El microbioma se define como la comunidad de microorganismos, junto con sus genes y metabolitos que habitan en un nicho ecológico dado. La aparición de las nuevas técnicas moleculares y el amplio uso de la PCR para secuenciación de genes han provocado que el microbioma pueda estudiarse en profundidad permitiendo conocer las funciones que desarrolla dentro de nuestro organismo. El desarrollo del microbioma en la especie humana se ha relacionado con el aumento de la incidencia de ciertas enfermedades de carácter autoinmune como alergias y el asma. Recientemente en la especie equina se ha estudiado la formación del microbioma en las etapas iniciales del desarrollo, destacando el comportamiento de coprofagia y la transición a alimento sólido como eventos críticos con repercusión en la salud del individuo adulto. Por otro lado existen estudios sobre el impacto de ciertos factores en la composición del microbioma y su relación con el hospedador destacando los cambios en la dieta, el uso medicamentos (antibióticos y antihelmínticos) y situaciones estrés como inductores de estados disbióticos que favorecen el desarrollo de enfermedades gastrointestinales. El estudio del microbioma en animales afectados por colitis, laminitis, cólico y asma equina ha permitido por un lado, identificar los cambios en su composición y por otro lado, la repercusión que tiene en la regulación de la respuesta inflamatoria e inmune. Además se ha descrito tanto en la especie humana como en la equina, una relación bidireccional entre la microbiota intestinal y el sistema nervioso central que repercute en la correcta homeostasis del organismo. Por último, se han descrito diferentes herramientas terapéuticas para modificar los estadios disbióticos en un intento de enriquecer y estabilizar el microbioma intestinal. Los conocimientos actuales sobre el microbioma equino siguen siendo objeto de estudio y se requiere una mayor investigación para poder entender mejor sus implicaciones en el estado de salud de los caballos.<br /
