Las colecciones de germoplasma representan un punto de partida importante para el mantenimiento y multiplicación de fuentes genéticas y la evaluación de la potencialidad de especies para diferentes destinos productivos. El estudio de especies forrajeras promisorias para la alimentación animal se basa en aspectos agronómicos, productivos y de calidad1. La calidad de una pastura está asociada con la anatomía foliar y sus tejidos constituyentes, el contenido de pared celular (determinante de la rigidez), las condiciones ambientales y el estado fenológico2. El objetivo de nuestro trabajo fue evaluar el efecto de estrés hídrico en estadío de plántula y su relación con calidad forrajera en los genotipos RN51 (de comportamiento tolerante) y RN1 (susceptible) de Cenchrus ciliaris L. Se midieron parámetros fisiológicos, anatómicos, morfo-agronómicos y moleculares. El ensayo consistió de los tratamientos: Control (80% capacidad de campo (CC)) y sequía (20%CC, 21 días). Al final de cada tratamiento, se midieron contenido relativo de agua, eficiencia cuántica máxima (Fv/Fm) del PSII, evapotranspiración, altura, peso fresco y peso seco. El genotipo susceptible mostrólos mayores valores de daño (evaluado como proporción entre la condición de estrés y la media del control, para cada tratamiento y genotipo) para las variables fisiológicas y morfo-agronómicas. En las variables anatómicas (medidas en lámina), el genotipo tolerante mostró aumento en el área del esclerénquima, mayor grosor de la epidermis adaxial y menor relación parénquima:esclerénquima que el genotipo susceptible y además exhibió la formación de células buliformes al ser expuesto a estrés hídrico. Asimismo, dicho genotipo incrementó la expresión de genes relacionados con la biosíntesis de la lignina en condiciones de sequía. Este estudio es el primer antecedente en Cenchrus ciliaris que evidencia la asociación negativa entre el proceso de lignificación, determinante de la calidad forrajera y tolerancia al estrés hídrico