MOLTRA-II. Новые дескрипторы водородной связи

The program MOLTRA-II, created on the basis of the CHEmical Databases management system CHED, is supplemented by the possibility of calculating new descriptors based on the three-dimensional structure and hydrogen bond parameters. The program calculates PSA descriptors (Polar Surface Area), OSA (Optimal Structure Area) and energy of the hydrogen bond.Программа MOLTRA-II, созданная на основе системы управления химическими базами данных CHED, дополнена возможностью расчёта новых дескрипторов на основе трёхмерной структуры и параметров водородной связи. Программа рассчитывает дескрипторы PSA (Polar Surface Area), OSA (Optimal Structure Area) и энергию водородной связи

Программа HYBOT 3D MF и её использование в CoMFA

The program “HYBOT 3D MF” based on the potential “6-8” modified by using HYBOT hydrogen bonding factors has been developed. An integration with “QSAR and Advanced CoMFA” module of the SYBYL-X is performed by set of macros written in SPL. A full working version of the program is available at http://www.ibmc.msk.ru/HYBOT3D. For a number of sets of chemical compounds having pronounced differences in groups with the hydrogen bonding potential, the use of HYBOT 3D MF fields makes it possible to improve the predictive power of models created by the CoMFA technology.На основе модифицированного с использованием факторов водородного связывания HYBOT потенциала “6-8” разработана программа “HYBOT 3D MF”. Для интеграции программы с модулем “QSAR and Advanced CoMFA” пакета SYBYL-Х создан набор макросов, написанных на SPL. Полноценная версия программы доступна по адресу http://www.ibmc.msk.ru/HYBOT3D. Показано, что для ряда наборов химических соединений, имеющих выраженные различия в части групп с потенциальной возможностью образовывать водородные связи, использование полей HYBOT 3D MF позволяет улучшить предсказательную силу моделей, созданных по технологии CoMFA

Вклад водородного связывания в биодоступность лекарств: методы хемоинформатики

A review, based mainly on own publications, is devoted to methods of investigation of “structure-bioavailability” relationships. The first part of this review contains information about classification of hydrogen bond descriptors, original 2D hydrogen bond thermodynamic descriptors, program HYBOT, original 3D hydrogen bonding potentials, original hydrogen bond surface area descriptors. The second part includes the results of applications of the above mentioned of hydrogen bond descriptors for prediction of bioavailability components such as lipophilicity, solubility in water and in physiological fluids, absorption and blood-brain barrier permeability.Обзор, основанный преимущественно на собственных публикациях, посвящён выявлению количественных связей “структура-биодоступность”. В первой части обзора описывается схема классификации дескрипторов водородных связей, создание оригинальных 2D термодинамических дескрипторов водородных связей, разработка компьютерной программы HYBOT, создание оригинальных трёхмерных потенциалов водородных связей и HYBOT PSA дескрипторов. Во второй части обзора представлены конкретные результаты использования вышеуказанных дескрипторов при создании QSAR моделей предсказания свойств, связанных с биодоступностью: липофильности, растворимости в воде и физиологических средах, абсорбции и проницаемости лекарств через гематоэнцефалический барьер