Ce mémoire aborde le problème général du traitement des incertitudes en océanographie, en le considérant de façon transverse, tant dans le cadre du problème direct (modélisation des océans) que du problème inverse (méthodes d'assimilation de données). Les questions abordées sont en particulier les méthodes de simulations d'ensemble, avec paramétrisation stochastiques des incertitudes, et les méthodes de réduction des incertitudes par assimilation données (sous hypothèse gaussienne et non-gaussienne)