Pemilihan Tetua Persilangan Pada Kubis (Brassica Oleracea Var. Capitata) Melalui Analisis Keragaman Genetik [Parental Line Selection in Cabbage (Brassica Oleracea Var. Capitata) Through Genetic Diversity Analysis]

Kubis (Brassica oleracea var. capitata) merupakan salah satu jenis sayuran yang mempunyai nilai ekonomis tinggi. Untuk meningkatkan hasil panen kubis tiap tahunnya perlu didukung oleh tersedianya varietas unggul yang tahan penyakit, terutama penyakit busuk hitam dan akar gada yang dapat menggagalkan panen. Metode yang dapat diaplikasikan untuk merakit varietas unggul adalah melalui persilangan. Penelitian ini bertujuan untuk memilih kombinasi tetua persilangan yang ideal pada tanaman kubis melalui analisis keragaman genetik menggunakan marka SSR (Simple Sequence Repeats). Penelitian dilakukan pada bulan Februari sampai Mei 2013 di laboratorium Functional Crop Genomics and Biotechnology, Seoul National University, Korea Selatan menggunakan 16 genotipe kubis yang diperoleh dari Perusahaan benih Joeun, Korea Selatan. Keragaman genetik 16 genotipe kubis dianalisis menggunakan 35 marka SSR polimorfik, dan selanjutnya digunakan untuk menentukan keragaman genetik berdasarkan metode UPGMA. Nilai jarak genetik antar genotipe diperoleh berdasarkan rumus 1-nilai kesamaan genetik. Hasil analisis keragaman genetik membagi 16 genotipe kubis menjadi dua kelompok heterotik utama pada nilai kesamaan genetik 65,2%. Berdasarkan hasil analisis keragaman genetik dan nilai jarak genetik diperoleh empat kombinasi tetua persilangan ideal, yaitu genotipe IMO-03 vs IMO-08 (nilai jarak genetik 43%) dan IMO-03 vs IMO-10 (nilai jarak genetik 39%) untuk karakter ketahanan terhadap penyakit busuk hitam, serta genotipe IMO-18 vs IMO-10 dan IMO-17 vs IMO-10 dengan nilai jarak genetik masing-masing 45% dan 44% untuk karakter ketahanan terhadap penyakit akar gada. Keempat kombinasi tetua tersebut dipilih karena terletak pada kelompok heterotik berbeda serta mempunyai nilai jarak genetik yang jauh sehingga diharapkan dapat meningkatkan peluang heterosis pada progeni yang dihasilkan.KeywordsBrassica oleracea var. capitata; Genotipe; Keragaman genetik; Kubis; Pemilihan tetu

FAKTOR – FAKTOR YANG MEMPENGARUHI TINGKAT PENGETAHUAN ORANG TUA MENGENAI KELAINAN GENETIK PENYEBAB DISABILITAS INTELEKTUAL DI KOTA SEMARANG

Background: Disability intellectual (DI) caused by several factors. Parents are highly plays an important. The knowledge parents about a disability intellectual influenced by several factors, that is age, sex, education level, level of income, exposure to get information, consultation to doctor, and socio-cultural. Methods: The research is analytic observational with design cross sectional, samples all parents patients. Research in SLB-C Widya Bhakti Semarang, purpose to know anything influences the level of knowledge parents about intellectual disability cause. Total sampel is 50. The tested data using chi square. Results: The level knowledge to DI in Semarang is good (48 %). The consultation to the doctor ( p = 0,056 ) having influence on the knowledge parents about a genetic disorder caused disability intellectual. While the age ( p = 0,144 ), the level of education ( p = 0,575 ), income levels ( p = 0,976 ), exposure to information ( p = 0,266 ), and social-culture the religion ( p=0, 606 ) and jobs ( p = 0,379 ) no have influence. The conclusion: The consultation to doctor having influence on the knowledge parents about abnormality a genetic disorder caused disability intellectual. While the age, levels of education, level level income and exposure information have no influence meaningful on the knowledge parents about a genetic disorder cause disability intellectual. Key word: Disability intlektual, a genetic disorder, the level knowledge, education, income, exposure to information, consultation doctor, social and cultura

Diversity analysis of mangosteen (Garcinia mangostana) irradiated by gamma-ray based on morphological and anatomical characteristics

