Розробка технології реконструкції та валідації моделей генних мереж на основі профілів експресій генів

We have developed a technique for the reconstruction and validation of models of gene networks based on the gene expression profiles derived in the course of DNA microchip experiments or by the method of RNA molecules sequencing. A structural block diagram is presented of a stepwise process for determining optimal parameters of the algorithm for reconstruction of a gene network that meet the optimum network topology. We proposed a comprehensive estimation criterion of a gene network topology based on the Harrington desirability function that contains network topological parameters as constituent components. The maximum value of this criterion corresponds to the optimal topology of a gene network. A technique for the validation of models of gene networks is based on a ROC analysis whose implementation implies a comparative analysis of the character of relations between relevant genes in the network on the basis of the totality of genes and gene networks based on the obtained biclusters. Qualitative reconstruction of a gene network makes it possible to explore the nature of interaction between genes that determine the process of functioning of a biological organism at different stages of development of complex genetic diseases for the purpose of early diagnosis and correction of a given process.It was established that the gene network reconstructed based on the correlation output algorithm is more efficient in comparison with the gene network based on the algorithm ARACNE. The weighted average of relative validation criterion for the derived models based on the correlation output algorithm is significantly greater than the corresponding value when applying the algorithm of ARACNE. This fact indicates a higher degree of compliance with the character of relations between respective genes in the network based on the totality of genes and in the networks based on gene expression profiles in the obtained biclusters. Qualitative reconstruction of a gene network makes it possible to explore the character of development of a biological organism at the gene level, which creates preconditions for early diagnosis and adjustment of the development of different types of genetic diseases.Разработана технология реконструкции и валидации моделей генных сетей на основе профилей экспрессии генов. Представленны исследования по оптимизации топологии генной сети на основе комплексного использования топологических параметров сети и функции желательности Харрингтона. Предложена технология валидации модели генной сети на основе ROC-анализа, реализация которой предусматривает сравнительный анализ характера связей между соответствующими генами в реконструированых генных сетяхРозроблено технологію реконструкції та валідації моделей генних мереж на основі профілів експресій генів. Представлені дослідження по оптимізації топології генної мережі на основі комплексного застосування топологічних параметрів мережі та функції бажаності Харрінгтона. Запропонована технологія валідації моделі генної мережі на основі ROC-аналізу, реалізація якої передбачає порівняльний аналіз характеру зв’язків між відповідними генами у реконструйованих мережа