BBMS + + – basic bioinformatics meta-searcher

In this paper we present a Basic Bioinformatics Meta-searcher (BBMS), a web-based service aiming to simplify and integrate biological data searching through selected biological databases. BBMS facilitates biological data searching enabling multiple sources transparently, increasing research productivity as it avoids time consuming learning and parameterization of different search engines. As a complementary service, BBMS provides insight and links to common online bioinformatics tools. Users’ feedback when evaluating BBMS in terms of usability, usefulness and efficiency was very positive

BBMS++ – metapesquisador bioinformático

Neste artigo descreve-se a criação implementação de um meta-pesquisador [1-7] na área da bioinformática (BBMS – Basic Bioinformatics Meta-searcher), desenvolvido de raiz na língua portuguesa. O BBMS permite um acesso centralizado aos motores de busca online das principais bases de dados biológicos primárias, bastante fácil de entender e que permite aceder a informação biológica contida nas mais importantes bases de dados públicas mundiais, sem que, para isso o utilizador tenha que sair do “website” desenvolvido. O BBMS tem sido actualizado para abranger um maior leque de frontes de bioinformação, mas centra-se mormente em nucleótidos, proteínas e vias metabólicas [8,9]. Adicionalmente, o BBMS também pesquisa bibliografia científica nas principais publicações de índole bioinformática. O programa é autónomo, apenas é necessário introduzir as palavras-chave da pesquisa e apontar para que base de dados a pesquisa deve ser feita. Por defeito, os resultados são disponibilizados em Inglês, mas um painel de tradução, incorporado no nosso meta-pesquisador, permite que estes sejam traduzidos para várias línguas, incluindo o Português, em tempo real e sem demoras. Outro aspecto importante é a pesquisa global na Internet, que pode ser utilizada quando o utilizador não sabe onde procurar especificamente. Deste modo, o meta-pesquisador BBMS realiza a pesquisa em bases de dados, motores de busca específicos, bancos de imagens e vídeos, entre outros locais relevantes. Para esta operação, baseia-se no funcionamento do “Bioinformatic Harvester” [10], um outro meta-pesquisador. Outra aplicação integrada no BBMS é a pesquisa por artigos científicos, permitindo uma pesquisa rigorosa nas bases de dados mais importantes. Na segunda versão do BBMS, o BBMS++, além das melhorias gráficas, foi adicionado o acesso a aplicações bioinformáticas online, tais como a realização de “BLAST's” e “e- PCR”, entre outras. De modo a ter uma percepção da usabilidade, utilidade e eficiência do BBMS foi levado a cabo um inquérito, envolvendo cerca de 30 inquiridos, sendo os resultados finais muito satisfatórios. O BBMS++ está acessível em http://www.esa.ipb.pt/bbm