Skip to main content
Article thumbnail
Location of Repository

Scénarios de tri pour permutations signées

By Jacqueline Rwirangira

Abstract

En bioinformatique, un des problèmes très étudiés est la reconstitution des événements évolutifs qui transforment un génome A en un autre génome B. L'ordre des gènes dans les génomes est souvent modélisé par des permutations signées. Dans ce travail, nous définissons des liens entre le problème de tri des permutations signées par inversions et la conservation des structures combinatoires communes aux génomes à comparer. En utilisant les arbres des intervalles forts (Bergeron et al. (3)), nous démontrons que même si le calcul d'un scénario parfait et parcimonieux est difficile (Figeac et Varré (11)), il peut se faire d'une façon efficace pour une grande classe de permutations. Nous avons appliqué ces résultats à la comparaison des chromosomes X de l'humain, de la souris et du rat, basée sur les données de l'article de Gibbs et al. (12). ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Génomique comparée, Scénarios d'évolution, Tri par inversions, Intervalles communs

Topics: Génomique, Intervalle commun (Génétique), Sélection, Permutation (Mathematiques)
Year: 2008
OAI identifier: oai:www.archipel.uqam.ca:1394

Suggested articles


To submit an update or takedown request for this paper, please submit an Update/Correction/Removal Request.