El cacao ecuatoriano constituye un pilar de la economía nacional, aunque su calidad puede verse comprometida por la presencia de hongos productores de micotoxinas durante la fermentación y almacenamiento. El objetivo principal de este estudio fue identificar las cepas fúngicas presentes en granos de cacao fermentados mediante marcadores morfológicos, en cuatro centros de acopio del cantón Bolívar. Se recolectaron 150 granos por centro en la última fase de fermentación, los cuales fueron sembrados en medio DG18 e incubados a 25 °C. Las colonias desarrolladas fueron evaluadas mediante observaciones macroscópicas y microscópicas, apoyadas en claves taxonómicas. Se aislaron y caracterizaron 64 cepas fúngicas con amplia variabilidad en textura, coloración y exudado. El análisis microscópico permitió identificar dos géneros predominantes: Aspergillus spp. y Penicillium spp., siendo Aspergillus el más abundante en todos los centros de acopio. El análisis estadístico evidenció diferencias significativas en la carga fúngica entre centros (p < 0.05), lo que refleja la influencia de las prácticas de fermentación y almacenamiento en la diversidad microbiana. En definitiva, la identificación de estos géneros destaca la necesidad de implementar controles rigurosos en el manejo postcosecha, dado que especies de la sección Aspergillus Nigri pueden producir ocratoxina A, comprometiendo la inocuidad del cacao
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