Batch Processing of Biomedical Calculations on a Rivyera Supercomputer

Práce pojednává o problematice dávkového zpracování dat na hardwarové architektuře hradlových polí zastoupené superpočítačem Rivyera, jehož výpočetní výkon je zprostředkován několika desítkami programovatelných hradlových polí. Cílem práce je navrhnout a realizovat řešení vzdálené obsluhy a dávkové zpracování dat na superpočítači Rivyera. A dále také poskytnout postup pro vývoj a řešení výpočtů s použitím paralelního přístupu na superpočítači Rivyera. Výpočetní postupy jsou řešeny kombinací výpočetního jádra na programovatelných hradlových polích, popsaných v jazyce VHDL, a obslužné hostitelské aplikace v programovacím jazyce Java. Ukázkou výpočetních postupů s použitím superpočítače Rivyera je paralelní zpracování CT obrazů do podoby digitálně rekonstruovaného rentgenového snímku z určité směrové projekce.This thesis describes batch processing of data at hardware architecture of gate arrays represented by Rivyera supercomputer, its computational power is mediated by several dozens of field programmable gate arrays. The aim of thesis is to design and implement solution of remote control and batch processing of data at Rivyera supercomputer and also to provide a method to development and resolution of calculation by using parallel computing of Rivyera supercomputer. Computational methods are solved by combining of computational core of field programmable gate arrays, described using VHDL language, and handler host application, written in Java programming language. An example of computational methods using Rivyera supercomputer is parallel processing of CT images into digitally reconstructed radiographs from a certain directional projection.450 - Katedra kybernetiky a biomedicínského inženýrstvívýborn