Cancer Stem Cells in Two-Dimensional and Three-Dimensional Media By Fourier Transformation Infrared Spectroscopy

Amaç: Sferoid kültürleri, hücrelerin kendi iç dinamikleri ve diğer hücrelerle olan etkileşimleri açısından tek tabakalı kültürlere kıyasla tümör dokusunun özelliklerini daha iyi yansıtmaktadır. Bu çalışmanın amacı, üç boyutlu (3D) ve iki boyutlu (2D) kültür ortamlarında üretilen CD133+/CD44+ prostat kanser kök hücrelerinin (KKH) makromoleküllerindeki benzerlik ve farklılıklarının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: DU-145 prostat kanser hücre hattı içerisindeki CD133+/CD44+ yüzey belirteç özelliklerine sahip KKH’leri akış sitometrisi (FACS) kullanılarak izole edilmiştir. Agarla kaplı kültür kapları ile sferoid yapıları oluşturulmuştur. 2D ve 3D kültür ortamlarındaki KHK hücreleri Fourier dönüşümü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: CD133+/CD44+ hücrelerin birinci haftada agarlı kültür ortamlarında mikro-agregatlar oluşturduğu gözlenmiştir. İkinci haftada ise, olgun sferoid yapıların oluştuğu saptanmıştır. 2D ve 3D (multisellüler tümör sferoidleri) kültür ortamlarında üretilen hücreler ile yapılan FTIR analizleri KHK hücre yapısındaki proteinler, lipitler, karbonhidratlar ve nükleik asitlerde (DNA, RNA) önemli derecede farklanmalar olduğunu göstermiştir. Membran lipit açil zincir uzunluğu ve hücre zarı kalınlığı, proteinlerin sekonder yapıları ve DNA oligonükleotitlerin baz sekanslarında veya fonksiyonel gruplarında önemli farklanmaların olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, 3D kültür ortamında üretilen sfreoid yapılarının in vivo tümör dokusu ile benzer özellikler sergilediğini göstermiştir. Sonuç: Hücre ortam koşulları ile yaratılmış olan fiziksel, kimyasal ve biyolojik özellikler hücrelerin kendi iç dinamiğini ve mikroçevresi içerisindeki etkileşimlerini önemli derecede etkilemektedir. 2D kültür ortamları ile hücreleri tek boyutta indirgemek hücrelerin gerçek özelliklerini yansıtmamaktadır. Bu nedenle, 3D kültür ortamları ile hücre dinamiklerinin incelenmesi gerekmektedir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, kanserde önemli bir hücre popülasyonunu oluşturan KKH’lerin membran yapısı, lipitler, proteinlerin sekonder yapıları ve DNA oligonükleotit yapılarının terapötik hedef olabileceğini göstermektedir.Objective: Spheroid cultures reflect properties of tumor tissue better than monolayer cultures in terms of internal dynamics and interaction with other cells. the aim of this study is to investigate the similarities and differences in CD133+/CD44+ prostate cancer stem cells (CSCs) produced in threedimensional (3D) and two-dimensional (2D) culture media. Material and Method: CSCs with CD133+/CD44+ surface marker properties in the DU-145 prostate cancer cell lines were isolated using flow cytometry (FACS). Spheroid structures were formed with agar-coated culture vessels. CSCs in 2D and 3D cultures were compared with Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy. Results: CD133+/CD44+ cells were observed to form micro-aggregates in cultured media in the first week. in the second week, mature spheroid structures were formed. FTIR analysis revealed that the 2D and 3D (multicellular tumor spheroids) models of CSCs exhibit significant differences in proteins, lipids and nucleic acids. Significant differences were detected in membrane lipid acyl chain length, membrane thickness, protein secondary structures and DNA oligonucleotides. the results showed that spheroids in 3D culture medium exhibit similar properties to in vivo tumor tissue. Conclusion: Physical, chemical and biological properties generated by environmental conditions significantly affect internal dynamics of cells and their interactions within the microenvironment. Reducing the cells in one dimension through the 2D culture medium does not reflect actual properties of cells. Therefore, cell dynamics in 3D culture media should be investigated. This study demonstrates that cellular lipids, membrane structure, protein secondary structures and nucleic acids of CSCs constituting an important cell population in cancer may be therapeutic targets