Tous les travaux présentés dans cette HDR concernent l’exploitation de données de séquençage haut débit en absence de génome de référence proche et de bonne qualité.Dans un premier chapitre, nous proposons de nouvelles approches pour extraire des variants biologiques d’intérêt de ces données de séquençage. Dans un second chapitre nous exposons des méthodes de comparaisons de jeux de données de séquençage. Enfin, dans un troisième chapitre, nous proposons une méthode préliminaire à de meilleurs « assemblages » de ces données de séquençage
