In this study, M4 1F/M5 1R and M13 1F/M14 1R specific primers were used to amplify gene fragment responsible for the biosynthesis of cylindrospermopsin – CYN (PKS and PS) in cyanobacterial biomass. The PCR technique was used to detect genes related to the synthesis of CYN in biomass samples as well as the presence of potential cyanobacteria producing CYN toxins in the natural cyanobacteria blooms. The experiments were performed with 23 samples at 23 points in 9 provinces (cities) in Vietnam. The results showed that the PKS and PS genes were amplified from genomic DNA templates under the following conditions: DNA template concentration from 140–160 ng/25 µL reaction volume; incubation time 20 sec; and annealing temperature 55 °C. The PS gene was detected in 7/23 samples, while the PKS gene was detected in 5/23 samples. In addition, both PS and PKS genes were detecteded in 5/23 samples from 5 different sampling locations. There is a potential of using PCR technique in detecting toxic algae species in natural samples.Nghiên cứu sử dụng các cặp mồi đặc hiệu M4 1F/ M5 1R và M13 1F /M14 1R để khuếch đại các đoạn gen liên quan đến sự sinh tổng hợp độc tố CYN (PKS và PS) trong sinh khối vi khuẩn lam sử dụng kỹ thuật PCR nhằm mục đích phát hiện gen liên quan đến sự sinh độc tố cylindrospermopsin trong mẫu sinh khối cũng như sự hiện diện các loài vi khuẩn lam tiềm năng sinh độc tố CYN trong các mẫu nở hoa vi khuẩn lam ngoài tự nhiên. Thí nghiệm được làm với 23 mẫu tại 23 điểm thuộc 9 tỉnh (thành) trong nước. Kết quả cho thấy:- Các gen PKS và PS trong mẫu tự nhiên có thể được khuếch đại ở điều kiện: nồng độ DNA khuôn mẫu từ 140 ng - 160 ng DNA/ 25 µL thể tích phản ứng; thời gian bắt mồi là 20 giây; và nhiệt độ bắt mồi 55oC.- Trong số 23 mẫu nghiên cứu, gen PS được phát hiện trong 7 mẫu; gen PKS được phát hiện trong 5 mẫu, trong đó có 5 mẫu thuộc 5 địa điểm phát hiện cả hai gen PS và PKS. So sánh với kết quả phân tích sự hiện diện của loài gây độc Cylindrospermopsis raciborskki và hàm lượng độc tố CYN trong nước cho thấy tiềm năng của việc sử dụng phương pháp PCR trong việc phát hiện các loài tảo độc trong các mẫu tự nhiên
