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    Deploying PHYLIP phylogenetic package on a Large Scale Distributed System

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    Uma Abordagem de acordo de nível de serviço para computação em nuvem

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    Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Florianópolis, 2010Computação em Nuvem é baseada na visão de prover serviços como utilidades (e.g. água, luz), onde consumidores podem acessar os serviços em qualquer lugar do mundo e, por demanda, pagar apenas pela quantidade que consomem. O tamanho, complexidade e escopo desse paradigma computacional faz com que surja a necessidade dos provedores de serviço implementarem uma forma mais escalável para negociar, orquestrar e automatizar o processo de Acordo de Nível de Serviço. Como prover um serviço onde o usuário contrate apenas aquilo que necessite, pagando apenas pelo uso, de maneira eficiente, simples, transparente e da forma mais barata possível? Como decidir entre Nuvem ou estrutura adicional com micros dedicados? Tendo Acordos de Nível de Serviço (SLA) bem definidos e previamente acordados entre usuários e fornecedor, que possam mudar de acordo com a necessidade do usuário; usando mais ou menos recursos de maneira automática baseada na demanda; utilizando de maneira colaborativa toda a infraestrutura disponível, reduzindo custos e preservando recursos; como descobrir os recursos/serviços de maneira eficiente com o menor custo possível. Neste trabalho propõe-se uma abordagem para mapeamento de SLA entre processos de negócio e infraestrutura de TI, garantindo que os acordos de nível de serviço sejam endereçados de maneira dinâmica, baseado na demanda do usuário. Isto se dá através de uma renegociação dinâmica entre os clientes e uma lista de provedores, gerando o menor custo possível ao usuário e otimizando os recursos dos provedores. É proposto uma arquitetura que utiliza parâmetros definidos em um arquivo de Objetivo de Nível de Serviço SLO, para negociar e escolher os melhores provedores de nuvem. A proposta foi simulada no ambiente CloudAnalyst, comparando-se abordagens de SLA estáticas e dinâmicas. Os resultados apresentados nas simulações com negociação dinâmica provam que a proposta de endereçar processos de negócio em infraestrutura de TI de maneira dinâmica gera um ganho ao ambiente e ao usuário.Cloud Computing is based on the vision of providing services such as utilities (e.g. water, electricity), where consumers can access services anywhere in the world and, on demand, pay only the amount they consume. The size, complexity and scope of this computational paradigm means that there is a need for service providers to implement a more scalable way to negotiate, orchestrate and automate the process of Service Level Agreement. How to provide a service where the user engages only what you need, paying only for the use of efficient, simple, transparent and as cheaply as possible? How to decide between Cloud or traditional structure with dedicated micros? With Service Level Agreements (SLA) well defined and agreed between user and supplier, which may change depending on the user's needs, using more or less automatic way of resources based on demand, using a collaborative manner throughout the infrastructure structure available, reducing costs and preserving resources, how to find the resources / services effectively at the lowest possible cost. In this work we propose an approach for mapping SLA between business processes and IT infrastructure, ensuring that service level agreements are addressed proactively, based on user demand. This occurs through a dynamic renegotiation between customers and a list of providers, generating the lowest possible cost to the user and optimizing the resources of the providers. It proposed an architecture that uses parameters defined in a file of the Service Level Goal - SLO, to negotiate and choose the best providers of cloud. The proposal was simulated in a CloudAnalyst environment, comparing the approaches of static and dynamic SLA. The results presented in the negotiating dynamics simulations show that the proposal to address business processes in IT infrastructure dynamically generates a gain to the environment and the user

    Un nouvel algorithme pour retrouver les relations phylogénétiques entre la distribution géographique des espèces et leurs compositions génétiques

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    L'objectif de ce projet de maîtrise est de développer un nouvel algorithme permettant de retrouver les relations phylogénétiques entre un arbre de référence (par exemple, l'arbre de la distribution géographique des espèces ou des paramètres climatiques) et un arbre caractérisant un fragment de l'alignement de séquences multiples (ASM). Pour ce faire, nous récupérerons d'abord les différents fragments d'un ASM donné. Nous les soumettrons par la suite aux différents programmes du paquet PHYLIP (Seqboot, ProtDist ou DnaDist, Neighbor et Consense) et le programme PhyML afin d'obtenir un arbre consensus avec les valeurs de bootstrap sur ses branches. À partir de chaque arbre consensus, nous calculerons son bootstrap moyen. De plus, nous comparerons topologiquement l'arbre consensus obtenu à l'arbre de référence pour connaître la distance de Robinson et Foulds (RF) normalisée entre eux. Pour chaque fragment d'un ASM, nous conserverons uniquement les données relatives à des fragments correspondant à la distance RF normalisée la plus petite (i.e., celle qui représente la plus grande similitude entre les deux arbres). Dans le cas où plusieurs fragments correspondront à la même valeur de la distance RF normalisée, l'estimation se poursuivra sur l'arbre consensus ayant le score de bootstrap le plus élevé (i.e., meilleur support de l'arbre). Pour connaître la performance de notre algorithme, nous utiliserons un jeu de données de 52 espèces appartenant au groupe des Carnivores se localisant en Amérique du Nord. Nous récupérons aussi 21 protéines issues de la base de données GenBank. La construction des arbres de référence se fera à partir de données climatiques de l'habitat de ces espèces (i.e., température, précipitation et altitude). Notre algorithme permettra de trouver des sous-séquences des gènes donnant une similarité topologique accrue entre l'arbre de référence et l'arbre phylogénétique obtenu à partir des séquences.\ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arbre phylogénétique, phylogéographie, distance de Robinson et Foulds, bootstrap, alignement de séquences multiples, paquet PHYLIP, GenBank
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