The paper reports the experience of “Agroforestry Research Center”, an initiative developed by technicians, family farmers and researchers to strengthen the agroecological and agroforestry movement in the northern region of Mato Grosso, Brazil. For that, from a systemic approach, it was built an action research program involving family farmers, technicians and researchers from 05 universities. The program is based on specific issues related to the main production systems to study elements related to family farmers’ resilience, articulating quantitative and qualitative research. After 4 years of work, the activities of the research center, including workshops and surveys for evaluation, allow identifying facilitating and limiting elements in the engagement of subjects, including different objectives and expectations from researchers, students and family farmers, and the difficulties associated with the articulation of research projects and their results. Finally, the experience reinforces the importance and potential of research as a tool to strengthen the process of empowerment of rural communities.O trabalho relata a experiência do Centro de Pesquisa em Agrofloresta, iniciativa desenvolvida por técnicos, agricultores e pesquisadores para fortalecer o movimento agroecológico e agroflorestal na região Norte de Mato Grosso, Brasil. A partir de uma abordagem sistêmica, buscou-se construir um programa de pesquisa ação envolvendo agricultores, técnicos e pesquisadores de 05 universidades. O programa parte de questões específicas relacionadas aos principais sistemas produtivos existentes para estudar elementos relacionados a resiliência da agricultura familiar, articulando pesquisas quantitativas e qualitativas. Após 04 anos de trabalho, as atividades do centro de pesquisa, incluindo a realização de reuniões e questionários de avaliação, permitem identificar elementos facilitadores e limitantes no engajamento de diferentes sujeitos, destacando-se os objetivos e expectativas de pesquisadores, estudantes e agricultores, e as dificuldades associadas a articulação dos projetos de pesquisa e seus resultados. Por fim, a experiência reforça a importância e o potencial que a pesquisa possui em funcionar como ferramenta para fortalecer o processo de empoderamento das comunidades rurais