É objectivo deste trabalho comparar o funcionamento de duas configurações de filtros anaeróbios de fluxo ascendente: uma configuração tradicional e um filtro anaeróbio segmentado em três andares. As condições operatórias foram as seguintes: Tempo de Residência Hidráulico (TRH) mantido em 2 dias, e concentração de substrato à entrada (Ce) igual a 3000 6000 e 9000 mgCQO/I. Determinou-se o padrão de escoamento dos dois digestores relacionando-se com os perfis de substrato ao longo da altura e analisou-se a sua variação com a alteração na concentração de entrada de 3000 para 9000 mg CQO/I. Para essas duas condições de concentração de substrato, mediu-se a actividade metanogénica acetoclástica e hidrogenofílica em três alturas nos dois digestores, concluindo-se que no reactor segmentado há maior tendência para a estratificação da actividade acetoclástica que no reactor mono-andar. Na gama de condições testadas os reactores funcionaram de modo semelhante, sendo a remoção praticamente completa. No reactor segmentado o rendimento em metano foi inferior ao do reactor mono-andar
