Lactofermented soy juices represent an interesting alternative to milk yogurt to increase the part of plant-based proteins in our diet. The choice of lactic acid bacteria (LAB) used for soy juice fermentation is crucial as it determines the organoleptic and nutritional properties of the product. LAB metabolisms are however not well known in soy juice fermentation. In this thesis, 276 strains of 25 species were screened in synthetic media on their ability to ferment stachyose, raffinose and sucrose as unique source of carbon and soy juice. We showed that i) LAB capacity to catabolize sucrose is important to ferment soy juice ii) S. thermophilus strains are the most efficient to ferment soy juice iii) Lactobacillus LAB produce diverse aromatic notes according to the specie and the strain. LAB association can help to improve fermentation, the organoleptic and the nutritional properties.We associated then LAB in duo according to their metabolic complementarities. One coculture out of 32 improved the organoleptic properties of fermented soy juices compared to the monocultures. One coculture out of 12 reduced of 30% the SJ fermentation time (L. plantarum CIRM-BIA777 (Lp777) and L. delbrueckii CIRM-BIA865 (Ld865)).Genomic, metabolomics and transcriptomics approaches were set up to identify the molecular bases of these two LAB cooperation. These approaches revealed three factors of stress of LAB in soy juice fermentation: the limitation of sucrose, the limitation of free amino acids and the oxidative stress. The level of these three stresses were lowered with Lp777 and Ld865.Le jus de soja lactofermenté représente une alternative intéressante au yaourt laitier pour augmenter la part de protéines végétales dans l’alimentation. Le choix des bactéries lactiques (LAB) utilisées pour la fermentation du jus de soja est crucial car il détermine les qualités organoleptiques et nutritionnelles des produits. Les métabolismes des LAB sont cependant mal connus en jus de soja. Dans cette thèse 276 souches de 25 espèces de LAB ont été évaluées sur leur aptitude à fermenter du jus de soja ou des milieux de culture contenant du stachyose, du raffinose ou du saccharose comme unique source de carbone. Nous avons montré que i) la capacité à cataboliser le saccharose est un critère déterminant pour identifier des souches capables de fermenter le jus de soja, ii) les souches de S. thermophilus sont les plus efficaces pour fermenter le jus de soja, iii) les Lactobacillus apportent des notes aromatiques variées selon l’espèce et la souche. L’association de LAB pour améliorer lesfermentaires, organoleptiques et nutritionnelles a été évaluée. Nous avons associé des LAB en duos selon leurs complémentarités métaboliques. Une coculture sur 32 a permis d’améliorer les qualités organoleptiques du produit par rapport aux monocultures. Une coculture sur 12 a permis de réduire de 30% le temps de fermentation du jus de soja par rapport aux monocultures (L. plantarum CIRM-BIA777 (Lp777) et L. delbrueckii CIRM-BIA865 (Ld865))