Sélection d'écotypes bactériens pathogènes et non-pathogènes par la plante en relation avec la différenciation en espèces génomiques chez Agrobacterium spp.

Abstract

The aims of this work were : 1) to verify the existence of relations between genomic species and plant-associated ecotypes in Agrobacterium genus ; 2) to determine which genomic zones are implied in the ecotype differenciation and thus in the genomic species differenciation in this taxa. Firstly, we determined and caracterised, at the genomic level (by AFLP), non-pathogenic and pathogenic (harbouring a Ti plasmid) ecotypes in different biotopes. Our results show that the plant select specific ecotypes among the agrobacterial soil community. Moreover, some pathogenic strains, isolated from crown galls, are recruited among these particular ecotypes. Secondly, predictive AFLP performed on strain C58 genome, permitted us to identify the AFLP fragments caracteristic of genomic species G8. The genes and functions revealed this way could actually be implied in plant-bacteria relationships.Ce travail avait pour but : 1) de vérifier l'existence d'une relation entre espèces génomiques et écotypes associés aux plantes chez Agrobacterium spp.; 2) d'identifier les zones génomiques impliquées dans la différentiation en écotypes et, partant, en espèces génomiques dans ce taxon. Nous avons d'abord cherché et caractérisé au niveau génomique (par AFLP) des écotypes non-pathogènes et pathogènes (hébergeant un plasmide Ti), dans différents biotopes. Nos résultats montrent que la plante sélectionne des écotypes spécifiques au sein de la communauté des agrobactéries du sol. De plus, il apparaît que c'est parmis les écotypes spécifiques d'une plante donnée que sont recrutées certaines agrobactéries pathogènes isolées des tumeurs. L'AFLP prédictive réalisée sur le génome de la souche C58 nous a ensuite permis d'identifier les fragments AFLP caractéristiques de l'espèce G8. Les gènes et fonctions ainsi révèlées pourraient effectivement concerner des relations plantes-bactéries