An advanced web query interface for biological databases

Although most web-based biological databases (DBs) offer some type of web-based form to allow users to author DB queries, these query forms are quite restricted in the complexity of DB queries that they can formulate. They can typically query only one DB, and can query only a single type of object at a time (e.g. genes) with no possible interaction between the objects—that is, in SQL parlance, no joins are allowed between DB objects. Writing precise queries against biological DBs is usually left to a programmer skillful enough in complex DB query languages like SQL. We present a web interface for building precise queries for biological DBs that can construct much more precise queries than most web-based query forms, yet that is user friendly enough to be used by biologists. It supports queries containing multiple conditions, and connecting multiple object types without using the join concept, which is unintuitive to biologists. This interactive web interface is called the Structured Advanced Query Page (SAQP). Users interactively build up a wide range of query constructs. Interactive documentation within the SAQP describes the schema of the queried DBs. The SAQP is based on BioVelo, a query language based on list comprehension. The SAQP is part of the Pathway Tools software and is available as part of several bioinformatics web sites powered by Pathway Tools, including the BioCyc.org site that contains more than 500 Pathway/Genome DBs

Indicadores de engajamento organizacional dos indivíduos na perspectiva da gestão do conhecimento

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Produção.No presente trabalho, defende-se a concepção da organização como ente cognitivo, onde o desenvolvimento de papéis individuais corrobora para a compreensão do engajamento dos indivíduos no contexto organizacional. Assim, entende-se que o desempenho desses papéis se presta à sinalização dos indicadores do engajamento organizacional dos diversos atores sociais. O objetivo maior deste trabalho consiste em estudar os indicadores do engajamento organizacional dos indivíduos, com base nos pressupostos da teoria de gestão do conhecimento. Para efeito de organização, este trabalho está equalizado em cinco capítulos onde: apresenta a base teórica estudada, detalha a estruturação do plano de estudo elaborado para a pesquisa, reporta-se à estratégia metodológica e faz a discussão em torno dos resultados encontrados. A pesquisa desenvolvida foi do tipo qualitativa, e teve como foco a discussão polêmica (exaustiva) entre pesquisador e sujeitos de pesquisa, nos questionamentos sobre o processo de engajamento organizacional dos indivíduos na perspectiva da gestão do conhecimento. O universo do estudo foi constituído das empresas ligadas à Incubadora Tecnológica de Campina Grande, da Fundação Parque Tecnológico da Paraíba - PB. A abordagem desenvolvida nesse trabalho foi quanti-qualitativa e o enfoque utilizado foi exploratório-descritivo. As técnicas de coleta de dados empregadas foram entrevista semi-estruturada e observação. Os instrumentos aplicados na coleta de dados foram roteiro de entrevista e diário de campo. Os resultados encontrados na pesquisa destacaram a necessidade de valorização da subjetividade do indivíduo no contexto organizacional. Conforme tais resultados, tornou-se emergente o conceito do indivíduo como colaborador organizacional, onde o produto das atitudes do colaborador é fruto dos seus processos cognitivos (e.g. inteligência, aprendizagem, competência, capacidade, experiência, criatividade, habilidade, motivação, liderança e socialização). Conforme os achados desta pesquisa, o estudo dos indicadores de engajamento organizacional dos indivíduos, na perspectiva da gestão do conhecimento, fundamenta-se na compreensão dos processos cognitivos individuais

A collaborative environment for authoring large knowledge bases

Abstract. Collaborative knowledge base (KB) authoring environments are critical for the construction of high-performance KBs. Such environments must support rapid construction of KBs by a collaborative e ort of teams of knowledge engineers through reuse of existing knowledge and software components. They should support the manipulation of knowledge by diverse problem-solving engines even if that knowledge is encoded in di erent languages and by di erent researchers. They should support large KBs and provide a scalable and interoperable development infrastructure. In this paper, we present anenvironment that satis es many of these goals. We present an architecture for scalable frame representation systems (FRSs). The Generic Frame Protocol (GFP) provides infrastructure for reuse of software components. It is a procedural interface to frame representation systems that provides a common means of accessing and modifying frame KBs. The Generic KB Editor (Gkb-Editor) provides graphical KB browsing, editing, and comprehension services for large KBs. Scalability of loading and saving time is provided by a storage system (PERK) which submerges a database management system in an FRS. Multi-user access is controlled through a collaboration subsystem that uses a novel optimistic concurrency control algorithm. All the results have been implemented and tested in the development of several real KBs