Forest habitat loss and associated changes in floristic composition are the major threats to the Malagasy terrestrial biodiversity. These processes are responsible for the decline of numerous species. However, for the vast majority of taxa, the mechanisms triggering these declines are poorly understood. Using the Malagasy rousette (Rousettus madagascariensis) as our model organism, we examine different genetic and ecological aspects of how this animal lives in natural habitats and copes with human modified landscapes of different physical and bioclimatic characteristics. This endemic species has a broad distribution, and appears to play a role in the regeneration of native forest. Through radio telemetry, faecal sample analysis, molecular genetics, and morphometric data, we were able to understand different aspects of the life-history traits and dispersal patterns of this taxon. Observations of wild animal placed in flight cages provided important inference on its feeding preferences between native and introduced plants, with economic value. Results indicate that R. madagascariensis i) uses both : the forest and human modified habitats while foraging; ii) it has a feeding preference for fruits of forest and pioneers species, as compared to plants of commercial importance; iii) it shows weak genetic structure, which is not associated with geographical distance; iv) and morphological variation that correlates with clines in altitude and latitude.La perte d'habitat et la déforestation sont les principales menaces qui pèsent sur la biodiversité Malgache. Ces processus sont responsables du déclin d'un nombre important d'espèces. Cependant, les mécanismes de ce déclin ne sont pas encore complètement élucidés. En utilisant la roussette malgache (Rousettus madagascariensis) comme un modèle d'organisme, nous nous sommes attachés à étudier les réponses écologiques et génétiques de cette espèce dans des paysages naturels et des paysages modifiés par l'homme et présentant divers types de caractères physico-climatiques à Madagascar. Ayant une large distribution, cette espèce est endémique à Madagascar et assure potentiellement un rôle important dans la régénération naturelle des forêts malgaches. A partir de l'utilisation de la radio télémétrie, d'analyses des matières fécales, d'études moléculaires et de mesures morphométriques nous avons pu examiner le mode de dispersion et l'écologie de cette espèce. L'observation des animaux en volière a fourni des informations importantes sur son choix alimentaire entre plantes autochtones et celles à valeur économique. Dans cette étude, nous avons ainsi mis en évidence : i) que Rousettus madagascariensis utilise les habitats forestiers et ceux modifiés par l'homme pour s'alimenter ; ii) qu'elle a une préférence plus marquée envers les espèces forestières et pionnières qu'envers celles d'importance commerciale ; iii) qu'elle présente une faible mais significative structuration génétique ; iv) mais une variation morphométrique, qui est dépendante de la latitude et de l'altitude