Tujuan penelitian ini adalah meningkatkan keragaman genetik manggis (Garcinia mangostana L.) yang diiradiasi dengan sinar gamma dosis 0 Gy, 20 Gy, 25 Gy, 30 Gy, 35 Gy dan 40 Gy. Bahan tanaman yang digunakan adalah biji yang dikumpulkan dari Kampung Cegal, Desa Karacak, Kecamatan Leuwiliang, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Data dihasilkan dari karakteristik morfologi dan anatomi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa peningkatan dosis sinar gamma dapat menghambat pertumbuhan benih, sehingga membutuhkan waktu lebih lama untuk tumbuh dan menurunkan viabilitas benih. Secara morfologi, hal itu juga menurunkan tinggi tanaman, diameter batang, ukuran daun, dan jumlah daun. Secara anatomi, kepadatan stomata berkorelasi positif dengan tinggi tanaman dengan nilai korelasi adalah 90% dan 74%. Iradiasi sinar gamma dapat meningkatkan keragaman morfologi hingga 30%. Pemotongan benih setelah iradiasi dapat meningkatkan keragaman dan tingkat kelangsungan hidup manggis. Kata kunci: Garcinia mangostana, sinar gamma, keragaman genetik

Efisiensi Seleksi Awal Pada Kebun Benih Semai Eucalyptus Pellita Efficiency of Early Selection in Seedling Seed Orchards of Eucalyptus Pellita

Efisiensi seleksi merupakan saat yang paling kritis dalam program pemuliaan pohon karena akan menentukan waktu yang paling optimal dalam kegiatan seleksi, yaitu pada saat peningkatan genetik (genetic gains) per tahun maksimum dalam satu siklus pemuliaan. Efisiensi seleksi dapat diketahui dengan melihat tren waktu dari parameter genetik, yaitu rasio antara korelasi peningkatan genetik per tahun terhadap peningkatan genetik pada umur daur melalui seleksi tidak langsung (indirect selection). Tren waktu dari parameter genetik pada pertumbuhan diameter dan tinggi dianalisis dengan menggunakan data umur 1 (satu) sampai dengan 6 (enam) tahun untuk mengetahui efisiensi seleksi awal pada 7 (tujuh) kebun benih semai Eucalyptus pellita di Kalimantan Selatan, Sumatera Selatan dan Riau. Kebun benih semai pada setiap lokasi terdiri atas tiga provenan dari Papua Nugini. Penggabungan jumlah kuadrat dan jumlah hasil perkalian, diperoleh dari analisis varian pertumbuhan pada ketiga provenan tersebut dan digunakan untuk menaksir parameter genetik di setiap lokasi. Oleh karena parameter genetik pada akhir daur (8 tahun) dalam studi ini tidak tersedia, maka pada umur tersebut dilakukan ekstrapolasi dengan menggunakan fungsi regresi dari tren parameter genetik pada umur yang lebih muda. Varian fenotipik dan varian genetik dihitung pada setiap umur yang dikonversi setara dengan akar variannya dan kemudian dianalisis dengan regresi linier menggunakan rerata pertumbuhan sebagai variable bergantung. Tren dari korelasi umur muda-dewasa dihitung dengan menggunakan modifikasi fungsi Richard dengan rasio rerata pertumbuhan pada umur yang lebih tua terhadap rerata pertumbuhan pada umur yang lebih muda sebagai variabel bergantung. Hasil analisis menunjukkan bahwa seleksi lebih awal selalu memberikan peningkatan genetik yang lebih tinggi dibandingkan seleksi pada akhir daur. Efisiensi seleksi awal atau umur optimum untuk melakukan seleksi yaitu pada saat peningkatan genetik per tahun maksimum, ditemukan pada umur 3 - 5 tahun di ketiga lokasi

Analysis of Oct4-dependent transcriptional networks regulating self-renewal and pluripotency in human embryonic stem cells

The POU domain transcription factor OCT4 is a key regulator of pluripotency in the early mammalian embryo and is highly expressed in the inner cell mass of the blastocyst. Consistent with its essential role in maintaining pluripotency, Oct4 expression is rapidly downregulated during formation of the trophoblast lineage. To enhance our understanding of the molecular basis of this differentiation event in humans, we used a functional genomics approach involving RNA interference-mediated suppression of OCT4 function in a human ESC line and analysis of the resulting transcriptional profiles to identify OCT4-dependent genes in human cells. We detected altered expression of >1,000 genes, including targets regulated directly by OCT4 either positively (NANOG, SOX2, REX1, LEFTB, LEFTA/EBAF DPPA4, THY1, and TDGF1) or negatively (CDX2, EOMES, BMP4, TBX18, Brachyury [T], DKK1, HLX1, GATA6, ID2, and DLX5), as well as targets for the OCT4-associated stem cell regulators SOX2 and NANOG. Our data set includes regulators of ACTIVIN, BMP, fibroblast growth factor, and WNT signaling. These pathways are implicated in regulating human ESC differentiation and therefore further validate the results of our analysis. In addition, we identified a number of differentially expressed genes that are involved in epigenetics, chromatin remodeling, apoptosis, and metabolism that may point to underlying molecular mechanisms that regulate pluripotency and trophoblast differentiation in humans. Significant concordance between this data set and previous comparisons between inner cell mass and trophectoderm in human embryos indicates that the study of human ESC differentiation in vitro represents a useful model of early embryonic differentiation in humans

