Dissertação de mestrado em EcologiaOs invertebrados bentónicos, como os poliquetas, são importantes indicadores de qualidade
ambiental sendo também um elo relevante nas cadeias tróficas. A taxonomia, com base nos
caracteres morfológicos desta classe é difícil, demorada, e muitas vezes requer um
conhecimento especializado que nem sempre está disponível. Este trabalho pretende contribuir
para a implementação de uma biblioteca de referência de DNA barcodes (citocromo oxidase I
(COI)) de poliquetas de modo a melhorar e facilitar futuras identificações taxonómicas, podendo
mais tarde, em conjunto com bibliotecas de outros organismos bentónicos, ser usada em
estudos de monitorização, utilizando a sequenciação de segunda geração. Com recurso a DNA
barcodes não publicados e gerados por equipas de projectos de investigação LusoMarBoL e
BestBarcode, foram compiladas bibliotecas de poliquetas de duas comunidades distintas,
nomeadamente de estuários e zonas costeiras de Portugal e do mar profundo da Península
Ibérica. Em conjunto com os 26 DNA barcodes de poliquetas de estuários obtidos no âmbito
deste estudo, a primeira biblioteca totalizou 31 espécies e 71 sequências, enquanto a segunda
englobou 37 espécies e 66 DNA barcodes. Aos alinhamentos das sequências destas duas
bibliotecas foram adicionadas sequências homólogas da mesma família ou género disponíveis
em bases de dados públicas, por forma a permitir a sua análise conjunta. Os valores médios das
divergências intra-específicas e congenéricas do conjunto dos DNA barcodes dos poliquetas de
estuários foi de 0,52% (0 a 2,82%) e 20,53% (12,03 a 27,58%) respectivamente, enquanto para
os poliquetas do mar profundo foram de 0,61% (0 a 2,63%) e 20,10% (7,36 a 31,77%)
respectivamente. Estes valores estão dentro da gama de variação reportada em outros estudos
de DNA barcodes de poliquetas. Nas árvores construídas pelo método Neighbour-joining, 79% e
73% das espécies agruparam-se em clados monofiléticos de baixa divergência, no caso dos
poliquetas de estuário e do mar profundo, respectivamente. Paralelamente foram detectadas
várias incongruências taxonómicas relevantes, bem como divergências intra-específicas
relativamente elevadas, evidenciando a necessidade de uma revisão taxonómica em vários taxa.Marine benthic invertebrates, such as the polychaetes, are important environmental indicators
and an important link in the marine trophic chains. The taxonomy based on morphological
characteristics for this class is difficult, time consuming and often requires specialized knowledge
that is not always available. This work aims to contribute to the implementation of a reference
library of DNA barcodes (cytochrome c oxidase (COI)) of polychaetes in order to improve and
facilitate future taxonomic identifications, and latter to be used in monitoring studies using the
next generation sequencing., together with other benthic organisms libraries. Using the
unpublished DNA barcodes, generated by the research teams from the projects LusoMarBoL and
BestBarcode, libraries for two distinct polychaete communities were compiled, including
estuaries and coastal areas of Portugal and the deep sea of the Iberian Peninsula. Together with
the 26 DNA barcodes from estuarine polychaetes obtained in this study, the first library had 31
species and 71 sequences, while the second comprised 37 species and 66 DNA barcodes.
Homologous sequences of the same family or genus searched in public databases were added to
the sequence alignments of these two libraries, in order to enable their joint analysis. The
average values of intraspecific and congeneric divergences for the estuarine polychaetes were
0,52% (0 to 2,82%) and 20,53% (12,03 to 27,58%) respectively, whereas for deep sea
polychaetes were 0,61% (0 to 2,63%) and 20,10% (7,36 to 31,77%) respectively. These values
are within the range of variation reported in other studies examining DNA barcodes of
polychaetes. In the Neighbor-joining trees, 79% and 73% of the species grouped in monophyletic
taxonomic congruent clades with low divergence, in the case of estuarine and deep sea
polychaetes respectively. Concurrently, were also detected several relevant taxonomic
ambiguities, as well as considerable genetic divergence, indicating the need for a taxonomic
revision in several of the studied taxa.Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) - Projetos FCOMP-01-0124-FEDER-007381 e PEst-C/BIA/UI4050/2011.FEDER através do Programa Operacional de Factores de Competitividade - COMPETE.A sequenciação no BIO (Biodiversity Institute of Ontario) foi financiado pelo iBOL (International Barcode of Life Project) através do Canadian Centre for DNA Barcoding,
a partir do Ontario Genomics Institute (2008-OGI-ICI-03), Genome Canada, Ontario Ministry of Research and Innovation e pelo Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada
