Conception et développement d’une méthode de comparaison de surfaces appliquée aux protéines

Abstract

Protein interactions play a crucial role in the living processes such as cell communication, immunity, cell growth, proliferation and death. These interactions occur through the surface of proteins and the disruption of their interactions is the start of many disease processes. It is therefore necessary to understand and characterize the surface of proteins and their interactions to better understand living processes. Different methods of protein surfaces comparison have been developed in the recent years but none are powerful enough to handle all the structures currently available in databases. The PhD project is to develop rapid methods of surface comparison and apply them to the surface of macromolecules.Les interactions entre protéines jouent un rôle crucial dans les processus du vivant comme la communication cellulaire, l’immunité, la croissance, prolifération et la mort cellulaires. Ces interactions se font via leur surface et la perturbation des interactions entre protéines est à la base de nombreux processus pathologiques. Il est donc nécessaire de bien comprendre et caractériser la surface des protéines et leurs interactions mutuelles de manière à mieux comprendre les processus du vivant. Différentes méthodes de comparaison de la surface des protéines ont été développées ces dernières années mais aucune n’est assez puissante pour traiter l’ensemble des structures disponibles dans les différentes bases de données. Le projet de thèse est donc de développer des méthodes rapides de comparaison de surface et de les appliquer à la surface des macromolécules