Перший прогрес у виділенні та ампліфікації ДНК з матеріалу, що зберігається у гербарії LWS

Abstract

The isolation of DNA from the herbarium specimens deposited at the LWS herbarium (State Museum of Natural History of the NAS of Ukraine, Lviv, Ukraine) has been tested using the column-based protocol. The isolated DNA has been amplified using different nuclear and plastid primers. The yield of obtained total DNA showed no significant dependence from the year of collection and plant family of studied specimens. In general, the obtained DNA of LWS specimens had medium yield (mean – 56.47 ng/µL) but relatively low purity (mean 260/230 value – 0.85 units and mean 260/280 value – 1.66 units). The success of DNA amplification for old herbarium material varied from 12.5 % to 91.1 % depending on applied primers. The trnL P6 Loop primers demonstrated the best performance (91.1 % successful amplification), but due to short resulted DNA fragments, it was not possible to purify the product for further processing. UniPlant primers performed the worst, and only 12.5 % of samples taken from the LWS herbarium (excluding controls) were successfully amplified. In general, nuclear primers, except for UniPlant, demonstrated a better success rate (mean – 31.5 %) during the work with samples taken from the LWS herbarium. Meanwhile, the plastid primers, except for trnL P6 Loop, showed slightly lower amplification success (mean – 26.8 %).Протестовано виділення ДНК із гербарних зразків, що зберігаються у гербарії LWS (Державний природознавчий музей НАН України, Львів, Україна) за протоколом на основі силікагелевих колонок. Виділена ДНК була ампліфікована з використанням різних ядерних і пластидних праймерів. Вихід отриманої сумарної ДНК не показав істотної залежності від року збору та родин, до яких належали зразки. Загалом, ДНК, отримана із зразків гербарію LWS, мала помірний вихід (середнє значення – 56.47 нг/мкл), але відносно низьку чистоту (середнє значення співвідношення 260/230 – 0,85 і середнє значення співвідношення 260/280 – 1,66). Успіх ампліфікації ДНК старого гербарного матеріалу коливався від 12.5 % до 91.1 % залежно від використаних праймерів. Праймери trnL P6 Loop продемонстрували найбільшу ефективність (91.1 % успішної ампліфікації), але через короткі фрагменти отриманої ДНК не вдалося очистити продукт для подальшої обробки. Праймери UniPlant продемонстрували найгірші результати, і лише матеріал 12.5 % досліджених зразків гербарію LWS (за винятком контрольних), був успішно ампліфікований. Загалом, ядерні праймери, за винятком UniPlant, продемонстрували кращу успішність ампліфікації (середнє значення – 31.5 %) при роботі зі зразками з гербарію LWS. В той же час, пластидні праймери, за винятком trnL P6 Loop, показали дещо нижчу успішність ампліфікації (середнє значення – 26.8 %)