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Encoding, Storing and Searching of Analytical Properties and Assigned Metabolite Structures
Informationen ĂŒber Metabolite und andere kleine organische MolekĂŒle sind von entscheidender Bedeutung in vielen verschiedenen Bereichen der Naturwissenschaften. Sie spielen z.B. eine entscheidende Rolle in metabolischen Netzwerken und das Wissen ĂŒber ihre Eigenschaften, hilft komplexe biologische Prozesse und komplette biologische Systeme zu verstehen. Da in biologischen und chemischen Laboren tĂ€glich Daten anfallen, welche diese MolekĂŒle beschreiben, existiert eine umfassende Datengrundlage, die sich kontinuierlich erweitert. Um Wissenschaftlern die Verarbeitung, den Austausch, die Archivierung und die Suche innerhalb dieser Informationen unter Erhaltung der semantischen ZusammenhĂ€nge zu ermöglichen, sind komplexe Softwaresysteme und Datenformate nötig. Das Ziel dieses Projektes bestand darin, Anwendungen und Algorithmen zu entwickeln, welche fĂŒr die effiziente Kodierung, Sammlung, Normalisierung und Analyse molekularer Daten genutzt werden können. Diese sollen Wissenschaftler bei der StrukturaufklĂ€rung, der Dereplikation, der Analyse von molekularen Wechselwirkungen und bei der Veröffentlichung des so gewonnenen Wissens unterstĂŒtzen. Da die direkte Beschreibung der Struktur und der Funktionsweise einer unbekannten Verbindung sehr schwierig und aufwĂ€ndig ist, wird dies hauptsĂ€chlich indirekt, mit Hilfe beschreibender Eigenschaften erreicht. Diese werden dann zur Vorhersage struktureller und funktioneller Charakteristika genutzt. In diesem Zusammenhang wurden Programmmodule entwickelt, welche sowohl die Visualisierung von Struktur- und Spektroskopiedaten, die gegliederte Darstellung und VerĂ€nderung von Metadaten und Eigenschaften, als auch den Import und Export von verschiedenen Datenformaten erlauben. Diese wurden durch Methoden erweitert, welche es ermöglichen, die gewonnenen Informationen weitergehend zu analysieren und Struktur- und Spektroskopiedaten einander zuzuweisen. AuĂerdem wurde ein System zur strukturierten Archivierung und Verwaltung groĂer Mengen molekularer Daten und spektroskopischer Informationen, unter Beibehaltung der semantischen ZusammenhĂ€nge, sowohl im Dateisystem, als auch in Datenbanken, entwickelt. Um die verlustfreie Speicherung zu gewĂ€hrleisten, wurde ein offenes und standardisiertes Datenformat definiert (CMLSpect). Dieses erweitert das existierende CML (Chemical Markup Language) Vokabular und erlaubt damit die einfache Handhabung von verknĂŒpften Struktur- und Spektroskopiedaten. Die entwickelten Anwendungen wurden in das Bioclipse System fĂŒr Bio- und Chemoinformatik eingebunden und bieten dem Nutzer damit eine hochqualitative BenutzeroberflĂ€che und dem Entwickler eine leicht zu erweiternde modulare Programmarchitektur
Data visualization of biological microscopy image analyses
Thesis (M. Eng. and S.B.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Electrical Engineering and Computer Science, 2006.Includes bibliographical references.The Open Microscopy Environment (OME) provides biologists with a framework to store, analyze and manipulate large sets of image data. Current microscopes are capable of generating large numbers of images and when coupled with automated analysis routines, researchers are able to generate intractable sets of data. I have developed an extension to the OME toolkit, named the LoViewer, which allows researchers to quickly identify clusters of images based on relationships between analytically measured parameters. By identifying unique subsets of data, researchers are able to make use of the rest of the OME client software to view interesting images in high resolution, classify them into category groups and apply further analysis routines. The design of the LoViewer itself and its integration with the rest of the OME toolkit will be discussed in detail in body of this thesis.by Tony Scelfo.M.Eng.and S.B
BioIMAX : a Web2.0 approach to visual data mining in bioimage data
Loyek C. BioIMAX : a Web2.0 approach to visual data mining in bioimage data. Bielefeld: UniversitÀt Bielefeld; 2012
Interactive topographic web mapping using scalable vector graphics
Large scale topographic maps portray detailed information about the landscape. They are used for a wide variety o f purposes. USGS large scale topographic maps at 1:24,000 have been traditionally distributed in paper form. With the advent of the Internet, these maps can now be distributed electronically. Instead of common raster format presentation, the solution presented here is based on a vector approach. The vector format provides many advantages compared to the use of a raster-based presentation. This research shows that Scalable Vector Graphics (SVG) is a promising technology for delivering high quality interactive topographic maps via the Internet, both in terms o f graphic quality and interactivity. A possible structure for the SVG map document is proposed. Interactive features such as toggling thematic layers on and off, UTM coordinate readout for x, y, and z (elevation) were developed as well. Adding this type of interactivity can help to better extract information from a topographic map. A focus group analysis with the online SVG topographic map shows a high-level of user acceptance
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