De la génétique végétale à la sélection paysanne : découvrir et promouvoir la diversité: Dossier de travaux – Perspectives

Abstract

Des aberrations du développement affectant la morphologie foliaire et la vigueur des plantes sont observées chez les choux-fleurs en cours de culture. De précédentes études ont montré que la proportion d’aberrants (de 3 à 20%) dépendait du génotype et de l’environnement, et que l’aberration était transmissible de façon mendélienne ou non. Cette modification phénotypique est potentiellement réversible, suggérant l’implication de mécanismes épigénétiques. L’objectif de la thèse est d’identifier un ensemble de gènes susceptibles d'être impliqués dans le phénomène de l’aberration. Deux approches ont été développées : sans a priori, en recherchant des fragments différentiellement exprimés ou méthylés par AFLP-ADNc et MSAP, et avec a priori, en analysant l'expression de gènes impliqués dans les mécanismes épigénétiques et dans la morphologie foliaire. Ces analyses ont permis d’identifier 25 séquences présentant une homologie avec des gènes connus. L'identification des gènes Bowax9A-E a retenu notre attention étant donné qu'ils appartiennent à la famille des LTPs, impliquée dans le transport de composés cuticulaires, dans les réponses aux stress, et dans les mécanismes de résistance systémique induite. Le polymorphisme de méthylation a été analysé afin de comparer son amplitude au sein de l'espèce et entre choux normaux et aberrants d'une même variété. Le taux de méthylation MSAP de B. oleracea (52-60 %) est supérieur à ce qui a été rapporté chez d'autres espèces. Les classifications phénétiques des populations et lignées sont apparues être différentes en fonction des polymorphismes générés par MSAP ou AFLP. Aucun marqueur de méthylation différentielle des génomes « normaux » et « aberrant » n'a été détecté. L'étude approfondie des conséquences phénotypiques au niveau cuticulaire et des voies de régulation impliquées dans la morphologie foliaire (de type miRNA) devrait permettre à terme d'identifier les voies de régulation du caractère aberrant et d'initier un programme de contre-sélection