Typage moléculaire de souches du genre bifidobacterium : Polymorphisme génétique intraspécifique et intragénérique

Abstract

Non disponible / Not availableL'identification des espèces ou des souches bactériennes repose sur la mise en évidence du polymorphisme génétique interspécifique et intra générique. Le but de ce travail a donc été de rechercher diverses méthodes de révélation du polymorphisme génétique, applicables au genre bifidobacterium. La réalisation de profils de restriction a d'abord permis une caractérisation des différentes souches du laboratoire, comprenant des souches de collection, des souches industrielles ainsi que des souches d'origine humaine provenant d'une expérience clinique. Cette première méthode révèle un polymorphisme de la taille des fragments de restriction aussi bien interspécifique qu'intra spécifique chez ce genre bactérien. Par ailleurs, une comparaison plus rapide des souches a été réalisée en utilisant une sonde nucléique spécifique des gènes d'ARN ribosomiques. Les profils obtenus ont notamment permis de caractériser toutes les souches de bifidobacterium et de procéder à des regroupements en espèces. Nous rapportons également l'identification de quatre espèces de bifidobacterium par la sélection de sondes nucléiques spécifiques d'espèces, isolées des mini-banques d'ADN des souches b. Adolescentis cip64.59t, b. Animalis atcc25527#t, b. Bifidum cip64.65 et b. Longum atcc15707#t. La spécificité d'espèce de ces fragments a été testée par hybridation sur les ADN natifs des souches du genre. Le polymorphisme de restriction existant entre les différentes souches de la même espèce a ensuite été visualisé par hybridation du fragment cloné sur les profils de restriction de l'ADN total. Ainsi, la sonde l6/45, spécifique de 13 des 15 souches classées dans l'espèce b. Longum uniquement, est répétée chez certaines de ces souches. Le séquençage de ce fragment a mis en évidence une partie d'orf. La séquence protéique déduite de cette orf présente des similarités significatives avec une classe de recombinases site-spécifiques représentées par la protéine Int du bactériophage lambda