Analisis Keragaman Genetik Manggis Dalam Satu Pohon

Manggis (Garcinia mangostana) termasuk dalam kelompok Garcinia, merupakan tanaman asli dari Asia Tenggara. Manggis memiliki sistem reproduksi melalui mekanisme apomiksis yang bijinya terbentuk tanpa fertilisasi. Manggis termasuk tanaman apomiksis obligat, progeni yang dihasilkan akan memiliki kesamaan genotip dengan tanaman induk. Namun Kenyataan di lapangan menunjukkan adanya keragaman genetik antaraksesi manggis. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Sampel tanaman yang digunakan berasal dari empat generasi manggis (P1, P2, P3, dan P4) Wanayasa, Purwakarta. Pengambilan sampel berdasarkan ketinggian tanaman dan masing-masing ketinggian dibagi menjadi empat sektor (utara, timur, selatan, dan barat). Penelitian meliputi tiga analisis, yaitu morfologi, molekuler dengan ISSR, dan data. Hasil penelitian menunjukkan terdapat keragaman morfologi dan genetik dalam satu pohon. Keragaman morfologi lebih besar dari pada genetik. Tingkat keragaman morfologi sebesar 18–43%, sedangkan keragaman genetik adalah 2–17%

Evaluation of Somatic Embryogenesis Ability in Robusta Coffee (Coffea Canephora Pierre)

Embriogenesis somatik diharapkan sebagai metode perbanyakan tanaman yang sangat efektif pada kopi. Evaluasi dua jenis proses embriogenesis somatik, yaitu proses langsung dan tidak langsung akan bermanfaat untuk menggambarkan kemampuan proliferasi sel. Penelitian untuk mengevaluasi embriogenesis somatik kopi Robusta (Coffea canephora) yang mempunyai tingkat keragaman genetik tinggi telah dilakukan di Nestlé R&D Centre Tours, Perancis. Bahan tanam menggunakan kopi Robusta koleksi Nestle Perancis dan tiga klon koleksi Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia (Puslitkoka). Tiga aspek, yaitu proses embriogenesis, keragaman embriogenesis dan kemantapan embriogenesis dievaluasi dalam penelitian ini. Hasil penelitian menunjukkan bahwa baik embriogenesis somatik langsung maupun tidak langsung dapat diamati. Penelitian ini menunjukkan bahwa kedua proses embriogenesis somatik tersebut merupakan dua mekanisme yang berbeda. Dalam penelitian ini ditunjukkan bahwa kemampuan embriognesis somatik tergantung pada genotipe, baik antar maupun di dalam kelompok genetik kopi Robusta, yaitu Congolese,Guinean dan Conillon. Lebih lanjut diketahui bahwa kedua proses embriogenesis somatik tersebut stabil terhadap indukan sebagai sumber eksplan. Kemampuan embriogenesis somatik tidak langsung ketiga klon Puslitkoka (BP409, BP961 dan Q121) sangat beragam, sehingga memberikan harapan adanya pola segregasi yang baik berdasarkan kemampuan embriogenesis somatik tidak langsung pada populasi yang dibuat dari silangan klon tersebut

Studi Keanekaragaman Genetik Tanaman Kecipir (Psophocarpus Tetragonolobus (L.) Dc): Upaya Menuju Laboratorium Genetika sebagai Pusat Kajian Ketahanan Pangan dan Bioenergi

Kecipir mempunyai potensi untuk dimanfaatkan sebagai bahan pangan segar maupun olahan bernilai gizi tinggi dan sebagai bahan dasar dalam industri biodiesel. Pemanfaatan kecipir yang belum optimal mendorong dilakukannya penelitian tentang keanekaragaman genetik tanaman kecipir sebagai langkah awal untuk mengembangkan potensi tanaman ini. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh data mengenai keanekaragaman genetik pada level molekuler kecipir polong panjang dan polong pendek dengan teknik RAPD. Dari 32 primer yang diskrining, 20 dipilih untuk analisis menggunakan Program GenAlEx 6.1. Hasilnya 156 buah fragmen dengan 140 diantaranya menunjukkan polimorfisme sehingga didapatkan polimorfisme total sebesar 89,74%. Polimorfisme dalam populasi kecipir polong pendek bernilai 64.10% dan polimorfisme dalam populasi kecipir polong panjang sebesar 51.28%. Kemiripan genetik Nei (bias) antara kecipir polong panjang dan kecipir polong pendek adalah 0,805 sementara jarak genetik antara keduanya adalah 0,218. Adapun kemiripan genetik tidak bias antara kedua populasi adalah 0,873, sementara jarak genetik tidak bias sebesar 0,136