Efficient repeat finding in sets of strings via suffix arrays

We consider two repeat finding problems relative to sets of strings: (a) Find the largest substrings that occur in every string of a given set; (b) Find the maximal repeats in a given string that occur in no string of a given set. Our solutions are based on the suffix array construction, requiring O(m) memory, where m is the length of the longest input string, and O(n &log;m) time, where n is the the whole input size (the sum of the length of each string in the input). The most expensive part of our algorithms is the computation of several suffix arrays. We give an implementation and experimental results that evidence the efficiency of our algorithms in practice, even for very large inputs.Fil: Barenbaum, Pablo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina;Fil: Becher, Veronica Andrea. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina; Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Ciudad Universitaria; Argentina;Fil: Deymonnaz, Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina;Fil: Halsband, Melisa. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina;Fil: Heiber, Pablo Ariel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Computación; Argentina; Consejo Nacional de Investigaciones Cientificas y Tecnicas. Oficina de Coordinacion Administrativa Ciudad Universitaria; Argentina